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[SCIRUN-USERS] Re: Clipping Fields by intersection


Chronological Thread 
  • From: David Weinstein <dmw@sci.utah.edu>
  • To: Layla Houshmand <layla.houshmand@gmail.com>
  • Cc: scirun-users@sci.utah.edu
  • Subject: [SCIRUN-USERS] Re: Clipping Fields by intersection
  • Date: Thu, 4 Aug 2011 13:18:11 -0600
Hi Layla,

What type of unstructured mesh is the "Left Thalamus Field"?  Is it a 
tri-surface or a tet-mesh or a hex-mesh?

Cheers,
Dave


On Aug 4, 2011, at 11:17 AM, Layla Houshmand wrote:

> Hi everyone,
> 
> I am trying to use the ClipFieldToFieldorWidget module to extract the 
> Diffusion Tensor Imaging data from just one part of the brain (the left 
> Thalamus) .  I have .fld files of both the Thalamus and the DTI (they 
> should already be aligned--they come from the same patient). I'd like to 
> export this clipped DTI data as a matrix in Matlab, and I'd be interested 
> in seeing what a .fld file looks like in Matlab also.  After playing around 
> a little, I realized that ClipFieldToFieldorWidget returns an error without 
> converting the DTI Field to an Unstructured Mesh first--the Left Thalamus 
> Field is already an unstructured mesh.  As you can see, converting the 
> clipped field to a Nrrd and then to a Matrix didn't work out. I end up with 
> a MATLAB file that is unable to load, which is especially confusing as 
> there are no errors in exporting the clipped field to MATLAB.  If anyone 
> has any ideas about what I can do to make this code work I'd appreciate it!
> 
> Best,
> Layla Houshmand
> Department of Biomedical Engineering
> University of Michigan
> <SCIRunscreenshot.png>


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