iv3d-users

Text archives Help


[IV3D-USERS] RE: RE: Re: imagevis3D data format


Chronological Thread 
  • From: James Cook <james.j.cook@duke.edu>
  • To: "iv3d-users@sci.utah.edu" <iv3d-users@sci.utah.edu>
  • Subject: [IV3D-USERS] RE: RE: Re: imagevis3D data format
  • Date: Thu, 8 Dec 2011 14:46:25 +0000
  • Accept-language: en-US
Amira/Avizo document their mesh format rather well in the help. It is 
different depending on the data type stored.
If you're a moderately skilled coder you could write a piece of code to do 
the conversion. 
My lab has done this with a few formats using matlab to write our code in. 
Perl code could do it to, several of the amira mesh types are plain text 
which perl excels at.

________________________________________
From: Yang, Hui [Hui.Yang@rockets.utoledo.edu]
Sent: Wednesday, December 07, 2011 4:23 PM
To: iv3d-users@sci.utah.edu
Subject: [IV3D-USERS] RE: Re: imagevis3D data format

Thank you for your promt reply. I am totally new to the volume rendering. I 
don't know if it is a volume data set. All those numbers after @1 represent 
the electron density values. It is a 3D scalar fields defined on a uniform 
grid. I will try the obj format. But I have almost 200 am files, so I really 
want to convert them to another type of file by keeping those data after @1 
and only changing the head.

Regards,

-Hui

________________________________________
From: tom fogal [tfogal@sci.utah.edu]
Sent: Wednesday, December 07, 2011 3:42 PM
To: iv3d-users@sci.utah.edu
Subject: [IV3D-USERS] Re: imagevis3D data format

Is an "AmiraMesh" file actually a mesh?  If so, you want to export to
OBJ (.obj) format.   I hear Amira can export in that format.

If it's actually a volume data set, my guess is you just want a file
that is everything after that "@1".  Then you can manually instruct
ImageVis3D what the volume sizes, etc. are and load the file that way.

Unfortunately I do not think we support loading only a mesh into
ImageVis3D at present -- it has to be associated with some volume data.
  This should arguably be changed.  In the meantime, just create a 1x1x1
"volume" and load it into ImageVis3D, then use 'File | Add Geometry to
this Data Set' to import your OBJ-format mesh.

Cheers,

-tom

On 12/07/2011 01:30 PM, hui.yang@rockets.utoledo.edu wrote:
> Hello,
>
> I am trying to use iv3D to do the volume rendering of electron density data 
> of
> a formaldehyde molecule.  The electron density data is stored in a AmiraMesh
> file. I would like to ask which format should I change to? I tried to load 
> it
> as raw data, but I couldn't see any shape of of the molecule at all.
>
> Any help will be appreciated.
>
> -Hui
>
> Here is the part of my        AmiraMesh file.
>
> # AmiraMesh ASCII 1.0
>
> define Lattice             78      41      76
>
> Parameters {
>      BoundingBox      -1.925136           1.924864     -1.000101      
> 0.999899
> -1.567035      2.182965,
>      CoordType "uniform"
> }
>
> Lattice { float Data } = @1
>
> @1
>    0.1705088760E-02  0.1930265808E-02  0.2177519857E-02       
> 0.2447091951E-02
> 0.2738759561E-02  0.3051764319E-02
>    0.3384750565E-02  0.3735719626E-02  0.4102004485E-02       
> 0.4480269015E-02
> 0.4866535091E-02  0.5256239877E-02
>    0.5644324265E-02  0.6025351931E-02  0.6393656808E-02       
> 0.6743514942E-02
> 0.7069334839E-02  0.7365858635E-02
>    0.7628364894E-02  0.7852862814E-02  0.8036267207E-02       
> 0.8176544061E-02
> 0.8272817757E-02  0.8325433077E-02
> ...

Archive powered by MHonArc 2.6.16.

Top of page