SCIRun User Mailing List

Text archives Help

[SCIRUN-USERS] View MR-image and dipole location

Chronological Thread 
  • From: Christopher Joseph Bailey <>
  • To:
  • Subject: [SCIRUN-USERS] View MR-image and dipole location
  • Date: 11 Feb 2004 14:20:34 +0100
  • Organization: Center for Functionally Integrative Neuroscience

Dear List,

I appologise in advance for trying to take a shortcut, but...

I have two MR-images of subjects we had in an MEG experiment. We used
proprietary software (xfit, Neuromag, Finland) to fit dipoles to their
MEG responses at a few timepoints. Now we want to show these individual
subject responses on their MR's, and I would like to use SCIRun. My
problem is zero experience (appart from the tutorial) on it's use and
would really appreciate some help.

I have the MR image in Analyze format (can of course convert to
whatever) that I would like to read in. I would like to make a rendering
of the surface of the volume and make a cutout to show the superior
temporal lobes (auditory cortex). Then I would like to show one or two
dipoles (as standard dot-arrow objects) "nicely" placed within the
cutouts. The MR- and dipole coordinate systems have been aligned.

Could anyone out there share a net I could modify for my purposes or
otherwise get me started? I was unable to find help "Googling" on the
web. In the future, I plan to get more familiar with BioPSE.

Any help much appreciated,

Christopher Bailey
Research Assistant (MSc)
Center for Functionally Integrative Neuroscience (CFIN)
Bygning 30
Århus Sygehus
DK-8000, Århus C

phn: +45 89 49 43 78
fax: +45 89 49 44 00

== The SCIRun Users mailing list: send email to   ==
== for more details.                                                     ==
== Please acknowledge use of SCIRun in your papers and reports:          ==
==   see         ==

Archive powered by MHonArc 2.6.16.

Top of page