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[IV3D-USERS] Re: Re: Re: Improving NRRD/skewed volumes


Chronological Thread 
  • From: tom fogal <tfogal@sci.utah.edu>
  • To: iv3d-users@sci.utah.edu
  • Subject: [IV3D-USERS] Re: Re: Re: Improving NRRD/skewed volumes
  • Date: Mon, 17 Oct 2011 14:08:06 -0600

The discussion for this was moved to tuvok-developers, I just wanted to
send a quick mail here to note as much so that it doesn't look like we
drop patches/work on the floor.

We really appreciate community patches and I want to encourage anyone
listening to dive into the code if you need to scratch an itch! :)

-tom

Tim Holy <holy@wustl.edu> writes:
> Hi Tom,
> 
> OK, I got to this a bit sooner than expected. As it turns out, most of the 
> work was already done: there was already code supporting the "space 
> directions" tag, though it took a couple of bug fixes to get it working 
> properly.
> 
> I also transitioned from FLOATVECTOR3 vVolumeAspect to a FLOATMATRIX3 with 
> th
> e 
> name "mGrid2Phys" (meaning, the matrix that you multiply any vector of grid 
> displacements by to convert to the displacement in physical units). Feel 
> free
>  
> to suggest an alternate name, or of course any other changes to the patch.
> 
> While I did test an intermediate version of the patch (fixing the "space 
> directions" parsing), it has not been tested in its final form, because it 
> involves an API change in other code. But I think it would be wise to get 
> you
> r 
> feedback before taking further steps.
> 
> Best,
> --Tim
> 
> 
> On Monday, October 10, 2011 02:29:22 pm tom fogal wrote:
> > Hi Tim,
> > 
> > On 10/10/2011 01:01 PM, Tim Holy wrote:
> > > I'm writing with a question and proposal. We have new data volumes in
> > > which the coordinate axes, in physical space, are not orthogonal; the
> > > pixels are therefore "skewed." By using the (new?) UVFReader tool,
> > 
> > It's existed for a while, but we don't distribute it.  It's really just
> > for us developers to debug things.
> > 
> > > I stumbled across the fact that UVF files appear to permit a generic
> > > transformation matrix to be supplied. If so, this would seem to
> > > suggest that such volumes can be rendered faithfully, as long as the
> > > proper transformation matrix is supplied.
> > > 
> > > First and foremost, is this true? I.e., is the support in Tuvok there
> > > for this?
> > 
> > Hrm, it's not in Dataset.h, so I don't think the renderer side can even
> > query this.
> > 
> > Anyway... the only thing that needs to be done is multiply the modelView
> > by the given matrix (probably in GLRenderer::ComputeViewAndProjection),
> > so this is simple for me to fix.
> > 
> > > If so, then here's the proposal:
> > [snip]
> > 
> > All sounds good.  If you do that IO side, I will fix 'Dataset' + the
> > renderer.
> > 
> > Cheers,
> > 
> > -tom



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