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Re: [SCIRUN-USERS] Re: How to use SCIRun Convert Programs

Chronological Thread 
  • From: Ted Dustman <>
  • To:
  • Cc:, "J. Davison de St. Germain" <>
  • Subject: Re: [SCIRUN-USERS] Re: How to use SCIRun Convert Programs
  • Date: Fri, 19 Mar 2004 11:16:49 -0700


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On Mar 19, 2004, at 10:40 AM, J. Davison de St. Germain wrote:

Hi Ales,

Re: how to use the SCIRun convert programs

  The convert programs are C++ programs that have been compiled into
executables (programs that you just run).  To run them, you either
need them in your path or need to be in the directory that they exist
in.  Assuming you downloaded and installed a SCIRun RPM, you should be
able to do the following.

1) Lauch a shell (eg: in an xterm or terminal). You probably already
   have one open.

2) Type these commands into the shell at the prompt:

cd /usr/local/SCIRun/bin/StandAlone/convert
./TextToTetVolField --help

    [The above line will run the program and print out
     useful information.  Then to do your conversion type
     the following line:]

./TextToTetVolField torso-mesh.pts torso-mesh.tets

    [Make sure that your torso-mesh.pts and torso-mesh.tets files
     are both in the current directory.  Or use an absolute path
     as seen in the next line:]

./TextToTetVolField /home/ales/torso-mesh.pts /home/ales/torso-mesh.tets

    [The output file ( will be in the current
     directory, so you will need to move it to where ever you wish
     to store it.]

If you have any other questions, please feel free to contact me
directly (


I would like to ask you something about the converts programs from
the BioFem Tutorial.  I have read it, but I do not understand how to
use exatly the appropriate converter program. I am the beginner of
programming. I am sorry.  I have found the appropriate program at
SCIRun/bin/StandAlone/convert, but I do not know how to use it.  I
have read the Readme in SCIRunData/convert-examples and the problem
is same. Where shall I write the command (for example:
TextToTetVolField torso-mesh.pts torso-mesh.tets,
which could create me the SCIRun field file ( Or
what programme shall I use for this or what environment?  I prepared
my data for the conversion in text editor Vim, but now I do not know
how to follow.  So maybe nobody has asked you before for this, but
if you know something what could help me write me, please.

Thanks a lot.


    Thanks for using SCIRun.

       - J. Davison de St. Germain

- J. Davison de St. Germain    (801) 581-4078 -
- Chief Software Engineer        -
- SCI Institute, SE C-SAFE          University of Utah                -
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== The SCIRun Users mailing list: send email to ==
== for more details. ==
== Please acknowledge use of SCIRun in your papers and reports: ==
== see ==
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Ted Dustman
University of Utah
Nora Eccles Harrison Cardiovascular Research and Training Institute
Room 104
95 South 2000 East
Salt Lake City, UT 84112-5000

Phone: (801) 587-9513
Fax: (801) 581-3128

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