Text archives Help

---

On 29/02/12 15:43, Peter Salz wrote:

Hello,

I am trying to import a dataset from a Matlab array stored in a file (say 
512x512x40), but Seg3D 2.1.4 only uses uniform [1 1 1 ] spacing. Is there a 
way to enforce a specific spacing (like 0.5x0.5x3) for Matlab arrays?

Hi,

There's something weird going on with the Matlab export/import.

I saved a segmentation to a .mat file from Seg3d2 (latest trunk revision).

If I open it in Matlab I get

% load data
>> nrrd = load(file);
>> nrrd.scirunnrrd

ans =

    data: [2048x2048x81 int8]
    axis: []


If I open it with Seg3D2, I get

Dimensions: [2048,2048,81]
Origin:     [-0.128831,1.00025,0.5]
Spacing:    [6.31099e-05,0.000505833,1]
Centering:   cell
Data Type:   char
Provenance ID: 52
Min:    0      Max:     1


Best regards,

Ramon.

--
Dr. Ramón Casero Cañas

Computational Biology
Department of Computer Science
University of Oxford
Wolfson Building, Parks Rd
Oxford OX1 3QD

tlf     +44 (0) 1865 610737
web     http://www.cs.ox.ac.uk/people/Ramon.CaseroCanas
photos  http://www.flickr.com/photos/rcasero/

---

• [Seg3D] Re: Matlab files: Spacing, Ramón Casero Cañas, 03/02/2012

---

Archive powered by MHonArc 2.6.16.