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Dear David,

thanks and congratulations on some very nice development philosophy and
practices.

Morgan Hough has pointed out a few publications now using electrical
impedance tomography (EIT) to obtain conductivity estimates.  I've been
curious about EIT and diffusion tensor imaging (DTI, or diffusion weighted
imaging, DTI) to better define conductivities for cerebral tissues.  I
wonder if you would like to comment or advise, from your experiences in
defining inhomogenous/anisotropic conductivities?

Best, Darren


----- Original Message ----- 
From: "David Weinstein" <dmw@sci.utah.edu>
To: "Darren Weber" <darren.weber@radiology.ucsf.edu>
Cc: <scirun-users@sci.utah.edu>
Sent: Thursday, February 12, 2004 6:52 PM
Subject: Re: [SCIRUN-USERS] libraries and 64bit computing


> Hi Darren,
>
> We haven't yet run SCIRun on an Opteron, so I can't yet tell you
> whether it will work or not.  However, we're about to get several
> Opterons here within the next week, so soon we will begin officially
> supporting it as one of our platforms.
>
> The 64-bit platform that we do have experience with is SGI Irix.
> SCIRun has worked with Irix from the beginning, and performs quite
> well.
>
> In response to your FEM question: yes, SCIRun/BioPSE does support fully
> inhomogeneous, anisotropic conductivities for our FEM and FDM
> simulations -- you can build an Nx6 matrix that provides a unique
> tensor for every element in your domain.  Please see the Appendix A of
> the BioFEM tutorial for more information about getting finite element
> models imported into BioPSE:
> http://software.sci.utah.edu/doc/User/Tutorials/BioFEM/
> BioFEM.html#appendix_a
>
> Cheers,
> Dave
>
>
> On Feb 11, 2004, at 9:49 PM, Darren Weber wrote:
>
> >
> > Hi,
> >
> > novice questions, mainly directed at FEM computations on 64bit systems.
> >
> > What 64bit hardware/OS do you recommend?  Have you worked with Opteron
> > processors?
> >
> > What matrix libraries does SCIRUN use?  What libraries for GUI
> > displays is
> > used?  Will SCIRUN compile on 64bit Opteron systems?
> >
> > Does SCIRUN handle anisotropy in FEM/FDM forward calculations?
> >
> > Best, Darren
> >
> > --
> > Darren L. Weber, Postdoctoral Research Fellow,
> > Room 371-10, China Basin Landing, Dynamic Neuroimaging Laboratory,
> > Department of Radiology, University of California, San Francisco
> > 185 Berry Street, San Francisco, CA 94143-0946
> >
> > Address for express mail/deliveries:
> > 185 Berry Street. Suite 350
> > San Francisco, CA 94107
> >
> > voice:(1) 415 353-9444
> > fax:  (1) 415 353-9421
> > www:   http://dnl.ucsf.edu/users/dweber
> >
> >
> > "People travel to wonder at the height of the mountains,
> > at the huge waves of the seas, at the long course of the rivers,
> > at the vast compass of the ocean, at the circular motion of the stars,
> > and yet they pass by themselves without wondering."
> >
> >                                                              St.
> > Augustine,
> > 354 430
> >
> > =======================================================================
> > ====
> > == The SCIRun Users mailing list: send email to majordomo@sci.utah.edu
> >   ==
> > == for more details.
> >   ==
> > == Please acknowledge use of SCIRun in your papers and reports:
> >   ==
> > ==   see http://software.sci.utah.edu/scirun-biopse_citation.bib
> >   ==
> > =======================================================================
> > ====
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== The SCIRun Users mailing list: send email to majordomo@sci.utah.edu   ==
== for more details.                                                     ==
== Please acknowledge use of SCIRun in your papers and reports:          ==
==   see http://software.sci.utah.edu/scirun-biopse_citation.bib         ==
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• [SCIRUN-USERS] libraries and 64bit computing, Darren Weber, 02/11/2004
  • Re: [SCIRUN-USERS] libraries and 64bit computing, David Weinstein, 02/12/2004
    • Re: [SCIRUN-USERS] libraries and 64bit computing, Darren Weber, 02/14/2004
      • Re: [SCIRUN-USERS] libraries and 64bit computing, David Weinstein, 02/16/2004

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