SCIRun User Mailing List

Text archives Help

Re: [SCIRUN-USERS] forward modeling with threads

Chronological Thread 
  • From: "J. Davison de St. Germain" <>
  • To:
  • Cc:,
  • Subject: Re: [SCIRUN-USERS] forward modeling with threads
  • Date: Mon, 27 Mar 2006 15:20:15 -0700 (MST)


   Usually when someone says a "grid system" they mean a distributed
cluster type environment... again usually using a message passing
system (usually MPI).  If this is what you mean, then no, SCIRun does
not support this type of multi-processing.  SCIRun uses threads (eg:
pthreads or sproc (SGI)).  Threads are 'shared memory' beasts, and
thus don't help in a distributed environment.  However, if you have a
multi-processor computer (many new linux boxes have 2 or more
processors, and many SGIs have lots of processors), then SCIRun can be
(fairly straigtforwardly) made to take advantage of it.

    Now as to the particulars of greating a parallel algorithm for
solving forward solutions, I'm not sure of the answer.  Perhaps others
on this list will have some insight.  Note, the FAQ probably doesn't
have the specific information you might need.

    Please feel free to write back with more specifics.

> Hi,
> this looks helpful:
> Does this point to sufficient information about SCIrun multithreading 
> for forward solutions.  I would appreciate some advice on getting 
> scripts setup to run multithreaded forward solutions for EEG/MEG and 
> spherical or boundary element models.  As a novice to threaded 
> computations on a grid system, we can seek advice from a local expert in 
> their use, but some startup tips and potential pitfalls with SCIrun 
> would be valuable.  We have a grid system that includes solaris and 
> linux systems.
> I assume that inverse solutions are not threaded to the same extent as 
> forward solutions, although the BLAS may be threaded.
> Take care, Darren

           J. Davison de St. Germain

- J. Davison de St. Germain   (801) 581-4078 -
- Chief Software Engineer        -
- SCI Institute, SE C-SAFE          University of Utah                -
== The SCIRun Users mailing list: send email to   ==
== for more details.                                                     ==
== Please acknowledge use of SCIRun in your papers and reports:          ==
==   see         ==

Archive powered by MHonArc 2.6.16.

Top of page