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Re: [SCIRUN-USERS] left/right for MR volumes

Chronological Thread 
  • From: Charles Murphy <>
  • To:
  • Cc: Chris Butson <>,
  • Subject: Re: [SCIRUN-USERS] left/right for MR volumes
  • Date: Sat, 25 Feb 2006 07:55:22 -0600

I'm still trying to get Scirun to run on my Apple laptop, but I had a 
troubling discussion with the MRI technichian when I had my knee scanned.She 
maintained that 'axial' meant viewed from 'the top down'. Years ago when I 
did some mentoring work with students, we were working on a Siemens Somatom 
Plus. At that time we were told that 'axial' meant 'from the bottom up'. I 
was able to immediately load my scans into Osirix and based on the 
orientation designations (A-P:ANTERIOR-POSTERIOR;L-R:LEFT-RIGHT;H-F: 
HEAD-FOOT) we could only be viewing from the bottom up. Another cause for 
concern is that doctors offices are routinely sent tiled orthogonal views of 
scans where often orientation can be ambiguous.
Charles Murphy
On Saturday, February 25, 2006, at 03:48AM, Darren Weber 
<> wrote:

>Hi Chris,
>I have some code and notes about Analyze, see
>I don't know anything about Teem i/o functions.
>Best, Darren
>Chris Butson wrote:
>> I have noticed a discrepancy in the way Teem handles left/right for MR 
>> volumes.  I have a 160 slice T1 MR acquired from a Siemens scanner.  
>> This particular patient has a very asymmetric brain so left/right are 
>> easy to identify from inspection.  If I load the patient data into 
>> SCIRun either from raw dicom files (using DicomNrrdReader) or from a 
>> hdr/img volume (generated using Analyze, loaded into scirun with 
>> AnalyzeNrrdReader) then the 3D brain volume is flipped left/right.  If 
>> I view the same hdr/img volume or dicom series in Analyze then 
>> left/right are rendered correctly in 3D.
>> The radiologists convention dictates that for patients who are head 
>> first and supine in the magnet, you should envision looking through 
>> the feet so the right side of the brain is on the left side of the 
>> screen for axial slices.  However, 3D renderings are unambiguous in 
>> terms of left/right so no convention is needed.  So it is a little odd 
>> that the scirun renderings seem to be flipped.  More disturbing is the 
>> difference in 3D rendering from the same data with different pieces of 
>> software.  Has anyone else noticed this problem?  Is there an 
>> explanation for this behavior that I am missing?
>> Thanks,
>> Chris
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>Darren L. Weber, Ph.D.
>Visiting Postdoctoral Scholar
>Dynamic Neuroimaging Laboratory, Department of Radiology,
>University of California, San Francisco,
>185 Berry Street, Suite 350, Box 0946,
>San Francisco, CA 94107, USA.
>Tel: +1 415 353-9444
>Fax: +1 415 353-9421
>"To explicate the uses of the brain seems as difficult
>a task as to paint the soul, of which it is commonly
>said, that it understands all things but itself."
>--Thomas Willis (The Anatomy of the Brain and Nerves, 1664)
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