iv3d-users

Text archives Help


[IV3D-USERS] Re: RE: Re: uvfconvert performance


Chronological Thread 
  • From: "tf (mobile)" <tfogal@sci.utah.edu>
  • To: "iv3d-users@sci.utah.edu" <iv3d-users@sci.utah.edu>
  • Cc: "iv3d-users@sci.utah.edu" <iv3d-users@sci.utah.edu>
  • Subject: [IV3D-USERS] Re: RE: Re: uvfconvert performance
  • Date: Fri, 2 Nov 2012 14:45:15 +0100
It's actually --experimental (i.e. two dashes).. But i think it should 
actually be the default now.  Might be a bug there.

But i'll also note that tiff stacks are the slowest of our 20 or so supported 
formats.  Nrrds might serve you better.  See the "getting data into iv3d" 
manual for more info.

-tom

On 02.11.2012, at 11:24, "Harvey, M J" <m.j.harvey@imperial.ac.uk> wrote:

> Jens,
> 
> Thanks very much!
> 
> Matt
> ________________________________________
> De: iv3d-users-owner@sci.utah.edu [iv3d-users-owner@sci.utah.edu] en nombre 
> de Jens Krüger [jens@sci.utah.edu]
> Enviado el: viernes, 02 de noviembre de 2012 10:22
> Para: iv3d-users@sci.utah.edu
> Cc: iv3d-users@sci.utah.edu
> Asunto: [IV3D-USERS] Re: uvfconvert performance
> 
> Dear Matt,
> 
> please add -experimental to your command line and you will get the new 
> (much faster) converter. Actually, that converter is not "experimental" 
> anymore but we haven't updated the command line app yet.
> 
> - Jens (via iPhone)
> 
> Am 02.11.2012 um 10:50 schrieb "Harvey, M J" <m.j.harvey@imperial.ac.uk>:
> 
>> Hi,
>> 
>> I've just started using ImageVis3D 3 to process some rather large (ca 
>> 10GB) stacks. The TIF stack->UVF conversion done by ImageVis itself taxed 
>> the resources of my desktop, so I tried the command line uvfconvert 
>> progamme, running on a cluster. Despite running it on a much more capable 
>> machine, the conversion took much longer and used more memory.
>> 
>> Presumably the uvfconvert in v 3.0.0 is using some older, less-optimised 
>> conversion algorithm? If so, is there a new version available? I have 
>> quite a large number of these datasets, and would very much like to 
>> convert them as a batch process.
>> 
>> Cheers,
>> 
>> Matt

Archive powered by MHonArc 2.6.16.

Top of page