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Dear SCIRun User(s),

   I've inserted answers to the questions inline.

> hello,
>
> I just downloaded SCIRunBioPSE-OSX-bin.1.24.1.tar.gz from http:// ;
> software.sci.utah.edu/ and installed it with little incident.  The  
> one tiny snag was in following directions in SCIRunDocs.1.24.1/doc/ 
> Installation/Guide/osx/srig.html:
> 
> sudo sh -c 'gunzip -c SCIRunBioPSE-OSX.1.24.1.tar.gz \
>   | (cd /usr/local && tar xf -)'
> 
> this didn't work because the filename was missing "-bin", and then I  

Thanks for pointing this out.  We will get this typo fixed.

> put that in, I started getting lots of garbage characters to the  

We have not seen or heard of garbage characters before.  Perhaps this
has to do with the version of gtar?  However, it sounds like it did
install correctly anyway, so this appears not to be a show stopper at
this point.

> screen.  This, however, worked, and may be a simpler way of  
> accomplishing the same:
> 
> set SDIR=`pwd`
> cd /usr/local
> sudo tar xzvf ${DIR}/SCIRunBioPSE-OSX-bin.1.24.1.tar.gz

[On the above 'sudo' line, you probably meant ${SDIR}?]

Yes, both the original sudo line, and the list of 3 commands you give
are mostly equivalent.  The original line allows for the assumption
that the tar you use does not support z files.  (And some people just
like to do things in a complicated manner. ;-)

> Anyway, after starting BioImage, I loaded this dataset:
> 
> http://www.sci.utah.edu/~gk/tmp/minipin.nrrd
> 
> and then clicked on the "Histogram" button of the processing pane,  
> and got this:
> 
> REMARK: Dynamically compiling some code.
> DynamicLoader - Executing: cd /Users/gk/SCIRun/on-the-fly-libs/ 
> ...

The SCIRun OSX binary (1.24.1) was built under OSX 10.3 (and released
before 10.4 was available).  While the error message you reported does
not look familiar, we do know that you cannot use the 10.3 binary with
a 10.4 system.  I assume that this is the problem that you are running
into.  Version 1.24.2 , scheduled to be released in the near future,
will have both a 10.3 and a 10.4 binary.  We believe this will solve
the problem that you are currently running into.  

In the mean time, you could grab the source release and build it
yourself.  (Note, you can also try 'cd /usr/local/SCIrun/bin', type
"gmake cleanreally" and then 'gmake'.  This will clean out the binary
and then rebuild on your machine (instead of forcing you to download
all the src again.)  Unfortunately, there are a few hacks that will
need to be made to get this to work.  Fortunately, they are easy to
do.  However, and I apologize, I don't have a list of them available
to send with this email.  I do promise, however, that if you try
compiling 1.24.1 on your OSX 10.4 box, that when you hit an error,
send it to me, and I will get back to you immediately with the fix.

> I get this information from "System Profiler"
> Hardware Overview:
> 
>    Machine Name:    PowerBook G4 17"
>    Machine Model:    PowerBook5,7
>    CPU Type:    PowerPC G4  (1.2)
>    Number Of CPUs:    1
>    CPU Speed:    1.67 GHz
>    L2 Cache (per CPU):    512 KB
>    Memory:    2 GB
>    Bus Speed:    167 MHz
>    Boot ROM Version:    4.9.1f3
>    Serial Number:    W85300K7SQ5
>    Sudden Motion Sensor:
>    State:    Enabled
>    Version:    1.0
> 
> System Software Overview:
> 
>    System Version:    Mac OS X 10.4 (8A451)
>    Kernel Version:    Darwin 8.0.0
>    Boot Volume:    gnocchi
>    Computer Name:    gnocchi
>    User Name:    Gordon Kindlmann (gk)
> 
> I get a very similar error when trying to load this volume:
> http://www.sci.utah.edu/~gk/tmp/minipin-US.nrrd
> 
> Looking forward to playing around with BioImage some more!
> 
> Gordon

Thank you for using SCIRun and please feel free to contact me (us) any
time about any problems you encounter (or just to let us know the
great research you are doing).

    Sincerely,
          J. Davison de St. Germain

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- J. Davison de St. Germain         dav@cs.utah.edu    (801) 581-4078 -
- Chief Software Engineer           http://www.cs.utah.edu/~dav       -
- SCI Institute, SE C-SAFE          University of Utah                -
-----------------------------------------------------------------------
===========================================================================
== The SCIRun Users mailing list: send email to majordomo@sci.utah.edu   ==
== for more details.                                                     ==
== Please acknowledge use of SCIRun in your papers and reports:          ==
==   see http://software.sci.utah.edu/scirun-biopse_citation.bib         ==
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• Re: [SCIRUN-USERS] dynamic compilation error using BioImage, J. Davison de St. Germain, 08/01/2005

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