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Author: bigler
Date: Tue Sep 26 14:55:31 2006
New Revision: 1191

Modified:
   trunk/CMake/FindTeem.cmake
   trunk/Engine/ImageTraversers/FilteredImageTraverser.h
   trunk/Engine/ImageTraversers/TiledImageTraverser.cc
   trunk/Model/Readers/BART/parse.cc
   trunk/Model/Readers/BART/parse.h
   trunk/Model/Textures/NormalTexture.cc
   trunk/Model/Textures/NormalTexture.h
   trunk/StandAlone/octvol_build.cc
   trunk/SwigInterface/manta.i
   trunk/SwigInterface/test/CMakeLists.txt
   trunk/SwigInterface/test/child.cc
   trunk/SwigInterface/test/child.h
   trunk/SwigInterface/test/parent.h
   trunk/SwigInterface/test/test.i
Log:

CMake/FindTeem.cmake

  Additional path search that matches the Teem CMake build.

Engine/ImageTraversers/FilteredImageTraverser.h

  Removed class name in member function declaration.

Engine/ImageTraversers/TiledImageTraverser.cc

  Use SCIRun::Sqrt instead of sqrt.

Model/Readers/BART/parse.cc

  Get rid of M_PI definition and use SCIRun's DtoR function.

Model/Readers/BART/parse.h

  Put parsing function in Manta namespace.

Model/Textures/NormalTexture.cc
Model/Textures/NormalTexture.h

  Move templated code to header file.

  Added template specialization function declarations in header file.

  Put template specialization function implementations in Manta
  namespace.

StandAlone/octvol_build.cc

  Cast the isomin and isomax parameters to the correct type.

SwigInterface/manta.i

  Rename the global function "yield" in Thread.h to "yieldProcess" to
  avoid python keyword.

SwigInterface/test/CMakeLists.txt

  Missing closing } on variable.

SwigInterface/test/child.cc
SwigInterface/test/child.h

  Added BadChild class for testing polymorphism stuff.

SwigInterface/test/parent.h

  Added getSelf function.

SwigInterface/test/test.i

  Pull code from child and parent modules into test's namespace.


Modified: trunk/CMake/FindTeem.cmake
==============================================================================
--- trunk/CMake/FindTeem.cmake  (original)
+++ trunk/CMake/FindTeem.cmake  Tue Sep 26 14:55:31 2006
@@ -5,8 +5,10 @@
 # Look for library here before you look in Thirdparty path
 SET(TEEM_INSTALL_PATH "" CACHE PATH "Default search path for Teem install")
 
-FIND_LIBRARY( FOUND_TEEM_LIB     NAMES teem
-                                 PATHS ${TEEM_INSTALL_PATH}/lib 
${THIRD_PARTY_LIBRARY_PATH} /usr/local/lib /usr/lib
+# Also look in ${TEEM_INSTALL_PATH}/bin, because the teem CMake build
+# puts the libraries in there.
+FIND_LIBRARY( FOUND_TEEM_LIB NAMES teem
+                                 PATHS ${TEEM_INSTALL_PATH}/lib 
${TEEM_INSTALL_PATH}/bin ${THIRD_PARTY_LIBRARY_PATH} /usr/local/lib /usr/lib
                                  DOC "Teem library (This is a path.)" )
 FIND_PATH   ( FOUND_TEEM_INCLUDE teem/nrrd.h ${TEEM_INSTALL_PATH}/include 
${THIRD_PARTY_INCLUDE_PATH} /usr/local/include /usr/include
                                  DOC "Teem Include (This is a path.)" )

Modified: trunk/Engine/ImageTraversers/FilteredImageTraverser.h
==============================================================================
--- trunk/Engine/ImageTraversers/FilteredImageTraverser.h       (original)
+++ trunk/Engine/ImageTraversers/FilteredImageTraverser.h       Tue Sep 26 
14:55:31 2006
@@ -56,7 +56,7 @@
     virtual void setupFrame(const RenderContext& context);
     virtual void renderImage(const RenderContext& context, Image* image);
 
-    static ImageTraverser* FilteredImageTraverser::create(const 
vector<string>& args);
+    static ImageTraverser* create(const vector<string>& args);
     
   private:
     FilteredImageTraverser(const FilteredImageTraverser&);

Modified: trunk/Engine/ImageTraversers/TiledImageTraverser.cc
==============================================================================
--- trunk/Engine/ImageTraversers/TiledImageTraverser.cc (original)
+++ trunk/Engine/ImageTraversers/TiledImageTraverser.cc Tue Sep 26 14:55:31 
2006
@@ -30,6 +30,7 @@
 #include <Engine/ImageTraversers/TiledImageTraverser.h>
 #include <Core/Exceptions/IllegalArgument.h>
 #include <Core/Math/MinMax.h>
+#include <Core/Math/Expon.h>
 #include <Core/Thread/Mutex.h>
 #include <Core/Util/Args.h>
 #include <Core/Util/NotFinished.h>
@@ -61,7 +62,7 @@
         throw IllegalArgument("TiledImageTraverser -tilesize", i, args);
     } else if (arg == "-square") {
 /*
-        int sqrt_size = static_cast<int>(sqrt(RayPacket::MaxSize));
+        int sqrt_size = static_cast<int>(SCIRun::Sqrt(RayPacket::MaxSize));
         if (sqrt_size * sqrt_size != RayPacket::MaxSize)
             throw IllegalArgument("TiledImageTraverser -square 
(RayPacket::MaxSize is not square",
                                   i, args);
@@ -235,7 +236,7 @@
           Fragment frag(Fragment::SquareShape, Fragment::ConstantEye);
 
           // Square Shaped fragments of about RayPacket::MaxSize each
-          static const int sqrt_size = 
static_cast<int>(sqrt(RayPacket::MaxSize));
+          static const int sqrt_size = 
static_cast<int>(SCIRun::Sqrt(RayPacket::MaxSize));
           static const int full_size = sqrt_size * sqrt_size;
 
           for(int eye = 0; eye < numEyes; eye++){

Modified: trunk/Model/Readers/BART/parse.cc
==============================================================================
--- trunk/Model/Readers/BART/parse.cc   (original)
+++ trunk/Model/Readers/BART/parse.cc   Tue Sep 26 14:55:31 2006
@@ -8,6 +8,7 @@
 
 #include <Interface/Camera.h>
 #include <Interface/LightSet.h>
+#include <Interface/Scene.h>
 #include <Model/Lights/PointLight.h>
 #include <Model/AmbientLights/ConstantAmbient.h>
 #include <Model/Backgrounds/ConstantBackground.h>
@@ -22,20 +23,17 @@
 #include <Model/Primitives/Sphere.h>
 #include <Model/Primitives/Triangle.h>
 #include <Core/Util/NotFinished.h>
+#include <Core/Math/Trig.h>
 
 #include <stdio.h>
 #include <stdlib.h>
 #include <math.h>
-#include "parse.h"
+#include <Model/Readers/BART/parse.h>
 extern "C" {
 #include "animation.h"
 #include "texture.h"
 }
 
-#ifndef  M_PI
-#define  M_PI 3.1415926535897932384626433
-#endif
-
 #define X 0 
 #define Y 1  
 #define Z 2  
@@ -1017,7 +1015,7 @@
            RKeys[i].Rot.x = x;
            RKeys[i].Rot.y = y;
            RKeys[i].Rot.z = z;
-           RKeys[i].Rot.angle = angle*M_PI/180.0;
+           RKeys[i].Rot.angle = DtoR(angle);
            RKeys[i].tension = te;
            RKeys[i].continuity = co;
            RKeys[i].bias = bi;
@@ -1423,7 +1421,7 @@
   Description:
     parses the animation file
 ----------------------------------------------------------------------*/
-int viParseFile(FILE *f, Scene *scene)
+int Manta::viParseFile(FILE *f, Scene *scene)
 {
 
   if (scene != NULL) {

Modified: trunk/Model/Readers/BART/parse.h
==============================================================================
--- trunk/Model/Readers/BART/parse.h    (original)
+++ trunk/Model/Readers/BART/parse.h    Tue Sep 26 14:55:31 2006
@@ -2,13 +2,15 @@
  * Purpose: simple parser for data files, includeing args parsing
  */
 
-#ifndef PARSE_H
-#define PARSE_H
+#ifndef MANTA_READERS_BART_PARSE_H
+#define MANTA_READERS_BART_PARSE_H
 
 #include <stdio.h>
-#include <Interface/Scene.h>
 
-int viParseArgs(int argc, char *argv[], char **filename);
-int viParseFile(FILE *f, Manta::Scene *scene);
+namespace Manta {
+  class Scene;
+  
+  int viParseFile(FILE *f, Scene *scene);
+}
 
-#endif
+#endif // MANTA_READERS_BART_PARSE_H

Modified: trunk/Model/Textures/NormalTexture.cc
==============================================================================
--- trunk/Model/Textures/NormalTexture.cc       (original)
+++ trunk/Model/Textures/NormalTexture.cc       Tue Sep 26 14:55:31 2006
@@ -33,9 +33,6 @@
 
 #include <Core/Color/Color.h>
 
-#include <Model/Primitives/HeavyTriangle.h>
-#include <Model/Groups/KDTree.h>
-#include <Model/Textures/Constant.h>
 
 using namespace Manta;
 
@@ -110,80 +107,47 @@
 
///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 
-template<class ScratchPadInfo, class ValueType>
-WireframeTexture<ScratchPadInfo, ValueType>::WireframeTexture( const 
ValueType &color_, const ValueType &wire_value_ ) :
-  wire_value( wire_value_ )
-{
-  texture = new Constant<ValueType>( color_ );
-}
-
-template<>
-void 
WireframeTexture<HeavyTriangle::TriangleHit,Color>::getBarycentricCoords( 
RayPacket &rays, int which, Real &a, Real &b, Real &c ) const {
+// Implementations for specialized versions of the functions
 
-  HeavyTriangle::TriangleHit &th =
-    rays.scratchpad<HeavyTriangle::TriangleHit>(which);
+namespace Manta {
   
-  a = th.a;
-  b = th.b;
-  c = ((Real)1.0 - th.a - th.b);
-}
-
-template<>
-void WireframeTexture<Kdtree::KDTree::ScratchPadInfo,Color>::
-getBarycentricCoords( RayPacket &rays, int which, Real &a, Real &b, Real &c 
) const {
-
-  Kdtree::KDTree::ScratchPadInfo &info =
-    rays.scratchpad<Kdtree::KDTree::ScratchPadInfo>(which);
-
-  a = info.a;
-  b = info.b;
-  c = ((Real)1.0 - info.a - info.b);
-}
-
-template<>
-void WireframeTexture<Kdtree::KDTree::ScratchPadInfo,ColorComponent>::
-getBarycentricCoords( RayPacket &rays, int which, Real &a, Real &b, Real &c 
) const {
-
-  Kdtree::KDTree::ScratchPadInfo &info =
-    rays.scratchpad<Kdtree::KDTree::ScratchPadInfo>(which);
-
-  a = info.a;
-  b = info.b;
-  c = ((Real)1.0 - info.a - info.b);
-}
-
-template<class ScratchPadInfo, class ValueType>
-void WireframeTexture<ScratchPadInfo,ValueType>::
-mapValues(Packet<ValueType>& results,
-          const RenderContext& context,
-          RayPacket& rays) const
-{
-
-  // Compute the normal for each ray.
-  rays.computeNormals( context );
-
-  // Lookup dependent texture values.
-  Packet<ValueType> texture_values;
-  texture->mapValues( texture_values, context, rays );
-
-  // Iterate over the packet and set the colors.
-  for (int i=rays.begin();i<rays.end();++i) {
-
-    // Lookup barycentric coordinates.
-    Real a, b, c;
-    getBarycentricCoords( rays, i, a, b, c );
+  template<>
+  void WireframeTexture<HeavyTriangle::TriangleHit,Color>::
+  getBarycentricCoords( RayPacket &rays, int which, Real &a, Real &b, Real 
&c ) const
+  {
 
-    if ((a < 0.05) || (b < 0.05) || (c < 0.05)) {
-      results.set(i, wire_value);
-    }
-    else {
-      results.set(i, texture_values.get(i));
-    }
+    HeavyTriangle::TriangleHit &th =
+      rays.scratchpad<HeavyTriangle::TriangleHit>(which);
+  
+    a = th.a;
+    b = th.b;
+    c = ((Real)1.0 - th.a - th.b);
+  }
 
+  template<>
+  void WireframeTexture<Kdtree::KDTree::ScratchPadInfo,Color>::
+  getBarycentricCoords( RayPacket &rays, int which, Real &a, Real &b, Real 
&c ) const
+  {
+
+    Kdtree::KDTree::ScratchPadInfo &info =
+      rays.scratchpad<Kdtree::KDTree::ScratchPadInfo>(which);
+
+    a = info.a;
+    b = info.b;
+    c = ((Real)1.0 - info.a - info.b);
   }
-}
 
+  template<>
+  void WireframeTexture<Kdtree::KDTree::ScratchPadInfo,ColorComponent>::
+  getBarycentricCoords( RayPacket &rays, int which, Real &a, Real &b, Real 
&c ) const
+  {
+
+    Kdtree::KDTree::ScratchPadInfo &info =
+      rays.scratchpad<Kdtree::KDTree::ScratchPadInfo>(which);
+
+    a = info.a;
+    b = info.b;
+    c = ((Real)1.0 - info.a - info.b);
+  }
+} // end namespace Manta
 
-template class WireframeTexture<HeavyTriangle::TriangleHit,Color>;
-template class WireframeTexture<Kdtree::KDTree::ScratchPadInfo,Color>;
-template class 
WireframeTexture<Kdtree::KDTree::ScratchPadInfo,ColorComponent>;

Modified: trunk/Model/Textures/NormalTexture.h
==============================================================================
--- trunk/Model/Textures/NormalTexture.h        (original)
+++ trunk/Model/Textures/NormalTexture.h        Tue Sep 26 14:55:31 2006
@@ -32,6 +32,9 @@
 
 #include <Interface/Texture.h>
 #include <Interface/RayPacket.h>
+#include <Model/Textures/Constant.h>
+#include <Model/Primitives/HeavyTriangle.h>
+#include <Model/Groups/KDTree.h>
 
 // Abe Stephens
 
@@ -63,27 +66,77 @@
   template<class ScratchPadInfo, class ValueType = Color >
   class WireframeTexture : public Texture<ValueType> {
   public:
-    WireframeTexture( Texture<ValueType> *texture_, const ValueType 
&wire_value_ ) :
-      texture( texture_ ), wire_value( wire_value_ ) { };
-    WireframeTexture( const ValueType &color_, const ValueType &wire_value_ 
);
+    WireframeTexture( Texture<ValueType> *texture_,
+                      const ValueType &wire_value_ )
+      : texture( texture_ ), wire_value( wire_value_ )
+    { }
+    
+    WireframeTexture( const ValueType &color_,
+                      const ValueType &wire_value_ )
+      : wire_value( wire_value_ )
+    {
+      texture = new Constant<ValueType>( color_ );
+    }
+    
     virtual ~WireframeTexture() { }
     
-  virtual void mapValues(Packet<ValueType>& results,
-                         const RenderContext&,
-                         RayPacket& rays) const;
+    virtual void mapValues(Packet<ValueType>& results,
+                           const RenderContext&,
+                           RayPacket& rays) const;
   private:
     
     
///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
-    // Note: This method must be implemented for each possible template 
parameter
-    // type explicitly. It is responsible for copying the coordinates out of 
the
-    // ray packet scratch pad.
+    // Note: This method must be implemented for each possible
+    // template parameter type explicitly. It is responsible for
+    // copying the coordinates out of the ray packet scratch pad.
     void getBarycentricCoords( RayPacket &rays, int which,
                                Real &a, Real &b, Real &c ) const;
 
     ValueType wire_value;
     Texture<ValueType> *texture;
-  };           
+  };
+
+  // Specialized versions of functions
+  template<>
+  void 
WireframeTexture<HeavyTriangle::TriangleHit,Color>::getBarycentricCoords( 
RayPacket &rays, int which, Real &a, Real &b, Real &c ) const;
+  template<>
+  void 
WireframeTexture<Kdtree::KDTree::ScratchPadInfo,Color>::getBarycentricCoords( 
RayPacket &rays, int which, Real &a, Real &b, Real &c ) const;
+  template<>
+  void 
WireframeTexture<Kdtree::KDTree::ScratchPadInfo,ColorComponent>::getBarycentricCoords(
 RayPacket &rays, int which, Real &a, Real &b, Real &c ) const;
+  
 
+  // Non specialized template functions
+  template<class ScratchPadInfo, class ValueType>
+  void WireframeTexture<ScratchPadInfo,ValueType>::
+  mapValues(Packet<ValueType>& results,
+            const RenderContext& context,
+            RayPacket& rays) const
+  {
+
+    // Compute the normal for each ray.
+    rays.computeNormals( context );
+
+    // Lookup dependent texture values.
+    Packet<ValueType> texture_values;
+    texture->mapValues( texture_values, context, rays );
+
+    // Iterate over the packet and set the colors.
+    for (int i=rays.begin();i<rays.end();++i) {
+
+      // Lookup barycentric coordinates.
+      Real a, b, c;
+      getBarycentricCoords( rays, i, a, b, c );
+
+      if ((a < (Real)0.05) || (b < (Real)0.05) || (c < (Real)0.05)) {
+        results.set(i, wire_value);
+      }
+      else {
+        results.set(i, texture_values.get(i));
+      }
+
+    }
+  }
+  
 };
 
 #endif

Modified: trunk/StandAlone/octvol_build.cc
==============================================================================
--- trunk/StandAlone/octvol_build.cc    (original)
+++ trunk/StandAlone/octvol_build.cc    Tue Sep 26 14:55:31 2006
@@ -100,7 +100,7 @@
                return 0;
        }
        
-       OctreeVolume ov((char*)buildfrom_filename.c_str(), tstart, tend, 
variance, kernel_width, (double)isomin, (double)isomax);
+       OctreeVolume ov((char*)buildfrom_filename.c_str(), tstart, tend, 
variance, kernel_width, (Manta::ST)isomin, (Manta::ST)isomax);
 
        return 0;
 }

Modified: trunk/SwigInterface/manta.i
==============================================================================
--- trunk/SwigInterface/manta.i (original)
+++ trunk/SwigInterface/manta.i Tue Sep 26 14:55:31 2006
@@ -506,7 +506,13 @@
 #include <SCIRun/Core/Thread/Thread.h>
 %}
 
+// yield is a "future" reserved word for some versions of python.
+// This renames it to be something else.
+%rename(yieldProcess) yield;
+
 %include <SCIRun/Core/Thread/Thread.h>
+
+%rename(yield) yield;
 
 // namespace SCIRun {
 //   struct Thread {

Modified: trunk/SwigInterface/test/CMakeLists.txt
==============================================================================
--- trunk/SwigInterface/test/CMakeLists.txt     (original)
+++ trunk/SwigInterface/test/CMakeLists.txt     Tue Sep 26 14:55:31 2006
@@ -19,7 +19,7 @@
 
 INCLUDE_DIRECTORIES(${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR})
 
-INCLUDE(${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR/../../CMake/MantaUseSWIG.cmake)
+INCLUDE(${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/../../CMake/MantaUseSWIG.cmake)
 
 MACRO(MANTA_BUILD_SWIG_MODULE module_name interface_file)
   SET_SOURCE_FILES_PROPERTIES(${interface_file} PROPERTIES CPLUSPLUS ON)

Modified: trunk/SwigInterface/test/child.cc
==============================================================================
--- trunk/SwigInterface/test/child.cc   (original)
+++ trunk/SwigInterface/test/child.cc   Tue Sep 26 14:55:31 2006
@@ -13,3 +13,19 @@
 void Child::whoami() {
   cerr << "I am a Child with arg = "<<arg<<", and name = "<<name<<"\n";
 }
+
+BadChild::BadChild(int arg): Parent("BadChild"), arg(arg*2)
+{
+  whoami();
+}
+
+void BadChild::whoami()
+{
+  cerr << "I am a BadChild with arg = "<<arg<<", and name = "<<name<<"\n";
+}
+
+void BadChild::doBadStuff()
+{
+  arg *= 2;
+}
+  

Modified: trunk/SwigInterface/test/child.h
==============================================================================
--- trunk/SwigInterface/test/child.h    (original)
+++ trunk/SwigInterface/test/child.h    Tue Sep 26 14:55:31 2006
@@ -14,4 +14,14 @@
     int arg;
   };
 
+  class BadChild: public Parent {
+  public:
+    BadChild(int arg);
+    virtual void whoami();
+
+    void doBadStuff();
+  private:
+    int arg;
+  };
+  
 } // end namespace Test

Modified: trunk/SwigInterface/test/parent.h
==============================================================================
--- trunk/SwigInterface/test/parent.h   (original)
+++ trunk/SwigInterface/test/parent.h   Tue Sep 26 14:55:31 2006
@@ -13,6 +13,8 @@
     virtual void whoami() {
       cerr << "I am a Parent with name = "<<name<<"\n";
     }
+
+    Parent* getSelf() { return this; }
   protected:
     string name;
   };

Modified: trunk/SwigInterface/test/test.i
==============================================================================
--- trunk/SwigInterface/test/test.i     (original)
+++ trunk/SwigInterface/test/test.i     Tue Sep 26 14:55:31 2006
@@ -3,3 +3,12 @@
 %import "parent.i"
 %import "child.i"
 
+%pythoncode %{
+
+from parent import *
+from child import *
+
+%}
+
+
+

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• [MANTA] r1191 - in trunk: CMake Engine/ImageTraversers Model/Readers/BART Model/Textures StandAlone SwigInterface SwigInterface/test, bigler, 09/26/2006

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