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[SCIRUN-USERS] Re: Head Model in SCIRunData

Chronological Thread 
  • From: "J. Davison de St. Germain" <>
  • To:
  • Subject: [SCIRUN-USERS] Re: Head Model in SCIRunData
  • Date: Wed, 28 Apr 2004 14:32:49 -0600 (MDT)

Hi SCIRun Users,

  Re: How to get segmentation data for the head model

> I exported mesh info from the head model brain-eg-mesh.tvt.fld using
> the following converter command.  ./TetVolFieldToText
> brain-eg-mesh.tvt.fld brainmesh.tvt.pts brainmesh.tvt.tet
> Unfortunately I cannot find the segmentation info in these two files,
> that is, I cannot specify which elements belong to the scalp, which
> belong to skull, which belong to cortex. But from the README file, it's
> said that "this dataset contains a segmented tetrahedral finite element
> mesh." So I'm wondering if and how can I get the segmentations from the
> dataset.

  To find out information about the brain-eg/brain-eg-mesh.tvt.fld
field, you need to perform the following operations.  Use a
SCIRun->DataIO->FieldReader module to read in the field.  Send the
output to a SCIRun->FieldsDataManageFieldData module. Then send the
matrix output (the blue port) to a SCIRun->DataIO->MatrixWriter
module.  Select a name for the output file (such as material.txt) from
the MatrixWriter GUI.  Now run the ColumnMatrixToText converter
program (found in: SCIRun/<binary>/StandAlone/convert/) to change the
outputed matrix into a human readable text file.

  You will also need to convert the brain-eg-mesh.tvt.fld (the TetVol
Field file) into human readable files using this command:

SCIRun/<bin>/StandAlone/convert/TetVolFieldToText \
          brain-eg-mesh.tvt.fld out.pts out.tet

  There will a one to one correspondence between the lines in the
out.tet file and the lines in the material.txt file.  The entries in
the ColumnMatrix are indices into the table of tensors.

  You can determine what the indices in the material.txt file refer to
(they are numbers from 1 to 5) by connecting a FieldReader (reading
the above brain-eg-mesh.tvt file) into a
BioPSE->Modeling->ModifyConductivities module.  Open the GUI up and
you will see five types of materials (air, skin, bone, csf, and

  This is essentially what's described here:

but in reverse.

    If you have any questions, please feel free to contact me

                 J. Davison de St. Germain

- J. Davison de St. Germain    (801) 581-4078 -
- Chief Software Engineer        -
- SCI Institute, SE C-SAFE          University of Utah                -

== The SCIRun Users mailing list: send email to   ==
== for more details.                                                     ==
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==   see         ==

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