SCIRun User Mailing List

Text archives Help

[SCIRUN-USERS] Re: Converting surface meshes to volume meshes

Chronological Thread 
  • From: Jess Tate <>
  • To: Layla Houshmand <>
  • Cc:
  • Subject: [SCIRUN-USERS] Re: Converting surface meshes to volume meshes
  • Date: Thu, 22 Aug 2013 09:52:08 -0600

Hi Layla,

If you have a valid trisurf mesh (no overlapping elements, completely 
inclosed), you can use the InterfaceWithTetgen module to create a tetvol.  
You can start without any quality or volume constraints to see if it works 
and your mesh is valid at first (can be changed in the UI).  The problem is 
that the FairMesh module does not guarantee a valid surface mesh.  The 
ExtractIsosurface module usually does a better job generating a valid mesh.  
It is supposed to, actually, but there seems to be a bug in the module that 
sometimes causes bad meshes.  If that doesn't work you could try ImageVis3D 
(from SCI also) which has some functionality to save out an isosurface.  

For hex volumes you could use cubit, but there isn't any support for it is 
SCIRun currently.

Alternatively, you could try BioMesh3D, which generates a tet vol with 
conforming boundaries from a segmentation.  With some parameter tuning, one 
can generally a good surface and volume mesh from a segmentation.


On Aug 22, 2013, at 9:20 AM, Layla Houshmand wrote:

> Hi everyone,
> Does anyone know if there is there a straightforward way to convert a 
> surface mesh (e.g. a trisurfmesh or a quadsurfmesh) to a volume mesh (e.g. 
> a tetvolmesh or a hexvolmesh)?  I've been using FairMesh on some surface 
> meshes that represent brain anatomy and I really like the results, but they 
> need to be converted to volume meshes for later clipping purposes. 
> Thanks!
> Layla
> -- 
> Layla Houshmand, Ph.D. Candidate
> Department of Biomedical Engineering, University of Michigan

Archive powered by MHonArc 2.6.16.

Top of page