SCIRun User Mailing List

Text archives Help

Re: [SCIRUN-USERS] DICOM data problem

Chronological Thread 
  • From: Darby J Van Uitert <>
  • To: Zahirabba Momin <>
  • Cc:
  • Subject: Re: [SCIRUN-USERS] DICOM data problem
  • Date: Mon, 19 Jul 2004 10:41:56 -0600 (MDT)


Your data will need to be in the form of 25x256x256x17 (in the case of the
25 channel data set).  Is your data in a single series?  To make sure
BioTensor is reading your data in correctly, can you do the following:

  * Start SCIRun by typing "./scirun" at the command line
  * Select a Teem->DataIO->DicomToNrrd module
  * Click on the UI button and read in your data the same way you did for
  * Select a Teem->NrrdData->NrrdInfo module.
  * Connect the output port of the DicomToNrrd and the input port
    of theNrrdInfo module by clicking the middle mouse button on the
    DicomToNrrd output port and dragging the mouse to the input port of
    the NrrdInfo module.
  * Right click on the NrrdInfo module and select "Execute"
  * Open up the NrrdInfo interface by clickin on the UI button.

Please let me know what it says for each Nrrd axis in the NrrdInfo module.

        -darby j

On Sun, 18 Jul 2004, Zahirabba Momin wrote:

> Dear Sir,
> I am Zahir, a 4th year med student at Medical College of Georgia. How
> are you? I hope you are doing fine. I am using your software to study a
> multiple sclerosis patient, along with 2 normal patients, with the
> ultimate aim of visualizing white matter tracts in these 3 datasets. My
> data is from GE 1.5T, DICOM format. One dataset is 25 channels(442
> files), the other is 56 channels(952 files).  I was able to install
> SCIRun ok. Everything seems to load up. However, in BioTensor when I try
> to load my data from DICOM directory I get a warning "No DICOM magic
> number found, but file appears to be DICOM. Proceeding with caution." At
> this point it appears that infact BioTensor did succeed in loading the
> data. I have chosen "Just Diffusion Weighted Images(DWI)" . When I hit
> execute I can see the indicator go for about 1 minute than I get a TCL
> script error that has the following stack trace:
> can't read "Teem_NrrdData_NrrdInfo_0-size3": no such variable
>     while executing
> "set $mods(NrrdInfo1)-size3"
>     (object "::app" method "::BioTensorApp::update_progress" body line
> 85)
>     invoked from within
> "app update_progress [modname] $state"
>     (object "::Teem_NrrdData_NrrdInfo_0" method "::Module::update_state"
> body line 22)
>     invoked from within
> "update_state"
>     (object "::Teem_NrrdData_NrrdInfo_0" method "::Module::set_state"
> body line 4)
>     invoked from within
> "Teem_NrrdData_NrrdInfo_0 set_state Completed 0"
> I tried converting the data to Analyze format using MRICro, that is also
> giving an TCL script error. Except this time the messagebox fails to
> paint itself so I can't give you the stack of errors from this. The
> dimensions of the data is 256x256x17 of 25 channels or 56 channels.
> I am using the latest version of SCIRun/BioTensor on Fedora Core 2. The
> installation of this OS is Workstation, which I believe insatalls some
> basic libraries. I had to go back and install the Scientific and
> Engineering pack to get SCIRun to find one of the needed libraries. But
> after that I can set the environment variables and both BioTensor and
> SCIRun seem to be loading fine without errors.
> I look forward to your reply on this issue. I am eager to work with this
> software, as it seems to have enourmous functionality.
> Zahir
> ===========================================================================
> == The SCIRun Users mailing list: send email to   ==
> == for more details.                                                     ==
> == Please acknowledge use of SCIRun in your papers and reports:          ==
> ==   see         ==
> ===========================================================================

Darby J Van Uitert
SCI Institute
University of Utah
Phone: 801.587.9641
== The SCIRun Users mailing list: send email to   ==
== for more details.                                                     ==
== Please acknowledge use of SCIRun in your papers and reports:          ==
==   see         ==

Archive powered by MHonArc 2.6.16.

Top of page