SCI Seg3D Mailing List

Text archives Help

[Seg3D] Re: Re: Re: ubuntu 11.10 build error in Seg3D_1.12_20090930

Chronological Thread 
  • From: Ayla Khan <>
  • To:
  • Subject: [Seg3D] Re: Re: Re: ubuntu 11.10 build error in Seg3D_1.12_20090930
  • Date: Fri, 17 Feb 2012 18:45:35 -0700

Hi Ramon,

You can edit the svn:externals property using the command 'svn propedit 
svn:externals .' in the SCIRun/src/Externals directory, and then peg the 
external repository revisions to earlier versions. You can either set the 
SVN_EDITOR environment variable (ex. SVN_EDITOR=vim), or use the svn propedit 
--editor-cmd flag to set a text editor.

For example, these are the revisions that SCIRun 4.4 (last updated in 2010) 
was pegged against, using the syntax that svn expects:

glew -r13
slivr -r165
zlib -r13
libpng -r16
teem -r20
freetype -r9
libxml2 -r21
tcltk -r76
tetgen -r7
particle-system-mm -r44
vispack -r48
itk -r16
boost -r15

It took us longer than expected to fix many of the outstanding bugs and 
stability issues in Seg3D 2.1, but we are now able to start working on more 
feature requests and adding tools that were not part of the original Seg3D 
1.x tool set.


On Feb 16, 2012, at 5:40 AM, Ramón Casero Cañas wrote:

> On 25/01/12 03:50, Ayla Khan wrote:
>> Hi Ramon,
>> We are not building the wxWidgets interface any more, but I remember
>> that we ran into similar problems with wxWidgets GTK 2.8.10. We patched
>> it for building on Linux - the source is still available:
>> wxGTK-2.8.10_gsocket_patch.tar.gz
>> <>
>> if you want to have a look at it. If I recall correctly, we were
>> compiling with GCC 4.5.
> Hi Ayla,
> I have been trying this for the last week, using gcc 4.5, fresh check out, 
> and fixes here and there, but it just doesn't want to compile.
> A colleague is working on segmentation of fetuses arms, and they would like 
> to try the spline tool (they do a lot of segmentations at the hospital, and 
> this could speed them up). AFAIK, the only implementation available is in
> as it was never merged back into trunk or ported to Seg3D2. Doing a 
> checkout, and running
> $ ./ --seg3d-only
> gives a couple of compilation errors that can be fixed by editing 
> src/Externals/vispack/CMakeLists.txt from
> to
> and also adding #include <stdio.h> to 
> src/Externals/vispack/apps/distance/IOScalarField.h and 
> src/Externals/vispack/apps/distance/ReconstructionField.cxx.
> However, now I get a linking error (see at the bottom). I suspect, this is 
> because external libraries changed, while the code in the branch remained 
> fixed. Is there a way to checkout the source code of the externals as they 
> were when my branch was last compilable?
> On a related note, is there any actual plan to add the spline tool into 
> Seg3D2, or is this something we should better consider a thing of the past 
> (2 years after our visit to SCI ;) ) and just move on?
> Linking CXX executable ../../../../distance3
> CMakeFiles/distance3.dir/volutils.o: In function 
> `writeTensorVolumeFile(char*, VISVolume<VISMatrix> const&)':
> volutils.cxx:(.text+0x44f): undefined reference to `nrrdNew'
> volutils.cxx:(.text+0x47e): undefined reference to `nrrdAlloc_va'
> volutils.cxx:(.text+0x5b5): undefined reference to `nrrdSave'
> volutils.cxx:(.text+0x5c4): undefined reference to `nrrdBiffKey'
> volutils.cxx:(.text+0x5c9): undefined reference to `biffGetDone'
> volutils.cxx:(.text+0x64a): undefined reference to `nrrdNuke'
> CMakeFiles/distance3.dir/volutils.o: In function 
> `writeTensorVolumeFile(char*, VISVolume<VISMatrix> const&, VISVolume<float> 
> const&)':
> volutils.cxx:(.text+0x6d3): undefined reference to `nrrdNew'
> volutils.cxx:(.text+0x704): undefined reference to `nrrdAlloc_va'
> volutils.cxx:(.text+0x857): undefined reference to `nrrdSave'
> volutils.cxx:(.text+0x866): undefined reference to `nrrdBiffKey'
> volutils.cxx:(.text+0x86b): undefined reference to `biffGetDone'
> volutils.cxx:(.text+0x8ec): undefined reference to `nrrdNuke'
> CMakeFiles/distance3.dir/volutils.o: In function 
> `readScalarVolumeFile(char*)':
> volutils.cxx:(.text+0x9de): undefined reference to `nrrdNew'
> volutils.cxx:(.text+0x9ee): undefined reference to `nrrdLoad'
> volutils.cxx:(.text+0xa16): undefined reference to `nrrdType'
> volutils.cxx:(.text+0xa1b): undefined reference to `airEnumStr'
> volutils.cxx:(.text+0xae3): undefined reference to `nrrdBiffKey'
> volutils.cxx:(.text+0xae8): undefined reference to `biffGetDone'
> CMakeFiles/distance3.dir/volutils.o: In function 
> `writeVectorVolumeFile(char*, VISVolume<VISVector> const&)':
> volutils.cxx:(.text+0x111f): undefined reference to `nrrdNew'
> volutils.cxx:(.text+0x114e): undefined reference to `nrrdAlloc_va'
> volutils.cxx:(.text+0x1215): undefined reference to `nrrdSave'
> volutils.cxx:(.text+0x1224): undefined reference to `nrrdBiffKey'
> volutils.cxx:(.text+0x1229): undefined reference to `biffGetDone'
> volutils.cxx:(.text+0x12aa): undefined reference to `nrrdNuke'
> CMakeFiles/distance3.dir/volutils.o: In function 
> `writeScalarVolumeFile(char*, VISVolume<float> const&)':
> volutils.cxx:(.text+0x1324): undefined reference to `nrrdNew'
> volutils.cxx:(.text+0x1343): undefined reference to `nrrdAlloc_va'
> volutils.cxx:(.text+0x13bc): undefined reference to `nrrdSave'
> volutils.cxx:(.text+0x13c8): undefined reference to `nrrdNuke'
> volutils.cxx:(.text+0x13f3): undefined reference to `nrrdBiffKey'
> volutils.cxx:(.text+0x13f8): undefined reference to `biffGetDone'
> CMakeFiles/distance3.dir/volutils.o: In function 
> `readTensorVolumeFile(char*)':
> volutils.cxx:(.text+0x1484): undefined reference to `nrrdNew'
> volutils.cxx:(.text+0x1496): undefined reference to `nrrdLoad'
> volutils.cxx:(.text+0x14d0): undefined reference to `nrrdType'
> volutils.cxx:(.text+0x14d5): undefined reference to `airEnumStr'
> volutils.cxx:(.text+0x159d): undefined reference to `nrrdBiffKey'
> volutils.cxx:(.text+0x15a2): undefined reference to `biffGetDone'
> volutils.cxx:(.text+0x165e): undefined reference to `nrrdType'
> volutils.cxx:(.text+0x1663): undefined reference to `airEnumStr'
> volutils.cxx:(.text+0x1695): undefined reference to `nrrdElementSize'
> volutils.cxx:(.text+0x16a2): undefined reference to `nrrdElementNumber'
> volutils.cxx:(.text+0x1a71): undefined reference to `nrrdNuke'
> CMakeFiles/distance3.dir/volutils.o: In function 
> `readVectorVolumeFile(char*)':
> volutils.cxx:(.text+0x1fd4): undefined reference to `nrrdNew'
> volutils.cxx:(.text+0x1fe4): undefined reference to `nrrdLoad'
> volutils.cxx:(.text+0x2016): undefined reference to `nrrdType'
> volutils.cxx:(.text+0x201b): undefined reference to `airEnumStr'
> volutils.cxx:(.text+0x20e9): undefined reference to `nrrdBiffKey'
> volutils.cxx:(.text+0x20ee): undefined reference to `biffGetDone'
> volutils.cxx:(.text+0x216b): undefined reference to `nrrdType'
> volutils.cxx:(.text+0x2170): undefined reference to `airEnumStr'
> volutils.cxx:(.text+0x219b): undefined reference to `nrrdElementSize'
> volutils.cxx:(.text+0x21a6): undefined reference to `nrrdElementNumber'
> collect2: ld returned 1 exit status
> make[2]: *** [distance3] Error 1
> make[1]: *** [Externals/vispack/apps/distance/CMakeFiles/distance3.dir/all] 
> Error 2
> make: *** [all] Error 2
> </ERROR>
> Best regards,
> Ramon.
> -- 
> Dr. Ramón Casero Cañas
> Computational Biology
> Department of Computer Science
> University of Oxford
> Wolfson Building, Parks Rd
> Oxford OX1 3QD
> tlf     +44 (0) 1865 610737
> web
> photos

Archive powered by MHonArc 2.6.16.

Top of page