SCIRun User Mailing List

Text archives Help

[SCIRUN-USERS] DICOM data problem

Chronological Thread 
  • From: "Zahirabba Momin" <>
  • To: <>
  • Subject: [SCIRUN-USERS] DICOM data problem
  • Date: Sun, 18 Jul 2004 04:23:23 -0400

Dear Sir,

I am Zahir, a 4th year med student at Medical College of Georgia. How
are you? I hope you are doing fine. I am using your software to study a
multiple sclerosis patient, along with 2 normal patients, with the
ultimate aim of visualizing white matter tracts in these 3 datasets. My
data is from GE 1.5T, DICOM format. One dataset is 25 channels(442
files), the other is 56 channels(952 files).  I was able to install
SCIRun ok. Everything seems to load up. However, in BioTensor when I try
to load my data from DICOM directory I get a warning "No DICOM magic
number found, but file appears to be DICOM. Proceeding with caution." At
this point it appears that infact BioTensor did succeed in loading the
data. I have chosen "Just Diffusion Weighted Images(DWI)" . When I hit
execute I can see the indicator go for about 1 minute than I get a TCL
script error that has the following stack trace:

can't read "Teem_NrrdData_NrrdInfo_0-size3": no such variable
    while executing
"set $mods(NrrdInfo1)-size3"
    (object "::app" method "::BioTensorApp::update_progress" body line
    invoked from within
"app update_progress [modname] $state"
    (object "::Teem_NrrdData_NrrdInfo_0" method "::Module::update_state"
body line 22)
    invoked from within
    (object "::Teem_NrrdData_NrrdInfo_0" method "::Module::set_state"
body line 4)
    invoked from within
"Teem_NrrdData_NrrdInfo_0 set_state Completed 0"

I tried converting the data to Analyze format using MRICro, that is also
giving an TCL script error. Except this time the messagebox fails to
paint itself so I can't give you the stack of errors from this. The
dimensions of the data is 256x256x17 of 25 channels or 56 channels. 

I am using the latest version of SCIRun/BioTensor on Fedora Core 2. The
installation of this OS is Workstation, which I believe insatalls some
basic libraries. I had to go back and install the Scientific and
Engineering pack to get SCIRun to find one of the needed libraries. But
after that I can set the environment variables and both BioTensor and
SCIRun seem to be loading fine without errors.

I look forward to your reply on this issue. I am eager to work with this
software, as it seems to have enourmous functionality.


== The SCIRun Users mailing list: send email to   ==
== for more details.                                                     ==
== Please acknowledge use of SCIRun in your papers and reports:          ==
==   see         ==

Archive powered by MHonArc 2.6.16.

Top of page