Text archives Help

---

Hi David,

Sorry for the slow reply on this.

David Koontz <davidakoontz@gmail.com> writes:
> I sent some crash reports back to you via the tool - with data sets.

Thanks very much for the example data set.  It took some doing, but I
finally figured out what we were doing wrong here && committed a fix.

I kicked all our build machines.  All the builds should be updated by
Monday.  Please try the latest devbuild [1] && speak up if that doesn't
fix the issue for you.

Thanks for the report && again, sorry the fix took so long.  Cheers,

-tom

[1] http://www.sci.utah.edu/devbuilds/imagevis3d/

> On Oct 17, 2009, at 7:32 PM, tom fogal wrote:
> 
> > <david@koontz.name> writes:
> >> I have MRI images of my brain - but when I try to load them into iv3d
> >> the 3d image appears to be an "exploded - assembly" type of image.
> >> By that I mean it looks more like a image of a hamburger with the bun
> >> floating above the pickles floating above the tomato above the beef
> >> above the bun.  To be speckic the ventricals are on top of the stack
> >> of brain parts.  Weird.
> >
> > `This is your brain on drugs.'
> >
> > Seriously though -- that does sound quite strange.  My guess is that
> > you're hitting a bug.
> >
> >> It was converted from a CD of MRI data from 2002 -
> >>
> >> How do I tell what data types iv3d can and cannot convert?
> >
> > You could filter by file extensions in the file loader box.  For more
> > details though, we list and discuss the supported file formats in the
> > manual:
> >
> >  http://www.sci.utah.edu/images/docs/imagevis3d.pdf
> >
> > Loading data is discussed on page 13.
> >
> >
> > I don't think the file format is the issue though; sounds like it's
> > just a bug in the DICOM parser.  Since you've got an MRI of a brain,
> > I'd guess you've got a DICOM or a set of DICOMs, so there might just  
> > be
> > a bug in the DICOM parser.
> >
> > Is there any chance you could send us the data files?
> >
> > The best way to report a bug is to use the "Report an Issue" dialog.
> > This is discussed on page 37 of the aforementioned manual.  Please do
> > report an issue via this dialog, even if you don't feel comfortable
> > sending us the data files.  The main reason for using this dialog is
> > the "Submit Debug Log" checkbox, which (when checked) gives us  
> > detailed
> > information on the data file's specifications.  If you are comfortable
> > sending us the data, there is a method to submit data files in that
> > dialog.
> >
> > Please note that there are privacy concerns associated with sending
> > DICOMs to other people.  One way to mitigate this problem is to
> > anonymize your DICOM before sending it; SCI provides no such tool, but
> > a quick google search for "dicom anonymizer" looked promising.  Of
> > course, this point's a bit moot given we know what kind of data you'd
> > be sending...
> >
> >> How does one know what type of data file they have - are there magic
> >> strings in the data file?
> >
> > Generally, yes.  Usually the first few bytes are enough to figure it
> > out.  A quick scan of the DICOMs I have suggest that the first 3 bytes
> > of all DICOMs are the three characters "DIC", but I haven't verified
> > this (e.g. by looking at any of the DICOM specs).
> >
> > Cheers,
> >
> > -tom

---

• [IV3D-USERS] Re: Re: Re: Wow - there's my brain, tom fogal, 12/06/2009

---

Archive powered by MHonArc 2.6.16.