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Hi Darby,

Thank you very much for your help.  No, I don't have MATLAB on the same
machine where SCIRun is installed and that explains the problem.  In
regards to loading the converted NRRD file into BioTensor, I haven't
been very successful either (and that was the reason I wanted to see how
MatlabInterface works...).  When I load the converted NRRD data into
BioTensor, I get errors loading the data.  Here are the steps I took:

1. In SCIRun 

        (a) MatlabInterface --> DataIO --> MatlabNrrdsReader --> in UI,
selected "e1.mat" (which contains 256x256x116 DOUBLE matrix called "e1"
that stores the major eigenvalues of a tensor volume) --> port 1 -->
Execute

        (b) Teem --> DataIO --> NrrdWriter --> Connected the output port
to port 1 in (a) --> Saved it as "e1.nd" and "e1.nd.nrrd".  No errors.

2. In Biotensor
        
        (a) In the Load Data tab, checked "Tensor Volumes" and selected
"e1.nrrd" which I created in step 1 (b) above.

        (b) Clicked on "Execute" and I get the following error:
         
************************************************************************
***
Error in Tcl Script: can't read "Teem_NrrdData_NrrdInfo_0-size3": no
such variable
        While executing
"set $mods(NrrdInfo1)-size3"
        (object "::app" method "::BioTensorApp::update_progress" body
line 85)
        invoked from within
"app update_progress [modname]$state"
        (object "::Teem_NrrdData_NrrdInfo_0" method
"::Module::update_state "body line 22)
        invoked from within
"update_state"
        (object "::Teem_NrrdData_NrrdInfo_0" method "::Module::set_state
"body line 4)
        invoked from within
"Teem_NrrdData_NrrdInfo_0 set_state Completed 0"

************************************************************************
****
At this point, BioTensor freezes, and I need to press enter in the shell
to unfreeze. After that, in the shell, there is series of:

Scirun> Redraw event dropped, mailbox full!
          Redraw event dropped, mailbox full!
          Redraw event dropped, mailbox full!
          ........


Am I doing something wrong here?

Also, out of curiosity, I tried to load some DICOM data (please note: I
can load this data in VolView) but "Loading data" runs forever, without
giving any error (I had to kill the BioTensor session after 30 minutes).

Another thing I tried was to map the original DOUBLE array to uint16
array (in "e1.mat") and created an Analyze header with makeaheader
(please note: I can load these converted Analyze data into MRIcro).
When I load this converted Analyze data into BioTensor, I get:

"ERROR: Slicing nrrd: [nrrd] nrrdSlice: slice axis 3 out of bounds (0 to
2)" 

Regards,
Akiko

-----Original Message-----
From: Darby J Van Uitert [mailto:darbyb@sci.utah.edu] ;
Sent: Tuesday, November 16, 2004 7:26 AM
To: Akiko Campbell
Cc: scirun-users@sci.utah.edu
Subject: Re: [SCIRUN-USERS] matlabinterface problem

Akiko,

Do you have matlab on your machine?  I'm not very familiar 
with the Matlab module but I believe it starts Matlab on 
your machine.  I don't have matlab on my machine and I get 
the same error.  

If you just want to read in .mat files and convert them to 
nrrds, there are modules in the MatlabInterface package 
that will do that without using the matlab program.  You 
can look at the sample network in 
SCIRun/src/Packages/MatlabInterface/nets/matlab_test_network.net 
and look specifically at the MatlabNrrdReader module.

Make sure to read the BioTensor tutorial, specifically the 
section on "Image Formats and Preparation" section.

http://software.sci.utah.edu/doc/User/Tutorials/BioTensor/BioTensor.htm

Thanks.

    -darby j

On Tue, 16 Nov 2004 01:10:25 -0800
  Akiko Campbell <adcampbell@shaw.ca> wrote:
>Hello,
>  
>I am a new user and would like to use SCIRun’s 
>MatlabInterface to
>convert my data in .mat format into NRRD for DT 
>visualization in
>BioTensor.  When I start MatlabInterface in SCIRun and 
>type in any
>simple MATLAB command, nothing happens and no message is 
>displayed in
>the Message Frame or the module’s Message Indicator. 
> However, in the
>shell, I see an error that says “matlab: command not 
>found”.  The exact
>steps I took are:
>  
>(1)     MatlabInterface --> DataIO --> Matlab --> UI
>  
>(2)     In the UI window, typed in 
>  
>o1=rand(5,5);
>  
>(3)     Clicked on “Execute” and I see the following 
>error in the shell
>  
>scirun> sh: line 1: matlab: command not found
>  
>My system is Red Hat Linux release 9 (Shrike)
>  
>$ uname –a
>  
>Linux localhost.localdomain 2.4.20-31.9 #1 Tue Apr 13 
>17:38:16 EDT 2004
>i686 athlon i386 GNU/Linux
>  
>$ cat /proc/version
>  
>gcc version 3.2.2 20030222 (Red Hat Linux 3.2.2-5)
>  
>I am able to run the demo data for BioTensor and it seems 
>the
>installation was successful.  If you could help me 
>troubleshoot this
>problem, I would really appreciate it.  Thank you.
>  
>Akiko Campbell
>  
>
>---
>Outgoing mail is certified Virus Free.
>Checked by AVG anti-virus system 
>(http://www.grisoft.com).
>Version: 6.0.788 / Virus Database: 533 - Release Date: 
>2004-11-01
>  


...........................
Darby J Van Uitert
SCI Institute
University of Utah
Email: darbyb@sci.utah.edu
Phone: 301.947.6980
...........................

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Checked by AVG anti-virus system (http://www.grisoft.com).
Version: 6.0.788 / Virus Database: 533 - Release Date: 2004-11-01
 

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===========================================================================
== The SCIRun Users mailing list: send email to majordomo@sci.utah.edu   ==
== for more details.                                                     ==
== Please acknowledge use of SCIRun in your papers and reports:          ==
==   see http://software.sci.utah.edu/scirun-biopse_citation.bib         ==
===========================================================================

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• [SCIRUN-USERS] matlabinterface problem, Akiko Campbell, 11/16/2004
  • <Possible follow-up(s)>
  • RE: [SCIRUN-USERS] matlabinterface problem, Akiko Campbell, 11/16/2004
    • Re: [SCIRUN-USERS] matlabinterface problem, Dana Brooks, 11/16/2004

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