iv3d-users

Text archives Help


[IV3D-USERS] Re: 3D tiffs + color transfer functions (was: Display assigned colour in Tifs)


Chronological Thread 
  • From: Tim Holy <holy@wustl.edu>
  • To: iv3d-users@sci.utah.edu
  • Subject: [IV3D-USERS] Re: 3D tiffs + color transfer functions (was: Display assigned colour in Tifs)
  • Date: Sun, 5 Dec 2010 20:21:23 -0600
Hi Tom,

On Sunday, December 05, 2010 06:11:05 pm tom fogal wrote:
> However the process happens to work by subsampling in all dimensions
> instead of just the very large dimensions.  This means when your
> data are heavily anisotropic (e.g. 2000x1000x30), the low resolution
> will shrink even the dimension which is already tiny (e.g. down to
> 200x100x3).  When the data gets that thin, there simply aren't that
> many voxels, and in many cases you just won't be able to see the data
> until the progressive renderer kicks in.

In our own code (Matlab + C functions), we handle this by having subsampling 
progressively aim to achieve voxels that are of approximately equal size 
along 
each dimension. That is, if images are acquired with pixels that are 0.71 
microns on a side, and we slice every 5 microns, then in our analysis we 
create a pyramid of images with voxel sizes on the following schedule:
0.71 x 0.71 x 5 (original voxel size)
1.42 x 1.42 x 5 (i.e., subsample on X & Y, but not Z)
2.84 x 2.84 x 5 (")
5.86 x 5.86 x 5 (")
11.36 x 11.36 x 10 (i.e., this time we subsample on Z, too)
22.72 x 22.72 x 20 (")
etc.

This doesn't work as a good default if the volume being sampled really is 
long 
and thin, of course. But the main point is that if you can selectively 
subsample along certain axes and skip subsampling on others, you can do 
whatever you want to make sure the data don't just "disappear" on you.

If this strategy is viewed as desirable, I'd be happy to send you our C code. 
But I bet it would be easier for you to implement it directly rather than 
trying to figure out how to weave our code into yours.

Speaking of voxel geometry, here's a heads-up: at some point fairly soon we 
will start collecting data where the axes of the 3d data array are not 
orthogonal in real space. That is, in real life the data array will have 
"shear." I don't know whether IV3D/Tuvok can handle that yet, but if not I 
will be interested in finding out what is needed to get it implemented (and 
perhaps give it a shot myself, if it is not yet built-in and if I am capable 
of it).

Best,
--Tim

Archive powered by MHonArc 2.6.16.

Top of page