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Hi David,

First for my specs: Dual Athlon (à 2.6GHz), 2GB RAM and a 128MB GeForce
Ti4200. The MR images are: 1mm cubic voxels, 176 x 256 x 256 matrix,
signed short (but can be cast to bytes without problem).

You can see the approximate location of our "most interesting" dipole in
(crosshairs, not easy to see...)
 
http://www.pet.au.dk/~cjb/scirun/dipole_location.png

We're assuming it's (primary) auditory, and it seems so from my rough
registration. It's quite a superficial source.

I had imagined using volume rendering, since I'm not familiar with
determining surfaces via isovalues (sounds like something I should know
about, though!).

What I'm going for is something like

1):
http://www.sci.utah.edu/cgi-bin/sci_gallery.pl?key=IMG:wei2003043006

but then again something more towards

2):
http://www.sci.utah.edu/cgi-bin/sci_gallery.pl?key=IMG:wei2003043017

Would it be possible (using volume rendering) to make a wedge (1) into
the brain surface (2)? I have the MR also with non-brain matter removed
(using BET from FSL, Oxford). 

I can try to use some tools (maybe from FreeSurfer) to normalize the
gray and white matters (i.e. white = 110, gray = 70), if this would help
in the rendering and/or isovalue search.

Did I forget someting? Thank you for spending time on this!

Best,

-Chris


On Wed, 2004-02-11 at 18:35, David Weinstein wrote:
> Hi Christopher,
> 
> I'd be happy to help you with this.  I just need additional  
> clarification on this component:
> 
> > I would like to make a rendering
> > of the surface of the volume and make a cutout to show the superior
> > temporal lobes (auditory cortex).
> 
> Do you want to render the scalp and cortex, and then just cut-away a  
> wedge-shaped portion of the scalp surface to reveal the temporal lobe  
> of the cortex?  And if so, do you want the cortical surface to be  
> semi-transparent, or perhaps rendered in wire-frame? --otherwise,  
> there's a chance the dipole could be "hidden" if it's sub-cortical.   
> And then there's the question to determine the surfaces -- are you  
> planning on finding the scalp and/or cortical surface via isovalues?
> 
> Alternatively, we could use volume rendering instead, assuming you have  
> a powerful enough graphics card (e.g. NVidia GeForce 3).  For volume  
> rendering we could cut a wedge out of the whole head -- then the  
> challenge is choosing the transfer function to pull out those features  
> of the volume that should appear (similar to picking the isovalues,  
> above).
> 
> Any additional information you could give me regarding what you want  
> this visualization to look like (and what type of graphics card you'll  
> be using) would help me as I'm building this net for you.
> 
> Sincerely,
> 
> David Weinstein
> SCIRun Project Coordinator
> SCI Institute, University of Utah
> 
> 
> On Feb 11, 2004, at 6:20 AM, Christopher Joseph Bailey wrote:
> 
> > Dear List,
> >
> > I appologise in advance for trying to take a shortcut, but...
> >
> > I have two MR-images of subjects we had in an MEG experiment. We used
> > proprietary software (xfit, Neuromag, Finland) to fit dipoles to their
> > MEG responses at a few timepoints. Now we want to show these individual
> > subject responses on their MR's, and I would like to use SCIRun. My
> > problem is zero experience (appart from the tutorial) on it's use and
> > would really appreciate some help.
> >
> > I have the MR image in Analyze format (can of course convert to
> > whatever) that I would like to read in. I would like to make a  
> > rendering
> > of the surface of the volume and make a cutout to show the superior
> > temporal lobes (auditory cortex). Then I would like to show one or two
> > dipoles (as standard dot-arrow objects) "nicely" placed within the
> > cutouts. The MR- and dipole coordinate systems have been aligned.
> >
> > Could anyone out there share a net I could modify for my purposes or
> > otherwise get me started? I was unable to find help "Googling" on the
> > web. In the future, I plan to get more familiar with BioPSE.
> >
> > Any help much appreciated,
> >
> > Christopher Bailey
> > --  
> > Research Assistant (MSc)
> > Center for Functionally Integrative Neuroscience (CFIN)
> > Bygning 30
> > Århus Sygehus
> > DK-8000, Århus C
> > Denmark
> >
> > cjb@pet.auh.dk
> >
> > phn: +45 89 49 43 78
> > fax: +45 89 49 44 00
> >
> > ======================================================================= 
> > ====
> > == The SCIRun Users mailing list: send email to majordomo@sci.utah.edu  
> >   ==
> > == for more details.                                                    
> >   ==
> > == Please acknowledge use of SCIRun in your papers and reports:         
> >   ==
> > ==   see http://software.sci.utah.edu/scirun-biopse_citation.bib        ;
> >   ==
> > ======================================================================= 
> > ====
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== The SCIRun Users mailing list: send email to majordomo@sci.utah.edu   ==
== for more details.                                                     ==
== Please acknowledge use of SCIRun in your papers and reports:          ==
==   see http://software.sci.utah.edu/scirun-biopse_citation.bib         ==
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• [SCIRUN-USERS] View MR-image and dipole location, Christopher Joseph Bailey, 02/11/2004
  • Re: [SCIRUN-USERS] View MR-image and dipole location, David Weinstein, 02/11/2004
    • Re: [SCIRUN-USERS] View MR-image and dipole location, Christopher Joseph Bailey, 02/12/2004

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