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[SCIRUN-USERS] EEG Leadfield matrix calculation


Chronological Thread 
  • From: G Abouelseoud <la.ilah.illa.allah@yandex.com>
  • To: scirun-users@sci.utah.edu
  • Subject: [SCIRUN-USERS] EEG Leadfield matrix calculation
  • Date: Wed, 28 Jan 2015 08:11:54 +0200
  • Authentication-results: smtp12.mail.yandex.net; dkim=pass header.i=@yandex.com





Dear colleagues,
I wishing you all God's blessings and best of health.
I am quite new to scirun.
I need some help regarding calculating the FEM RHS for calculating EEG
lead field matrix.
At each iteration (to get a column of lead field matrix) only one
dipole is active oriented normal to the node of interest.
I tried using the block BuildFEVOLRHS. Its brief documentation says (as
I understand) the RHS should contain div J (where J is the volumetric
current density, which I input at the node considered as unit normal at
that node, but shouldn't the RHS be the volume integral of phi*div J? )
The results don't seem to be logical (all close to 1).
I am working on three shells of concentric spheres and have the problem
solved with brainstorm matlab interface to openmeeg(boundary element
method) and so I know these results are wrong but I can't figure out
what's wrong.
Thank you all for your time and am looking forward to your replies.





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<!DOCTYPE network PUBLIC "-//SCIRun/Network DTD" "network.dtd">
<network version="v4.7" netversion="8" name="{Main}" bbox="{0 0 1168 1240}" creationDate="{Tue Jan 27 2015}" creationTime="{10:29:16}" geometry="{1299x744+67+24}">
  <note>{}</note>
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      <position x="25" y="0"/>
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    </module>
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    </module>
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    </module>
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    </module>
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    </module>
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      <note position="{def}" color="{white}">{electrodes}</note>
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    </module>
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    <module id="m10" package="SCIRun" category="ChangeFieldData" name="GetFieldData" version="1.0">
      <position x="773" y="329"/>
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      <position x="613" y="680"/>
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      <var name="orig_error" val="{3.48095907301933e-6}" substitute="no"/>
      <var name="current_error" val="{3.48095907301933e-6}" substitute="no"/>
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    </module>
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      <position x="467" y="786"/>
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    <module id="m13" package="SCIRun" category="ChangeFieldData" name="GetFieldData" version="1.0">
      <position x="369" y="997"/>
    </module>
    <module id="m14" package="SCIRun" category="Math" name="CollectMatrices" version="1.0">
      <position x="501" y="1081"/>
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      <var name="filename" val="{/media/yasmeen/kafabiAllah/scirun_forAllah/fem_benchmarking_scirun_octave_forAllah/kn.mat}" filename="yes" substitute="yes"/>
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    </module>
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      <position x="416" y="700"/>
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      <var name="exporttype" val="{SimpleTextFile (*.*)}" substitute="no"/>
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    </module>
    <module id="m18" package="SCIRun" category="ChangeFieldData" name="ConvertIndicesToFieldData" version="1.0">
      <position x="22" y="153"/>
      <var name="outputtype" val="{float}" substitute="no"/>
      <var name="ui_geometry" val="{310x57+293+-4}" substitute="no"/>
    </module>
    <module id="m19" package="SCIRun" category="ChangeFieldData" name="GetFieldData" version="1.0">
      <position x="0" y="409"/>
    </module>
    <module id="m20" package="SCIRun" category="DataIO" name="WriteMatrix" version="1.0">
      <position x="32" y="473"/>
      <var name="filename" val="{/media/yasmeen/kafabiAllah/scirun_forAllah/fem_benchmarking_scirun_octave_forAllah/mesh.mat}" filename="yes" substitute="yes"/>
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    <module id="m21" package="SCIRun" category="Visualization" name="ShowField" version="1.0">
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      <var name="edges_scaleNV" val="{0.15}" substitute="no"/>
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      <var name="field_name_override" val="{0}" substitute="no"/>
      <var name="nodes_resolution" val="{6}" substitute="no"/>
      <var name="edges_resolution" val="{6}" substitute="no"/>
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      <var name="use_default_size" val="{0}" substitute="no"/>
      <var name="ui_geometry" val="{1299x744+67+24}" substitute="no"/>
    </module>
    <module id="m22" package="SCIRun" category="ChangeFieldData" name="MapFieldDataFromSourceToDestination" version="1.0">
      <position x="336" y="871"/>
      <var name="interpolation_basis" val="{linear}" substitute="no"/>
      <var name="map_source_to_single_dest" val="{1}" substitute="no"/>
      <var name="exhaustive_search_max_dist" val="{-1.0}" substitute="no"/>
      <var name="default-value" val="{0.0}" substitute="no"/>
      <var name="ui_geometry" val="{446x235+67+-4}" substitute="no"/>
    </module>
    <module id="m23" package="SCIRun" category="DataIO" name="WriteMatrix" version="1.0">
      <position x="683" y="790"/>
      <var name="filename" val="{/media/yasmeen/kafabiAllah/scirun_forAllah/fem_benchmarking_scirun_octave_forAllah/sol.txt}" filename="yes" substitute="yes"/>
      <var name="filetype" val="{Binary}" substitute="no"/>
      <var name="confirm" val="{0}" substitute="no"/>
      <var name="confirm-once" val="{0}" substitute="no"/>
      <var name="exporttype" val="{SimpleTextFile (*.*)}" substitute="no"/>
      <var name="split" val="{0}" substitute="no"/>
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      <position x="687" y="598"/>
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      <var name="ui_geometry" val="{743x413+583+228}" substitute="no"/>
    </module>
    <module id="m25" package="SCIRun" category="DataIO" name="WriteMatrix" version="1.0">
      <position x="822" y="588"/>
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    <module id="m27" package="SCIRun" category="ChangeFieldData" name="ApplyFilterToFieldData" version="1.0">
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    <module id="m28" package="SCIRun" category="ChangeFieldData" name="SelectAndSetFieldData" version="1.0">
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      <var name="exporttype" val="{SimpleTextFile (*.*)}" substitute="no"/>
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      <var name="ui_geometry" val="{292x51+789+106}" substitute="no"/>
    </module>
    <module id="m33" package="SCIRun" category="ChangeFieldData" name="MapFieldDataFromNodeToElem" version="1.0">
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  • [SCIRUN-USERS] EEG Leadfield matrix calculation, G Abouelseoud, 01/27/2015

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