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Dear colleagues,

I wishing you all God's blessings and best of health.
I am quite new to scirun.
I need some help regarding calculating the FEM RHS for calculating EEG
lead field matrix.
At each iteration (to get a column of lead field matrix) only one
dipole is active oriented normal to the node of interest.

I tried using the block BuildFEVOLRHS. Its brief documentation says (as
I understand) the RHS should contain div J (where J is the volumetric
current density, which I input at the node considered as unit normal at
that node, but shouldn't the RHS be the volume integral of phi*div J? )

The results don't seem to be logical (all close to 1).

I am working on three shells of concentric spheres and have the problem
solved with brainstorm matlab interface to openmeeg(boundary element
method) and so I know these results are wrong but I can't figure out
what's wrong.
Thank you all for your time and am looking forward to your replies.

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE network PUBLIC "-//SCIRun/Network DTD" "network.dtd">
<network version="v4.7" netversion="8" name="{Main}" bbox="{0 0 1168 1240}" creationDate="{Tue Jan 27 2015}" creationTime="{10:29:16}" geometry="{1299x744+67+24}">
  <note>{}</note>
  <modules>
    <module id="m1" package="SCIRun" category="DataIO" name="ReadField" version="1.0">
      <position x="25" y="0"/>
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      <var name="from-env" val="{}" substitute="no"/>
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    </module>
    <module id="m2" package="SCIRun" category="Render" name="ViewScene" version="1.0">
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    </module>
    <module id="m3" package="SCIRun" category="Visualization" name="RescaleColorMap" version="1.0">
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    </module>
    <module id="m4" package="SCIRun" category="Visualization" name="CreateStandardColorMaps" version="1.0">
      <position x="120" y="97"/>
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      <var name="positionList" val="{}" substitute="no"/>
      <var name="nodeList" val="{}" substitute="no"/>
      <var name="width" val="{1}" substitute="no"/>
      <var name="height" val="{1}" substitute="no"/>
    </module>
    <module id="m5" package="SCIRun" category="Visualization" name="ShowField" version="1.0">
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      <var name="edges_on" val="{0}" substitute="no"/>
      <var name="edges_transparency" val="{1}" substitute="no"/>
      <var name="edges_color_type" val="{1}" substitute="no"/>
      <var name="edges_display_type" val="{Lines}" substitute="no"/>
      <var name="faces_on" val="{1}" substitute="no"/>
      <var name="faces_transparency" val="{1}" substitute="no"/>
      <var name="faces_color_type" val="{1}" substitute="no"/>
      <var name="faces_normals" val="{0}" substitute="no"/>
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      <var name="def_color-g" val="{0.5}" substitute="no"/>
      <var name="def_color-b" val="{0.5}" substitute="no"/>
      <var name="def_color-a" val="{0.5}" substitute="no"/>
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      <var name="nodes_scaleNV" val="{0.03}" substitute="no"/>
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      <var name="edges_scaleNV" val="{0.15}" substitute="no"/>
      <var name="active_tab" val="{Faces}" substitute="no"/>
      <var name="interactive_mode" val="{Interactive}" substitute="no"/>
      <var name="show_progress" val="{0}" substitute="no"/>
      <var name="field_name" val="{}" substitute="no"/>
      <var name="field_name_override" val="{0}" substitute="no"/>
      <var name="nodes_resolution" val="{6}" substitute="no"/>
      <var name="edges_resolution" val="{6}" substitute="no"/>
      <var name="approx_div" val="{1}" substitute="no"/>
      <var name="use_default_size" val="{0}" substitute="no"/>
      <var name="ui_geometry" val="{347x647+67+-4}" substitute="no"/>
    </module>
    <module id="m6" package="SCIRun" category="DataIO" name="ReadField" version="1.0">
      <position x="326" y="34"/>
      <note position="{def}" color="{white}">{electrodes}</note>
      <var name="filename" val="{/media/yasmeen/kafabiAllah/scirun_forAllah/fem_benchmarking_scirun_octave_forAllah/elecsmall_forAllah.pts}" filename="yes" substitute="yes"/>
      <var name="from-env" val="{}" substitute="no"/>
      <var name="filetype" val="{PointCloudField (*.pts,*.pos,*.txt)}" substitute="no"/>
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    </module>
    <module id="m7" package="SCIRun" category="Visualization" name="ShowField" version="1.0">
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      <var name="faces_on" val="{0}" substitute="no"/>
      <var name="faces_transparency" val="{0}" substitute="no"/>
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      <var name="faces_usetexture" val="{0}" substitute="no"/>
      <var name="text_on" val="{0}" substitute="no"/>
      <var name="text_color_type" val="{0}" substitute="no"/>
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      <var name="text_color-g" val="{1.0}" substitute="no"/>
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    </module>
    <module id="m8" package="SCIRun" category="FiniteElements" name="BuildFEMatrix" version="1.0">
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    </module>
    <module id="m9" package="SCIRun" category="Math" name="CreateMatrix" version="1.0">
      <position x="156" y="15"/>
      <var name="rows" val="{4}" substitute="no"/>
      <var name="cols" val="{1}" substitute="no"/>
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      <var name="rlabel" val="{0 1 2 3}" substitute="no"/>
      <var name="ui_geometry" val="{424x227+67+-4}" substitute="no"/>
    </module>
    <module id="m10" package="SCIRun" category="ChangeFieldData" name="GetFieldData" version="1.0">
      <position x="773" y="329"/>
    </module>
    <module id="m11" package="SCIRun" category="Math" name="SolveLinearSystem" version="1.0">
      <position x="613" y="680"/>
      <var name="target_error" val="{6.3e-6}" substitute="no"/>
      <var name="orig_error" val="{3.48095907301933e-6}" substitute="no"/>
      <var name="current_error" val="{3.48095907301933e-6}" substitute="no"/>
      <var name="method" val="{MINRES &amp; Precond. (SCI)}" substitute="no"/>
      <var name="precond" val="{jacobi}" substitute="no"/>
      <var name="iteration" val="{0}" substitute="no"/>
      <var name="maxiter" val="{500}" substitute="no"/>
      <var name="use_previous_soln" val="{1}" substitute="no"/>
      <var name="emit_partial" val="{1}" substitute="no"/>
      <var name="emit_iter" val="{50}" substitute="no"/>
      <var name="ui_geometry" val="{485x689+222+-4}" substitute="no"/>
    </module>
    <module id="m12" package="SCIRun" category="ChangeFieldData" name="SetFieldData" version="1.0">
      <position x="467" y="786"/>
      <var name="keepscalartype" val="{0}" substitute="no"/>
      <var name="ui_geometry" val="{292x47+1074+458}" substitute="no"/>
    </module>
    <module id="m13" package="SCIRun" category="ChangeFieldData" name="GetFieldData" version="1.0">
      <position x="369" y="997"/>
    </module>
    <module id="m14" package="SCIRun" category="Math" name="CollectMatrices" version="1.0">
      <position x="501" y="1081"/>
      <var name="append" val="{1}" substitute="no"/>
      <var name="row" val="{0}" substitute="no"/>
      <var name="front" val="{0}" substitute="no"/>
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    </module>
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      <position x="578" y="1193"/>
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      <var name="ui_geometry" val="{743x413+583+256}" substitute="no"/>
    </module>
    <module id="m16" package="SCIRun" category="DataIO" name="WriteMatrix" version="1.0">
      <position x="875" y="510"/>
      <var name="filename" val="{/media/yasmeen/kafabiAllah/scirun_forAllah/fem_benchmarking_scirun_octave_forAllah/kn.mat}" filename="yes" substitute="yes"/>
      <var name="filetype" val="{Binary}" substitute="no"/>
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      <var name="exporttype" val="{SimpleTextFile (*.*)}" substitute="no"/>
      <var name="split" val="{0}" substitute="no"/>
      <var name="ui_geometry" val="{743x413+583+256}" substitute="no"/>
    </module>
    <module id="m17" package="SCIRun" category="DataIO" name="WriteMatrix" version="1.0">
      <position x="416" y="700"/>
      <var name="filename" val="{/media/yasmeen/kafabiAllah/scirun_forAllah/fem_benchmarking_scirun_octave_forAllah//fe.mat}" filename="yes" substitute="yes"/>
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      <var name="confirm" val="{0}" substitute="no"/>
      <var name="confirm-once" val="{0}" substitute="no"/>
      <var name="exporttype" val="{SimpleTextFile (*.*)}" substitute="no"/>
      <var name="split" val="{0}" substitute="no"/>
      <var name="ui_geometry" val="{1299x413+67+256}" substitute="no"/>
    </module>
    <module id="m18" package="SCIRun" category="ChangeFieldData" name="ConvertIndicesToFieldData" version="1.0">
      <position x="22" y="153"/>
      <var name="outputtype" val="{float}" substitute="no"/>
      <var name="ui_geometry" val="{310x57+293+-4}" substitute="no"/>
    </module>
    <module id="m19" package="SCIRun" category="ChangeFieldData" name="GetFieldData" version="1.0">
      <position x="0" y="409"/>
    </module>
    <module id="m20" package="SCIRun" category="DataIO" name="WriteMatrix" version="1.0">
      <position x="32" y="473"/>
      <var name="filename" val="{/media/yasmeen/kafabiAllah/scirun_forAllah/fem_benchmarking_scirun_octave_forAllah/mesh.mat}" filename="yes" substitute="yes"/>
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    </module>
    <module id="m21" package="SCIRun" category="Visualization" name="ShowField" version="1.0">
      <position x="1040" y="325"/>
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      <var name="text_show_faces" val="{0}" substitute="no"/>
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      <var name="def_color-r" val="{1.0}" substitute="no"/>
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      <var name="interactive_mode" val="{Interactive}" substitute="no"/>
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      <var name="field_name_override" val="{0}" substitute="no"/>
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      <var name="edges_resolution" val="{6}" substitute="no"/>
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      <var name="ui_geometry" val="{1299x744+67+24}" substitute="no"/>
    </module>
    <module id="m22" package="SCIRun" category="ChangeFieldData" name="MapFieldDataFromSourceToDestination" version="1.0">
      <position x="336" y="871"/>
      <var name="interpolation_basis" val="{linear}" substitute="no"/>
      <var name="map_source_to_single_dest" val="{1}" substitute="no"/>
      <var name="exhaustive_search_max_dist" val="{-1.0}" substitute="no"/>
      <var name="default-value" val="{0.0}" substitute="no"/>
      <var name="ui_geometry" val="{446x235+67+-4}" substitute="no"/>
    </module>
    <module id="m23" package="SCIRun" category="DataIO" name="WriteMatrix" version="1.0">
      <position x="683" y="790"/>
      <var name="filename" val="{/media/yasmeen/kafabiAllah/scirun_forAllah/fem_benchmarking_scirun_octave_forAllah/sol.txt}" filename="yes" substitute="yes"/>
      <var name="filetype" val="{Binary}" substitute="no"/>
      <var name="confirm" val="{0}" substitute="no"/>
      <var name="confirm-once" val="{0}" substitute="no"/>
      <var name="exporttype" val="{SimpleTextFile (*.*)}" substitute="no"/>
      <var name="split" val="{0}" substitute="no"/>
      <var name="ui_geometry" val="{743x413+583+256}" substitute="no"/>
    </module>
    <module id="m24" package="SCIRun" category="DataIO" name="WriteMatrix" version="1.0">
      <position x="687" y="598"/>
      <var name="filename" val="{/media/yasmeen/kafabiAllah/scirun_forAllah/fem_benchmarking_scirun_octave_forAllah/lhs.mat}" filename="yes" substitute="yes"/>
      <var name="filetype" val="{Binary}" substitute="no"/>
      <var name="confirm" val="{0}" substitute="no"/>
      <var name="confirm-once" val="{0}" substitute="no"/>
      <var name="exporttype" val="{SimpleTextFile (*.*)}" substitute="no"/>
      <var name="split" val="{0}" substitute="no"/>
      <var name="ui_geometry" val="{743x413+583+228}" substitute="no"/>
    </module>
    <module id="m25" package="SCIRun" category="DataIO" name="WriteMatrix" version="1.0">
      <position x="822" y="588"/>
      <var name="filename" val="{/media/yasmeen/kafabiAllah/scirun_forAllah/fem_benchmarking_scirun_octave_forAllah/rhs.mat}" filename="yes" substitute="yes"/>
      <var name="filetype" val="{Binary}" substitute="no"/>
      <var name="confirm" val="{0}" substitute="no"/>
      <var name="confirm-once" val="{0}" substitute="no"/>
      <var name="exporttype" val="{SimpleTextFile (*.*)}" substitute="no"/>
      <var name="split" val="{0}" substitute="no"/>
      <var name="ui_geometry" val="{743x413+583+228}" substitute="no"/>
    </module>
    <module id="m26" package="SCIRun" category="DataIO" name="ReadMatrix" version="1.0">
      <position x="700" y="16"/>
      <var name="filename" val="{/media/yasmeen/kafabiAllah/scirun_forAllah/fem_benchmarking_scirun_octave_forAllah/dadipolev_forAllah.txt}" filename="yes" substitute="yes"/>
      <var name="from-env" val="{}" substitute="no"/>
      <var name="filetype" val="{SimpleTextFile (*.*)}" substitute="no"/>
      <var name="ui_geometry" val="{743x345+583+256}" substitute="no"/>
    </module>
    <module id="m27" package="SCIRun" category="ChangeFieldData" name="ApplyFilterToFieldData" version="1.0">
      <position x="190" y="313"/>
      <var name="method" val="{erodedilate}" substitute="no"/>
      <var name="ed-method" val="{erode}" substitute="no"/>
      <var name="ed-iterations" val="{3}" substitute="no"/>
      <var name="ui_geometry" val="{300x232+1066+-4}" substitute="no"/>
    </module>
    <module id="m28" package="SCIRun" category="ChangeFieldData" name="SelectAndSetFieldData" version="1.0">
      <position x="257" y="395"/>
      <var name="selection1" val="{DATA &lt; 1.0}" substitute="no"/>
      <var name="function1" val="{abs(DATA)}" substitute="no"/>
      <var name="selection2" val="{DATA &gt; 1.0}" substitute="no"/>
      <var name="function2" val="{-abs(DATA)}" substitute="no"/>
      <var name="selection3" val="{}" substitute="no"/>
      <var name="function3" val="{}" substitute="no"/>
      <var name="selection4" val="{}" substitute="no"/>
      <var name="function4" val="{}" substitute="no"/>
      <var name="functiondef" val="{0}" substitute="no"/>
      <var name="format" val="{Scalar}" substitute="no"/>
      <var name="ui_geometry" val="{1006x428+360+284}" substitute="no"/>
    </module>
    <module id="m29" package="SCIRun" category="Math" name="GetColumnOrRowFromMatrix" version="1.0">
      <position x="674" y="157"/>
      <var name="row_or_col" val="{col}" substitute="no"/>
      <var name="selectable_min" val="{0}" substitute="no"/>
      <var name="selectable_max" val="{11.0}" substitute="no"/>
      <var name="selectable_inc" val="{12}" substitute="no"/>
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      <var name="range_min" val="{0}" substitute="no"/>
      <var name="range_max" val="{3}" substitute="no"/>
      <var name="playmode" val="{once}" substitute="no"/>
      <var name="current" val="{0}" substitute="no"/>
      <var name="execmode" val="{stop}" substitute="no"/>
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      <var name="inc-amount" val="{1}" substitute="no"/>
      <var name="send-amount" val="{3}" substitute="no"/>
      <var name="data_series_done" val="{0}" substitute="no"/>
      <var name="ui_geometry" val="{253x549+1113+24}" substitute="no"/>
    </module>
    <module id="m30" package="SCIRun" category="ChangeFieldData" name="SetFieldData" version="1.0">
      <position x="599" y="253"/>
      <var name="keepscalartype" val="{0}" substitute="no"/>
      <var name="ui_geometry" val="{292x47+789+-4}" substitute="no"/>
    </module>
    <module id="m31" package="SCIRun" category="DataIO" name="WriteMatrix" version="1.0">
      <position x="338" y="1110"/>
      <var name="filename" val="{/media/yasmeen/kafabiAllah/scirun_forAllah/fem_benchmarking_scirun_octave_forAllah/map.mat}" filename="yes" substitute="yes"/>
      <var name="filetype" val="{Binary}" substitute="no"/>
      <var name="confirm" val="{0}" substitute="no"/>
      <var name="confirm-once" val="{0}" substitute="no"/>
      <var name="exporttype" val="{SimpleTextFile (*.*)}" substitute="no"/>
      <var name="split" val="{0}" substitute="no"/>
      <var name="ui_geometry" val="{743x413+583+256}" substitute="no"/>
    </module>
    <module id="m32" package="SCIRun" category="FiniteElements" name="BuildFEVolRHS" version="1.0">
      <position x="666" y="468"/>
      <var name="use-basis" val="{0}" substitute="no"/>
      <var name="ui_geometry" val="{292x51+789+106}" substitute="no"/>
      <var name="ui_geometry" val="{292x51+789+106}" substitute="no"/>
    </module>
    <module id="m33" package="SCIRun" category="ChangeFieldData" name="MapFieldDataFromNodeToElem" version="1.0">
      <position x="622" y="362"/>
      <var name="method" val="{Average}" substitute="no"/>
      <var name="ui_geometry" val="{500x82+789+-4}" substitute="no"/>
    </module>
  </modules>
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• [SCIRUN-USERS] EEG Leadfield matrix calculation, G Abouelseoud, 01/27/2015

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