SCI Seg3D Mailing List

Text archives Help


[Seg3D] usage of the Intensity Correction filter


Chronological Thread 
  • From: Ramón Casero Cañas <ramon.casero@comlab.ox.ac.uk>
  • To: seg3d@sci.utah.edu
  • Subject: [Seg3D] usage of the Intensity Correction filter
  • Date: Wed, 01 Apr 2009 11:44:14 +0100

Hi,

I'm trying to apply the Intensity Correction filter, but the resulting volume has values out of range (nan), both for the minimum and maximum.

I'm running the development version of Seg3D, Rev 43920.

I'm using a size 460 x 415 x 900 MRI volume with intensity values between 1 and 35609. Spacing is 2.5e-5, 2.5e-5, 2.4e-5, and Origin is 8.6e-3, 6.2e-3, 9.8e-4.

I'm using the default parameters Order=3 and Edge=0.1.

Is this a problem with the parameters I chose? Where could I find some documentation about the usage of the filter and the meaning of the parameters?

The console output when I run the filter is

<SCREEN>
$ /home/foo/SCIRun/InsightToolkit-3.10.1/Utilities/vxl/core/vnl/algo/vnl_svd.txx: suspicious return value (19) from SVDC
/home/foo/SCIRun/InsightToolkit-3.10.1/Utilities/vxl/core/vnl/algo/vnl_svd.txx: M is 19x19
M = [ ...
nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan
nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan nan ]
</SCREEN>


Best regards,

Ramon.

--
Ramón Casero Cañas

http://www.robots.ox.ac.uk/~rcasero/wiki
http://www.robots.ox.ac.uk/~rcasero/blog

Archive powered by MHonArc 2.6.16.

Top of page