Text archives Help

---

Sorry about the delay in answering this question. Seg3D2 can read 4D Matlab 
structs with the first dimension as a dummy dimension (size == 1) and also 3D 
structs. In the case of the 4D structs, the first dimension is simply ignored 
and the information from the remaining axes is read in as a 3D struct.

Ayla

On Mar 5, 2012, at 7:22 AM, Ramón Casero Cañas wrote:

> On 03/03/12 01:36, Ayla Khan wrote:
>> Hi Peter,
>> 
>> It's not possible to set spacing in a standard Matlab matrix file since 
>> there is no metadata to fill in that information, however you can create a 
>> struct that can be read by Seg3D that can contain your data and additional 
>> information.
>> 
>> This is a bit rough, and I'm not a Matlab expert, but here are the 
>> commands I used to create a struct from your matrix file:
>> 
>> s=struct();
>> s.data = L2;
>> s.axis = struct('spacing', [0.5]);
>> s.axis(2,1) = struct('spacing', [0.5]);
>> s.axis(3,1) = struct('spacing', [3.0]);
> 
> 
> Seg3D 1.x expected s.data to be a 4D array and s.axis a 4-vector, with a 
> dummy dimension as the first dimension, if I'm not wrong. Has this changed 
> in Seg3D 2? Maybe that's why my .mat data is not loaded correctly.
> 
> Peter, we have developed quite a bit of Matlab code to interact with Seg3D. 
> Instructions to check it out here
> 
> http://code.google.com/p/gerardus/source/checkout
> 
> For example, you can load image and metadata with
> 
> nrrd = scinrrd_load('image.mat');
> 
> or convert a normal array into a struct for Seg3D
> 
> nrrd = scinrrd_im2nrrd(im, resolution, offset);
> 
> Best regards,
> 
> Ramon.
> 
> -- 
> Dr. Ramón Casero Cañas
> 
> Computational Biology
> Department of Computer Science
> University of Oxford
> Wolfson Building, Parks Rd
> Oxford OX1 3QD
> 
> tlf     +44 (0) 1865 610737
> web     http://web.comlab.ox.ac.uk/people/Ramon.CaseroCanas
> photos  http://www.flickr.com/photos/rcasero/

---

• [Seg3D] Re: Re: Re: Re: Matlab files: Spacing, Ayla Khan, 04/08/2012

---

Archive powered by MHonArc 2.6.16.