SCIRun User Mailing List

Text archives Help

[SCIRUN-USERS] Re: Assign Colors to Voxels/Cells

Chronological Thread 
  • From: Jess Tate <>
  • To: Carlos Garavito <>
  • Cc:
  • Subject: [SCIRUN-USERS] Re: Assign Colors to Voxels/Cells
  • Date: Thu, 20 Jun 2013 10:01:32 -0600

Hi Carlos,

There are a couple ways to do this in SCIRun.  If you have a matrix or array 
of numbers you can read in the matrix as an ascii matrix, or you can use the 
matlab binary format.  The SCIRun binary format is similar, but the other two 
formats are more common.  Once you read in the matrix you can convert it to a 
2D image mesh using ConvertMatrixToField.  You can also make a 3D grid using 
CreatLatVol, then use SetFieldData to map the matrix values onto the grid.  

Perhaps the best way to make a 3D grid of data is to use the nrrd file 
format.  Creating a nrrd is quite simple and it can be used to better control 
the geometric information of the grid, such as spacing, size, and origin.  
This file format can be read in to SCIRun as a LatVol using the ReadField 
module and used in many ways.  There are also many module designed 
specifically for use with nrrd file formats in SCIRun.  Please refer to the for more info on the nrrd format.  ;


On Jun 20, 2013, at 8:49 AM, Carlos Garavito <> wrote:

> Hi,
> I am working with a structured grid and I would like to assign colors to 
> each voxel/cell using an external file which have some numerical values.
> I was wondering how to use this in SCIRun I am aware about the read and 
> write field methods but the format is not clear.
> I will really appreciate any help with the formats in this case.
> Best

Archive powered by MHonArc 2.6.16.

Top of page