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Re: [SCIRUN-USERS] Command line tools as modules?


Chronological Thread 
  • From: Michael Callahan <callahan@sci.utah.edu>
  • To: Francis Burton <F.L.Burton@udcf.gla.ac.uk>
  • Cc: scirun-users@sci.utah.edu
  • Subject: Re: [SCIRUN-USERS] Command line tools as modules?
  • Date: Sat, 18 Sep 2004 14:21:23 -0600
On Sat, 2004-09-18 at 08:51, Francis Burton wrote:
> Hi Michael - I appreciate your help.
> 
> At 12:53 17/09/04 -0600, Michael Callahan <callahan@sci.utah.edu> wrote:
> >There is no simple wrapper to do this at the moment.  In order to make
> >it work you would have to write some SCIRun code for the modules. 
> >Basically you will need to convert the data from whichever SCIRun format
> >is used into which format you are using, then call your functions, then
> >convert back.  If you want to wrap your executables you could do that by
> >dumping the SCIRun data out to a temporary file, then invoking
> >sci_system to run your executable, then reading the data back in.
> 
> Even though there would be a performance hit, that sounds like a very
> reasonable first step. Is sci_system part of a module? I couldn't find
> it in any of the online documentation
> >What data format.

It's just a portability wrapper for the standard 'system' function
call.  We had some issues doing system calls on earlier multithreaded
linux implementations so we made the wrapper.

>  are your standalone executables needing?  We may
> >already have the converters in which case the wrappers would not be
> >terribly difficult to write.
> 
> Just numeric ascii data in columns, separated by spaces.
> 
> I should say that my main interest, at the moment, is using SCIRun to
> provide a nice graphical front-end for the existing C program 'modules'
> as an alternative to cobbling together shell scripts for novice users.

You should be able to read and write those using the ImportExport code. 
Look in Dataflow/Modules/DataIO/FieldReader.cc for an example of how to
write out data that way.  Perhaps MatrixReader would be more appropriate
for your data, but the mechanism is the same.  The details are in the
call_importer() function.

> Francis
> 

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