SCIRun User Mailing List

Text archives Help


[SCIRUN-USERS] Re: Re: Re: Re: Re: Re: Re: IntegrateCurrent module errors in latest svn build


Chronological Thread 
  • From: Michael Callahan <callahan@sci.utah.edu>
  • To: scirun-users@sci.utah.edu
  • Subject: [SCIRUN-USERS] Re: Re: Re: Re: Re: Re: Re: IntegrateCurrent module errors in latest svn build
  • Date: Tue, 29 Jul 2008 15:50:23 -0600
The sigma field should be an int field where each entry points into a
conductivity table of tensors.  There is a
BioPSE/Modeling/SetConductivities module that you can use to set up the
int->tensor map.

  Michael
 
On Tue, 2008-07-29 at 17:43 -0400, Ashu Chaturvedi wrote:
> Michael,
> 
> Thanks for that fix.  After I tried it again, I needed to make sure my  
> Sigmas were an int instead of a double, so I fed it through another  
> ConvertFieldDataType.  Now the error I get within IntegrateCurrent is:
> ERROR: No conductivity_table found in Sigmas.
> 
> Below is a screenshot of ReportFieldInfo on the Sigmas, and it appears  
> there is a lookup table in it (rows 0-831424).
> 
> 
> 
> So, I'm not sure if this is another bug or if I'm messing up my data  
> somewhere.  Let me know if you would like for me to send, only to you,  
> a copy of my data and simplified network.  Thanks,
> 
> --Ashu Chaturvedi
> ashu@case.edu
> 
> 
> 
> 
> On Jul 29, 2008, at 5:24 PM, Michael Callahan wrote:
> 
> > It looks like that module is incorrectly expecting a linear basis  
> > rather
> > than a constant basis.  I have just fixed it in the svn tree.  You
> > should be able to update that file and continue.
> >
> >  Michael
> >
> > On Tue, 2008-07-29 at 16:20 -0400, Ashu Chaturvedi wrote:
> >> Michael,
> >>
> >> Thanks for your explanation.  I tried implementing what you
> >> suggested.  Take the int data and feed it through GetFieldData, then
> >> feed its matrix output into the matrix input of SetFieldData (with  
> >> the
> >> field input to this module being the vector field data).  Now, this
> >> field output from SetFieldData goes into the middle field input of
> >> IntegrateCurrent (the sigmas).  While it does suppress my previous
> >> error, the new error I get within IntegrateCurrent is:
> >> ERROR: EField isn't a TetVolField<Vector>
> >>
> >> Any further suggestions?  Thanks,
> >>
> >> --Ashu Chaturvedi
> >> ashu@case.edu
> >>
> >>
> >> On Jul 29, 2008, at 3:43 PM, Michael Callahan wrote:
> >>
> >>> I forgot to add that you should be able to work around this by using
> >>> GetFieldData and then SetFieldData to make the mesh pointer of one
> >>> field
> >>> match the pointer of the other field.  IE Grab the int data and
> >>> stick it
> >>> onto the vector field and then use that as sigma to suppress this
> >>> warning.
> >>>
> >>> Michael
> >>>
> >>> On Tue, 2008-07-29 at 13:24 -0600, Michael Callahan wrote:
> >>>> This is caused by overly strict sameness criteria.  The module
> >>>> check to
> >>>> see that the mesh pointers are the same rather than checking to see
> >>>> if
> >>>> the meshes are equivalent.  It would probably be better to have an
> >>>> equivalence test that makes sure the types and number of simplexes
> >>>> are
> >>>> the same for the two meshes and then use that instead for all of
> >>>> these
> >>>> error checks.
> >>>>
> >>>> Michael
> >>>>
> >>>> On Tue, 2008-07-29 at 11:43 -0600, Jeroen Stinstra wrote:
> >>>>> Hi Ashu,
> >>>>>
> >>>>> Thanks for the bug report. I will have a look to see what is wrong
> >>>>> with that module.
> >>>>>
> >>>>> Jeroen Stinstra
> >>>>>
> >>>>> On Jul 29, 2008, at 11:39 AM, Ashu Chaturvedi wrote:
> >>>>>
> >>>>>> Hi,
> >>>>>>
> >>>>>> I was wondering if you guys fixed the IntegrateCurrent module
> >>>>>> that's
> >>>>>> in the latest svn version of SCIRun?  The reason I ask is because
> >>>>>> I'm getting the following error when I try to use it:
> >>>>>> "ERROR: EField and Sigma Field need to have the same mesh."
> >>>>>>
> >>>>>> It doesn't seem to make sense to me, since both the EField and
> >>>>>> Sigma
> >>>>>> meshes appear to the same.  You can see the screenshots below:
> >>>>>>
> >>>>>> <EField.png>
> >>>>>>
> >>>>>> <Sigmas.png>
> >>>>>>
> >>>>>>
> >>>>>> The only difference is that the EField is a vector, while the
> >>>>>> Sigmas
> >>>>>> are an int.  Perhaps I'm not using IntegrateCurrent correctly?
> >>>>>> Thanks in advance for your help!
> >>>>>>
> >>>>>> --Ashu Chaturvedi
> >>>>>> ashu@case.edu
> >>>>>>
> >>>>>>
> >>>>>
> >>>>>
> >>>>
> >>>
> >>
> >
> 


Archive powered by MHonArc 2.6.16.

Top of page