Text archives Help

---

Hi Ramon,

For you, is the scirunnrrd structure the most useful structure for working in 
matlab?

Thanks,

Ayla

On Sep 29, 2011, at 2:41 PM, Ramón Casero Cañas wrote:

> On 24/09/11 01:33, Jeroen Stinstra wrote:
>> 
>> Seg3D version 2.1.2 is now available for download at: 
>> http://software.sci.utah.edu/
>> 
>> This new version has several bug fixes and a few new features:
>> 
>> * We upgraded Matlab support: files can now be exported as Matlab files.
> 
> Hi Jeroen,
> 
> Thanks for the last upgrade. I have compiled it, and I could read a volume, 
> a segmentation mask, and save the segmentation mask to/from Matlab.
> 
> A couple of comments, though.
> 
> The format of the Matlab file seems to have changed. In Seg3D, it used to 
> be a scirunnrrd struct, with the image data, and information about the axis 
> (spacing, offset...).
> 
> The file I have created from a segmentation mask has a struct called 
> mask_volume, that contains
> 
> mask_volume
> 
> ans =
> 
>    data: [512x512x135 int8]
>    axis: []
> 
> 
> This means that the image resolution, offset, etc, information is lost.
> 
> 
> The way to save the mask is a bit confusing, as instead of providing the 
> file name, you have to provide the directory, and then the file name is 
> taken from the mask label.
> 
> In my modest opinion, this is quite inconvenient. It is much faster to see 
> the list of files you have, and quite often double click on an existing 
> file to overwrite it. This avoids having to type the name.
> 
> Or you could also click once on a file name, and then edit it and save.
> 
> With the new Seg3D2 way, it seems that we'll have to type a lot more.
> 
> Best regards,
> 
> Ramon.
> 
> 
> -- 
> Dr. Ramón Casero Cañas
> 
> Computational Biology
> Department of Computer Science
> University of Oxford
> Wolfson Building, Parks Rd
> Oxford OX1 3QD
> 
> tlf     +44 (0) 1865 610737
> web     http://web.comlab.ox.ac.uk/people/Ramon.CaseroCanas
> photos  http://www.flickr.com/photos/rcasero/

---

• [Seg3D] Re: Re: Announcing Seg3D 2.1.2, Ayla Khan, 11/30/2011

---

Archive powered by MHonArc 2.6.16.