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[IV3D-USERS] Re: normalization when convert raw to uvf


Chronological Thread 
  • From: Jens Krueger <jens@sci.utah.edu>
  • To: iv3d-users@sci.utah.edu
  • Subject: [IV3D-USERS] Re: normalization when convert raw to uvf
  • Date: Wed, 13 Jan 2010 09:58:05 +0100
Hi Zhongsheng,

ImageVis3D, normalizes the lookups into the transfer function (not the data 
itself). This is done for a good reason, let me explain what would happen if 
we would not normalize the lookup: Most of the scanning hardware today (e.g. 
CT, MR) produces 12bit values (but encode those as 16 bit) that means that 
out of the range from 0 to 65536 only the first 4096 values are used (i.e. 
6.25 %) if we would now do a transfer function lookup into the largest 
possible function (also 4096 on most GPUs) we would only use 256 (=2^8=8bits) 
values, which means we would treat the data like 8bit data. Thus we normalize 
the lookup into the TF and are then able to use the entire 12 bit range.

So say you still want ImageVis3D not to do this normalization, there are a 
few "quick hack" ways to get this done and we can also add a "disable 
normailzation" feature to our lengthy todo list. One quick hack would be to 
make sure all your datasets have the same maximum and minimum value (you 
would only have to set two entries in your entire volume) that would cause 
the normalization routine to apply the same normalization to all of your 
files (effectively disabling it). 

Just as a side note, remember you are not looking at the raw values in 
ImageVis3D (or any other DVR tool) but there is always a transfer function 
applied and that transfer function does to have be monotonically increasing, 
it can be designed any way! Thus a dataset with reduced intensities does not 
necessarily have to be dimmer (even without the quantization).

Cheers
   Jens


Am 13.01.2010 um 03:32 schrieb Zhongsheng Guo:

> Hi,
> 
> It seems imagevis3d displays the data in a normalized way: we have 2
> test data, which are both uint16 and are identical except that the
> intensities in the 2nd file is half of those in the 1st file. After
> convert the raw files to uvf files, load them in imagevis3d, then load
> the same 1d transfer function from a file, the two volumes look same
> in imagevis3d. Our expectation was the 2nd volume would look dimmer,
> but they are same.
> 
> Do you know if it's possible to control the mapping from intensities
> (in raw, or in uvf) to colors (in imagevis3d's display)?
> 
> Thanks!
> 
> Best,
> -Zhongsheng


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