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Author: abe
Date: Fri Jan 20 00:10:48 2006
New Revision: 854

Modified:
   trunk/Engine/Display/FileDisplay.cc
   trunk/Engine/Display/FileDisplay.h
   trunk/Image/NRRDFile.cc
   trunk/Image/NRRDFile.h
Log:


Fixed writeNRRD.
M    Image/NRRDFile.cc
M    Image/NRRDFile.h

Added support for writting images using teem. Changed command line options 
quite a bit. Note that if you want to output a "normal" png file you need to 
use rgb8 frame buffers, not rgba8 which is the default. TGA still supported, 
roughly half as fast.
M    Engine/Display/FileDisplay.cc
M    Engine/Display/FileDisplay.h


Modified: trunk/Engine/Display/FileDisplay.cc
==============================================================================
--- trunk/Engine/Display/FileDisplay.cc (original)
+++ trunk/Engine/Display/FileDisplay.cc Fri Jan 20 00:10:48 2006
@@ -1,15 +1,44 @@
 
+/*
+  For more information, please see: http://software.sci.utah.edu
+
+  The MIT License
+
+  Copyright (c) 2005-2006
+  Scientific Computing and Imaging Institute, University of Utah
+
+  License for the specific language governing rights and limitations under
+  Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a
+  copy of this software and associated documentation files (the "Software"),
+  to deal in the Software without restriction, including without limitation
+  the rights to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense,
+  and/or sell copies of the Software, and to permit persons to whom the
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+
+  The above copyright notice and this permission notice shall be included
+  in all copies or substantial portions of the Software.
+
+  THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS
+  OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
+  FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
+  THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
+  LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
+  FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
+  DEALINGS IN THE SOFTWARE.
+*/
+
 #include <fstream>
 #include <sstream>
 #include <iomanip>
 #include <Engine/Display/FileDisplay.h>
 #include <Core/Exceptions/IllegalArgument.h>
 #include <Core/Exceptions/InternalError.h>
-#include <Core/Util/NotFinished.h>
+#include <Core/Util/Args.h>
 #include <Image/NullImage.h>
 #include <Image/Pixel.h>
 #include <Image/SimpleImage.h>
 #include <Image/TGAFile.h>
+#include <Image/NRRDFile.h>
 #include <Interface/Context.h>
 #include <SCIRun/Core/Thread/Time.h>
 
@@ -24,54 +53,122 @@
   return new FileDisplay(args);
 }
 
-FileDisplay::FileDisplay(
-  const vector<string> &args )
+FileDisplay::FileDisplay(const vector<string> &args ) :
+  display_fps( false ),
+  current_frame( 0 ),
+  file_number( 0 ),
+  skip_frames( 0 ),
+  prefix( "manta_frame" ),
+  type_extension( "png" )
 {
-  if( args.size() != 1 )
-    throw IllegalArgument( "FileDisplay", 0, args );
-  baseName = args[ 0 ];
-  currentFrame = 0;
+
+  
/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+  // Parse args.
+  for (int i=0;i<args.size();++i) {
+    if (args[i] == "-prefix") {
+      if (!getArg( i, args, prefix )) {
+        throw IllegalArgument( "FileDisplay", i, args );
+      }      
+    }
+    else if (args[i] == "-type") {
+      if (!getStringArg( i, args, type_extension )) {
+        throw IllegalArgument( "FileDisplay", i, args );
+      }
+    }
+    else if (args[i] == "-offset") {
+      if (!getArg( i, args, file_number )) {
+        throw IllegalArgument( "FileDisplay", i, args );
+      }
+    }
+    else if (args[i] == "-skip") {
+      if (!getArg( i, args, skip_frames )) {
+        throw IllegalArgument( "FileDisplay", i, args );
+      }      
+    }
+    else if (args[i] == "-fps") {
+      display_fps = true;
+    }
+  }
+
+  
/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+  // Determine which writer to use.
+  if (type_extension == "tga") {
+    writer = TGA_WRITER;
+  }
+  else {
+    writer = NRRD_WRITER;
+  }
 }
 
-FileDisplay::~FileDisplay()
-{
+FileDisplay::~FileDisplay() {
 }
 
-void FileDisplay::setupDisplayChannel(
-  SetupContext & )
-{
+void FileDisplay::setupDisplayChannel( SetupContext & ) {
 }
 
 void FileDisplay::displayImage(
   const DisplayContext &context,
   const Image *image )
 {
+
+  // Make sure processor 0 writes.
   if(context.proc != 0)
     return;
 
-  bool stereo;
-  int xres, yres;
-  image->getResolution( stereo, xres, yres );
-  if ( stereo ) {
-    stringstream lss, rss;
-    lss << baseName << "_left_" << setfill( '0' ) << setw( 5 ) << 
currentFrame << ".tga";
-    rss << baseName << "_right_" << setfill( '0' ) << setw( 5 ) << 
currentFrame << ".tga";
-    string left = lss.str();
-    string right = rss.str();
-    writeTGA( image, left, 0 );
-    writeTGA( image, right, 1 );
-  } else {
-    stringstream ss;
-    ss << baseName << "_" << setfill( '0' ) << setw( 5 ) << currentFrame << 
".tga";
-    string name = ss.str();
-               
-               double start_time = Time::currentSeconds();
-               
-    writeTGA( image, name, 0 );
-               
-               double end_time = Time::currentSeconds();
-               
-               std::cout << "Frame write time: " << (end_time - 
start_time)/60.0 << " minutes." << std::endl;
+  // Check to see if we should skip the frame.
+  if (!skip_frames || ((current_frame % skip_frames) == 0)) {
+
+    double start_time;
+    if (display_fps) {
+      start_time = Time::currentSeconds();
+    }
+    
+    // Determine resolution.
+    bool stereo;
+    int xres, yres;
+    image->getResolution( stereo, xres, yres );
+    
+    // Check for stereo.
+    if (stereo) {
+      
+      stringstream lss, rss;
+      
+      // Output left and right images.
+      lss << prefix << "_left_" << setfill( '0' ) << setw( 5 ) << 
file_number << "." << type_extension;
+      rss << prefix << "_right_" << setfill( '0' ) << setw( 5 ) << 
file_number << "." << type_extension;
+      
+      // Send the image to the appropriate writer.
+      if (writer == TGA_WRITER) {
+        writeTGA( image, lss.str(), 0 );
+        writeTGA( image, rss.str(), 1 );
+      }
+      else {
+        writeNRRD( image, lss.str(), 0 );
+        writeNRRD( image, rss.str(), 1 );
+      }
+    } else {
+      
+      // Otherwise output a single image.
+      stringstream ss;
+      ss << prefix << "_" << setfill( '0' ) << setw( 5 ) << file_number << 
"." << type_extension;
+      
+      if (writer == TGA_WRITER) {
+        writeTGA( image, ss.str(), 0 );
+      }
+      else {
+        writeNRRD( image, ss.str(), 0 );
+      }
+
+      // Increment output file counter.
+      ++file_number;
+    }
+
+    if (display_fps) {
+      double end_time = Time::currentSeconds();
+      std::cerr << "FileDisplay fps: " << 1.0/(end_time-start_time) << "\n";
+    }
   }
-  ++currentFrame;
+
+  // Increment frame counter.
+  current_frame++;
 }

Modified: trunk/Engine/Display/FileDisplay.h
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--- trunk/Engine/Display/FileDisplay.h  (original)
+++ trunk/Engine/Display/FileDisplay.h  Fri Jan 20 00:10:48 2006
@@ -2,25 +2,64 @@
 #ifndef Manta_Engine_FileDisplay_h
 #define Manta_Engine_FileDisplay_h
 
+/*
+  For more information, please see: http://software.sci.utah.edu
+
+  The MIT License
+
+  Copyright (c) 2005-2006
+  Scientific Computing and Imaging Institute, University of Utah
+
+  License for the specific language governing rights and limitations under
+  Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a
+  copy of this software and associated documentation files (the "Software"),
+  to deal in the Software without restriction, including without limitation
+  the rights to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense,
+  and/or sell copies of the Software, and to permit persons to whom the
+  Software is furnished to do so, subject to the following conditions:
+
+  The above copyright notice and this permission notice shall be included
+  in all copies or substantial portions of the Software.
+
+  THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS
+  OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
+  FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
+  THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
+  LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
+  FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
+  DEALINGS IN THE SOFTWARE.
+*/
+
 #include <Interface/ImageDisplay.h>
 #include <sgi_stl_warnings_off.h>
 #include <string>
 #include <vector>
 #include <sgi_stl_warnings_on.h>
 
+// Abe Stephens
+
 namespace Manta {
   using namespace std;
   class FileDisplay : public ImageDisplay {
   public:
+    enum { TGA_WRITER, NRRD_WRITER };
+    
     FileDisplay(const vector<string>& args);
     virtual ~FileDisplay();
     virtual void setupDisplayChannel(SetupContext&);
     virtual void displayImage(const DisplayContext& context,
                              const Image* image);
     static ImageDisplay* create(const vector<string>& args);
+
   protected:
-    string baseName;
-    int currentFrame;
+    bool   display_fps;
+    int    writer;
+    int    current_frame;
+    int    file_number;
+    int    skip_frames;
+    string prefix;
+    string type_extension;
+    
   private:
     FileDisplay(const FileDisplay&);
     FileDisplay& operator=(const FileDisplay&);

Modified: trunk/Image/NRRDFile.cc
==============================================================================
--- trunk/Image/NRRDFile.cc     (original)
+++ trunk/Image/NRRDFile.cc     Fri Jan 20 00:10:48 2006
@@ -41,7 +41,7 @@
 using namespace Manta;
 using namespace SCIRun;
 
-extern "C" void writeNRRD( Image const *image, std::string const &file_name 
) {
+extern "C" void writeNRRD( Image const *image, std::string const &file_name, 
int which ) {
 
   // Create a nrrd to save the image.
        Nrrd *out_nrrd = nrrdNew();
@@ -51,33 +51,39 @@
   int width, height;
   image->getResolution( stereo, width, height );
   
-  // Three dimensions for images, four dimensions for stereo images
-       out_nrrd->dim = 3 + (stereo ? 1 : 0);
+  // Three dimensions for images
+       out_nrrd->dim = 3;
+
+  int pixel_width;
 
   
/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
   // Determine the pixel type and size.
   if (typeid(*image)      == typeid(SimpleImage<RGB8Pixel>)) {
+    pixel_width = 3;
     out_nrrd->type = nrrdTypeUChar;
     out_nrrd->data =
-      dynamic_cast<SimpleImage<RGB8Pixel> const *>( image )->getRaw( 0 );
+      dynamic_cast<SimpleImage<RGB8Pixel> const *>( image )->getRaw( which );
   }
 
   else if (typeid(*image) == typeid(SimpleImage<RGBA8Pixel>)) {
+    pixel_width = 4;
     out_nrrd->type = nrrdTypeUChar;    
     out_nrrd->data =
-      dynamic_cast<SimpleImage<RGBA8Pixel> const *>( image )->getRaw( 0 );   
 
+      dynamic_cast<SimpleImage<RGBA8Pixel> const *>( image )->getRaw( which 
);    
   }
   
   else if (typeid(*image) == typeid(SimpleImage<RGBfloatPixel>)) {
+    pixel_width = 3;
     out_nrrd->type = nrrdTypeFloat;
     out_nrrd->data =
-      dynamic_cast<SimpleImage<RGBfloatPixel> const *>( image )->getRaw( 0 
);    
+      dynamic_cast<SimpleImage<RGBfloatPixel> const *>( image )->getRaw( 
which );    
   }
 
   else if (typeid(*image) == typeid(SimpleImage<RGBAfloatPixel>)) {
+    pixel_width = 4;
     out_nrrd->type = nrrdTypeFloat;
     out_nrrd->data =
-      dynamic_cast<SimpleImage<RGBAfloatPixel> const *>( image )->getRaw( 0 
);    
+      dynamic_cast<SimpleImage<RGBAfloatPixel> const *>( image )->getRaw( 
which );    
   }
   else {
     nrrdNix( out_nrrd );
@@ -86,23 +92,31 @@
 
   
/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
        // Specify the size of the data.
-  if (stereo) {
-    nrrdAxisInfoSet( out_nrrd, nrrdAxisInfoSize, 3, width, height, 2 );
-  }
-  else {
-    nrrdAxisInfoSet( out_nrrd, nrrdAxisInfoSize, 3, width, height );
-  }
+  nrrdAxisInfoSet( out_nrrd, nrrdAxisInfoSize, pixel_width, width, height );
 
   
/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+  // Filp the image.
+  Nrrd *flipped = nrrdNew();
+  if (nrrdFlip( flipped, out_nrrd, 2 )) {
+    const char *reason = biffGetDone( NRRD );
+    
+    nrrdNix( out_nrrd );
+    nrrdNix( flipped );
+    throw OutputError( "Could not flip nrrd image: " + string( reason ) );
+  }
+  
+  
/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
        // Write the nrrd to disk.
-       if (nrrdSave( file_name.c_str(), out_nrrd, 0 )) {
+       if (nrrdSave( file_name.c_str(), flipped, 0 )) {
                const char *reason = biffGetDone( NRRD );
 
     nrrdNix( out_nrrd );
+    nrrdNix( flipped );
     throw OutputError( "Could not save image as nrrd: " + string( reason ) );
        }
 
        nrrdNix( out_nrrd );
+  nrrdNix( flipped );
 }
 
 extern "C" Image *readNRRD( const std::string &file_name ) {
@@ -123,7 +137,7 @@
     nrrdNuke( new_nrrd );
                throw InputError( "nrrd must have three dimensions" );
        }
-
+  
   Image *image = 0;
   
        
/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////

Modified: trunk/Image/NRRDFile.h
==============================================================================
--- trunk/Image/NRRDFile.h      (original)
+++ trunk/Image/NRRDFile.h      Fri Jan 20 00:10:48 2006
@@ -36,7 +36,7 @@
 
   class Image;
 
-  extern "C" void writeNRRD ( Image const *image, std::string const 
&filename );
+  extern "C" void writeNRRD ( Image const *image, std::string const 
&filename, int which = 0 );
   extern "C" Image *readNRRD( const std::string &filename );
 
 }

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• [MANTA] r854 - in trunk: Engine/Display Image, abe, 01/20/2006

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