Text archives Help

---

Hi Shawn,

We have seen this issue before, and I suspect what is going on is that you 
are using a standard viewer to look at the images. Seg3D currently writes 
zeros and ones
into bitmap/ tiff / png images and most programs assume a gray scale image 
with
values from 0 to 255. Hence the value 1 is only slightly different from 0. 
Hence if
you look at them with the default range almost everything will look black. The
value 1 is a very dark gray in those images, which is almost impossible to
distinguish from black. Hence the mask is there but it is barely visible. 
We have encountered this problem both on Windows and Mac. Probably a 
program like ImageJ would show the data correctly, or allow you to use a 
different
scale. 

Hence, we are considering to change the mask output from 0s and 1s into 0s and
255s, which would most likely solve your problem. 
We will add this feature in the next release. There is a work around for now 
in 
Seg3D 2.0: You can use the ArithmeticFilter to convert a mask into a gray 
scale image:
Type the following equation: Result = A*255; Set the output type to 'Data' and
select the mask and run the filter. This will create a data layer that has 0s 
and 255s in
the data. If you export this data it should look correct.

Concerning the Matlab Exporter I am currently rewriting that code and we will
have a new version of that in the new version of Seg3D 2.0. 

Thank you for the feedback, I hope this solves your problem.

cheers,

Jeroen Stinstra


On Mar 15, 2011, at 4:52 AM, <shawn@math.auckland.ac.nz> wrote:

> 
> Hiya,
> 
> After going through some of the tutorials for using Seg3D 1.xx and then 
> mapping
> over bits to the 2.0 version, I'm now puzzled regarding exporting a
> segmentation.
> 
> Following along the tutorial with the data in DEMRI.nrrd, I constructed a
> simple trial segmentation and then attempted exporting the resulting 'mask' 
> to
> a sequence of .tiff images.  All the varieties of export (png, tiff, etc.),
> under different OSes (windows, mac) and in versions 2.0 and 1.13 (isn't that
> the latest of 1.xx?) dump out blank - or black - images.  In the 1.13 
> version,
> exporting to a matlab binary gives a 3d matrix of nothing but zeros...
> 
> Would someone please be so kind and assist me in sorting out what I'm doing
> wrong here?  I'm sure it's something simple, but this export is, well, 
> useless!
> 
> thanks!
> 
> shawn

---

• [Seg3D] exporting, shawn, 03/15/2011
  • [Seg3D] Re: exporting, Jeroen Stinstra, 03/15/2011
    • [Seg3D] Re: Re: exporting, Ramón Casero Cañas, 03/21/2011
      • [Seg3D] Re: Re: Re: exporting, Jeroen Stinstra, 03/21/2011
        • [Seg3D] Re: Re: Re: Re: exporting, Ramón Casero Cañas, 03/21/2011

---

Archive powered by MHonArc 2.6.16.