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On 3.0.2  we have had matrices as large as 250x250x250 (15million elements) 
and been able to run on 64 bit linux (Ubuntu/Fedora) with appropriate RAM.   
See:
 
Stinstra JG, Jolley M, Callahan M, Weinstein D, Cole M, Brooks DH, Triedman 
J, Macleod RS. 
<https://chcvp.org/pubmed/18002232?ordinalpos=1&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Pubmed.Pubmed_ResultsPanel.Pubmed_RVDocSum>
  
<https://chcvp.org/pubmed/18002232?ordinalpos=1&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Pubmed.Pubmed_ResultsPanel.Pubmed_RVDocSum>
 
Evaluation of different meshing algorithms in the computation of 
defibrillation thresholds in children.
Conf Proc IEEE Eng Med Biol Soc. 2007;1:1422-5. 
 
 
I believe we encountered strange behavior at less than 2 G elements possibly 
related to the 32 bit indexing, but that this has been upgraded for the next 
version/current dev version.  Jeroen could give specifics.
 
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Matthew Jolley, MD
Children's Hospital Boston
Matthew.Jolley@cardio.chboston.org
Pager 6132

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From: owner-scirun-users@sci.utah.edu on behalf of Michael Callahan
Sent: Thu 1/24/2008 13:03
To: Juho Väisänen
Cc: scirun-users@sci.utah.edu
Subject: Re: [SCIRUN-USERS] Model dimensions, SciRun limits



I believe that our internal matrix size uses 32 bit indices in 3.0.2 and
that you'll max out at 2G matrix elements.  Jeroen has been working on
moving the index sizes to 64 bits and so the only real limitation on a
64 bit machine will be how much memory you have.

I don't think we have a 64 bit windows build yet.  64 bit OSX is a work
in progress (as that came out in October).  Your best bet for large data
would be to load up a machine with ram and use a 64 bit linux
distribution (Ubuntu is nice).

  Michael

On Thu, 2008-01-24 at 09:44 +0200, Juho Väisänen wrote:
> Hi,
>
> What is the maximum element/node size that SciRun/BiopSE can handle? How
> large models have people solved? What are the system requirements
> (memory, operating system) for the large scale models?
>
> Juho


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== The SCIRun Users mailing list: send email to majordomo@sci.utah.edu   ==
== for more details.                                                     ==
== Please acknowledge use of SCIRun in your papers and reports:          ==
==   see http://software.sci.utah.edu/scirun-biopse_citation.bib         ==
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• [SCIRUN-USERS] Model dimensions, SciRun limits, Juho Väisänen, 01/24/2008
  • Re: [SCIRUN-USERS] Model dimensions, SciRun limits, Michael Callahan, 01/24/2008
    • RE: [SCIRUN-USERS] Model dimensions, SciRun limits, Jolley, Matthew, 01/24/2008

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