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Hi,

Many thanks to everyone who responded.
I made a python script which retrieves filter information, using the
current python wrapper for ITK. The output I get for each filter is
something like:

{'FilterName': 'itkGeodesicActiveContourLevelSetImageFilter',
'Instantiations': [[['float', '2'], ['float', '2']],
                  [['float', '3'], ['float', '3']]],
'Methods': ['SetAdvectionImage', 'SetAdvectionScaling',
'SetAutoGenerateSpeedAdvection', 'SetCurvatureScaling',
#etc
]}

That should be enough for speeding up the integration of ITK filters
into SCIRun, but with the wrapper demonstrated by Gaetan the process
would be very smoother. I guess the new wrapper is not even in CVS; is
there any plans for its release?

I guess the inclusion of  XML filter descriptions in the wrapping
process might be useful to integrate ITK into other environments than
SCIRun, like the R-project (r-project.org). My first take on the
problem was looking at the output of gcc-xml to see if I could create
the SCIRun wrappers with XSLT transformations, but I found the format
too verbose -- so I resorted to python. But I guess many people could
try XSLT transformations if there was a more friendly XML descriptor.

Regards,

Carlos Santos

On 10/17/05, Gaetan Lehmann <gaetan.lehmann@jouy.inra.fr> wrote:
>
> Hi,
>
> The new wrapping process can be used to get informations about wrapped
> classes and the template parameters used, but it will not be easy to use
> if you need to have the filter parameters (and I think it's the case).
>
> The new itk python module provides some methods to allow to discover
> easily the available template parameters: each templated class provides a
> dictionary interface which allow to list the available parameters. Also,
> it's easy, from a python class, to get the templated class and the
> parameters.
> And find the methods of an object is still easy in python :-)
>
> An example:
>
>    1> import itk
>    Warning: itkIndent not found
>
>    2> itk.MedianImageFilter.keys()
>    2>
>    [(<class 'itkImage_2D.itkImageSS2'>, <class 'itkImage_2D.itkImageSS2'>),
>     (<class 'itkImage_3D.itkImageSS3'>, <class 'itkImage_3D.itkImageSS3'>),
>     (<class 'itkImage_2D.itkImageUC2'>, <class 'itkImage_2D.itkImageUC2'>),
>     (<class 'itkImage_2D.itkImageSL2'>, <class 'itkImage_2D.itkImageSL2'>),
>     (<class 'itkImage_2D.itkImageD2'>, <class 'itkImage_2D.itkImageD2'>),
>     (<class 'itkImage_2D.itkImageF2'>, <class 'itkImage_2D.itkImageF2'>),
>     (<class 'itkImage_2D.itkImageUS2'>, <class 'itkImage_2D.itkImageUS2'>),
>     (<class 'itkImage_3D.itkImageUS3'>, <class 'itkImage_3D.itkImageUS3'>),
>     (<class 'itkImage_2D.itkImageUL2'>, <class 'itkImage_2D.itkImageUL2'>),
>     (<class 'itkImage_3D.itkImageSL3'>, <class 'itkImage_3D.itkImageSL3'>),
>     (<class 'itkImage_3D.itkImageUL3'>, <class 'itkImage_3D.itkImageUL3'>),
>     (<class 'itkImage_3D.itkImageSC3'>, <class 'itkImage_3D.itkImageSC3'>),
>     (<class 'itkImage_3D.itkImageF3'>, <class 'itkImage_3D.itkImageF3'>),
>     (<class 'itkImage_3D.itkImageUC3'>, <class 'itkImage_3D.itkImageUC3'>),
>     (<class 'itkImage_3D.itkImageD3'>, <class 'itkImage_3D.itkImageD3'>),
>     (<class 'itkImage_2D.itkImageSC2'>, <class 'itkImage_2D.itkImageSC2'>)]
>
>    3> (param, cl) = itk.MedianImageFilter.items()[0]
>
>    4> param
>    4> (<class 'itkImage_2D.itkImageSS2'>, <class 'itkImage_2D.itkImageSS2'>)
>
>    5> cl
>    5> <class 'itkMedianImageFilter.itkMedianImageFilterISS2ISS2'>
>
> the lines above show how to get all the combinaisons of types of a template
> and the python class associated to the template and a combinaison of types.
> (You will not get all the types above: I have build the python wrappers
> with as much types as possible to test everything works fine)
>
>    6> itk.template(param[0])
>    6> (<template itkImage>, (<itkCType signed short>, 2))
>
>    7> itk.template(cl)
>    7>
>    (<template itkMedianImageFilter>,
>     (<class 'itkImage_2D.itkImageSS2'>, <class 'itkImage_2D.itkImageSS2'>))
>
> and here we get the template and the combinaison of types from an itk class
> Also, get all the classes available in ITK should be easy:
>
>    8> [module for module in dir(itk) if not module.startswith("__") and
> module[0].isupper() and len(module) > 2]
>    8>
>    ['AbortCheckEvent',
>     'AbsImageFilter',
>     'AbsoluteValueDifferenceImageFilter',
>     'AcosImageFilter',
>    ...snip...
>     'WhiteTopHatImageFilter',
>     'XorImageFilter',
>     'ZeroCrossingBasedEdgeDetectionImageFilter',
>     'ZeroCrossingImageFilter']
>
> and get the available methods is still easy in python (after some cleanup):
>
>    9> [ method for method in dir(cl.New()) if isinstance(method, str) and
> not method.startswith("__") and method[0].isupper()]
>    9>
>    ['AbortGenerateDataOff',
>     'AbortGenerateDataOn',
>     'AddObserver',
>     'CreateAnother',
>     'DebugOff',
>    ...snip...
>     'UpdateOutputInformation',
>     'UpdateProgress']
>
> Note that I'm talking about the version I'm working on. I still don't know
> what will be integrated in the official ITK.
>
> Regards,
>
> Gaetan
>
>
> On Sun, 16 Oct 2005 04:19:26 +0200, Darby J Van Uitert
> <darbyb@sci.utah.edu> wrote:
>
> > Luis,
> >
> > The ITK XML file does not have to specify anything about a GUI.  By
> > default, any parameters will be text entry boxes in the module UI.  At a
> > minimum, the ITK XML file must contain information about how the filter
> > is templated, any inputs and outputs, and any parameters.  Chapter 8 of
> > the SCIRun User Guide
> > (http://software.sci.utah.edu/doc/User/Guide/usersguide/srug8.html)
> > goes into it in more detail. I would be happy to help in any way I can
> > since I helped write the wrapper.  Thanks.
> >
> >     -darby j
> >
> > On Sat, 15 Oct 2005 12:16:45 -0400
> >   Luis Ibanez <luis.ibanez@kitware.com> wrote:
> >> Hi Carlos,
> >>
> >> We are planning to refactor the wrapping process in ITK,
> >> so that wrappers are generated from CMake. I wonder if
> >> an XML description can be added as part of this refactoring.
> >>
> >> If I remember correctly one of the extra information that
> >> you need for SCIrun is to have some indication of the GUI
> >> widgets that can be associated to filter parameters, along
> >> with default values and ranges for those values.
> >>
> >> Is this still the case ?
> >>
> >>
> >>    Regards,
> >>
> >>
> >>       Luis
> >>
> >>
> >> -----------------------
> >> Carlos Santos wrote:
> >>> Dear all,
> >>>
> >>> I am starting out with both SCIRun and ITK and I am really interested
> >>> in incorporating more ITK filters into SCIRun. I found the
> >>> documentation about wrapping the filters, distributed with the Insight
> >>> Applications package and successfully wrapped the CannyEdgeDetection
> >>> filter.
> >>>
> >>> Now I'd like to automate the generation of XML descriptions for the
> >>> filters. Since I've built ITK with python support, I thought of using
> >>> python's reflective abilities to discover information about the
> >>> filters (like supported methods) and create the descriptors. Probably,
> >>> some manual editing would still be necessary after that.
> >>>
> >>> Before diving into what might be duplicate work, I'd like to know if
> >>> there are some other efforts for extending ITK support in SCIRun. Any
> >>> comments on the described approach would be wellcome. I would be
> >>> willing to contribute back to the SCIRun project any resultant
> >>> extension.
> >>>
> >>> Yours sincerely,
> >>> Carlos Santos
> >>>
> >>> ===========================================================================
> >>> == The SCIRun Users mailing list: send email to
> >>> majordomo@sci.utah.edu   ==
> >>> == for more details.
> >>>                                                    ==
> >>> == Please acknowledge use of SCIRun in your papers and
> >>> reports:          ==
> >>> ==   see http://software.sci.utah.edu/scirun-biopse_citation.bib
> >>>        ==
> >>> ===========================================================================
> >>>
> >>>
> >>
> >> ===========================================================================
> >> == The SCIRun Users mailing list: send email to
> >> majordomo@sci.utah.edu   ==
> >> == for more details.
> >>                                                    ==
> >> == Please acknowledge use of SCIRun in your papers and
> >> reports:          ==
> >> ==   see http://software.sci.utah.edu/scirun-biopse_citation.bib
> >>        ==
> >> ===========================================================================
> >
> > ...........................
> > Darby J Van Uitert
> > SCI Institute
> > University of Utah
> > Email: darbyb@sci.utah.edu
> > Phone: 301.528.8469
> > ...........................
>
>
>
> --
> Gaëtan Lehmann
> Biologie du Développement et de la Reproduction
> INRA de Jouy-en-Josas (France)
> tel: +33 1 34 65 29 66    fax: 01 34 65 29 09
> http://voxel.jouy.inra.fr
>

===========================================================================
== The SCIRun Users mailing list: send email to majordomo@sci.utah.edu   ==
== for more details.                                                     ==
== Please acknowledge use of SCIRun in your papers and reports:          ==
==   see http://software.sci.utah.edu/scirun-biopse_citation.bib         ==
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• [SCIRUN-USERS] extending ITK support, Carlos Santos, 10/14/2005
  • Re: [SCIRUN-USERS] extending ITK support, Luis Ibanez, 10/15/2005
    • Re: [SCIRUN-USERS] extending ITK support, Darby J Van Uitert, 10/15/2005
      • Message not available
        • Re: [SCIRUN-USERS] extending ITK support, Carlos Santos, 10/18/2005

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