iv3d-users

Text archives Help


[IV3D-USERS] Re: ImageVis3D's coordinate system


Chronological Thread 
  • From: tom fogal <tfogal@sci.utah.edu>
  • To: iv3d-users@sci.utah.edu
  • Subject: [IV3D-USERS] Re: ImageVis3D's coordinate system
  • Date: Tue, 07 Dec 2010 10:34:18 -0700
Dženan Zukić <dzenanz@gmail.com> writes:
> Or more to the point, I have some polygonal segmentations of tumors
> in 3D images, and I want them to appear in their proper place in 3D
> space in iv3d. What I care about is relative position of polygonal
> model to the image (I want some nice visualizations). From my
> attempts to achieve this, I would say you are not using "World Space"
> as recorded into the images.

Hrm.. terminology is strange here.  World space refers to a computer
graphics concept; there's really no such thing as not using world
space.  Everything you submit to the graphics pipeline gets transformed
through a variety of coordinate systems before the final (2D)
coordinates that define the image; `world space' is just the term for
the space of the data which one submits -- whatever it is.

So, yes, we're using world space, but it's entirely possible your data
are misaligned nonetheless.

This is most likely because we are not respective the transformations
given by a particular image format.  I've heard this a lot with respect
to DICOMs, but nobody has yet to supply us with any *data*, even when
asked, so it's been impossible to fix.

Thus: thanks (very much!) for sending along a zip of DICOMs which are
interpreted incorrectly!

> It would be useful if you implemented world coordinate system, but
> if not (or meanwhile) I would like to know which transformation
> should I apply to my polygonal surface (gray in the attached image,
> with vertices V1..V5) in iv3d in order to have it relate properly to
> scalar image.

The general workaround for this problem (in any software) is to
transform both things (segmentation + volume) back to the origin, with
the same scale and rotation, *before* importing them into ImageVis3D.

> In the attached jpeg, 2D image is highlighted in red, world's
> coordinate system is black and dataset's coordinate system is
> blue. Both DICOM images and NRRD record this information into their
> files. By the way, here are some DICOM datasets which do not convert
> properly to UVF (scaling is wrong, i.e.  Z-spacing):
> http://www.cg.informatik.uni-siegen.de/People/Zukic/data/Downloads/DzZ.zip

Great, thanks again for the data.  I've got a vacation this week but
we'll be sure to take a look at it sometime in the next couple weeks.

-tom

Archive powered by MHonArc 2.6.16.

Top of page