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Thank you Thomas.  I'll integrate these changes back into the main
SCIRun trunk.  Let us know if you find any other problems.

  Michael

On Thu, 2005-10-06 at 15:47 +0200, Thomas Schultz wrote:
> Hi!
> 
> I am using the BioTensor PowerApp for my master thesis (on DT-MRI 
> imaging) at Saarland University / Max-Planck-Institut Informatik. I found 
> it very useful so far; however, I came across a couple of bugs during my 
> work and I would like to send you a patch that fixes them (hope it's okay 
> to send it to the list, it's not very large).
> 
> Short description for SCIRun-bugs.diff:
> 
>   1. Parts of the network would occasionally block (wait for input)
>      forever. I typically got this after turning off one of the planes and
>      turning it on again. I found this problem is due to a race condition
>      in the thread implementation: If a module sets its "need_execute" flag
>      while the scheduler runs, this can happen after the dependency checks,
>      but before the actual execution. In this case, a module gets executed
>      without its dependencies being fulfilled. I fixed this by introducing
>      a mutex within the scheduler which a module needs to hold while
>      changing its "need_execute" flag.
> 
>   2. The ClipByFunction module does a test to determine if it really needs
>      to re-execute. This test should depend not only on a change in the
>      input field and clipping function, but also on the user-defined
>      variables u0-u5.
> 
> Short description for BioTensor.diff:
> 
>   1. A typo in the configuration of m137 caused an error when reading in
>      tensor fields.
> 
>   2. When clipping by planes, I think turning off planes altogether should
>      have the same effect as turning off each individual plane. (I exploit
>      the new behaviour when getting a glyph representation of the whole
>      volume without having to turn off each plane separately.)
> 
>   3. If the isovalue changes, the clipping function (for glyphs and
>      fibers) needs to be re-evaluated because it depends on it.
> 
>   4. In case the isovalue changes, the isosurface is not shown, but the
>      planes are clipped to it, the isosurface still needs to be
>      re-calculated to get the clipping right.
> 
> Thank you for a useful application. I hope my patch can contribute to its 
> further improvement.
> 
> Kind regards
>      Thomas Schultz

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• [SCIRUN-USERS] A number of bugs in SCIRun/BioTensor fixed, Thomas Schultz, 10/06/2005
  • Re: [SCIRUN-USERS] A number of bugs in SCIRun/BioTensor fixed, Michael Callahan, 10/06/2005

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