Text archives Help

---

Hi Peter,

It's not possible to set spacing in a standard Matlab matrix file since there 
is no metadata to fill in that information, however you can create a struct 
that can be read by Seg3D that can contain your data and additional 
information.

This is a bit rough, and I'm not a Matlab expert, but here are the commands I 
used to create a struct from your matrix file:

s=struct();
s.data = L2;
s.axis = struct('spacing', [0.5]);
s.axis(2,1) = struct('spacing', [0.5]);
s.axis(3,1) = struct('spacing', [3.0]);

Ayla


On Mar 1, 2012, at 3:24 AM, Peter Salz wrote:

> Hi Ayla,
> 
> sure, here is a sample file, containing 512x512x60 voxels, each with a 
> single value (labeled connected components). When you open it in Seg3D, you 
> notice the uniform spacing. The spacing in the original DICOM file was 
> something like 0.5x0.5x3mm.
> 
> Thanks for you help,
> Peter
> 
> 
> Am 29.02.2012 um 21:15 schrieb Ayla Khan:
> 
>> Hi Peter,
>> 
>> Would you mind sending me some sample data?
>> 
>> Thanks,
>> 
>> Ayla
>> 
>> On Feb 29, 2012, at 8:43 AM, Peter Salz wrote:
>> 
>>> Hello,
>>> 
>>> I am trying to import a dataset from a Matlab array stored in a file (say 
>>> 512x512x40), but Seg3D 2.1.4 only uses uniform [1 1 1 ] spacing. Is there 
>>> a way to enforce a specific spacing (like 0.5x0.5x3) for Matlab arrays?
>>> 
>>> Thanks for any help on the matter,
>>> kind regards,
>>> 
>>> 
>>> Peter Salz
>>> 
>>> University of Kaiserslautern, Germany
>>> Department of Computer Science
>>> International Research Training Group (IRTG) 1131
>> 
> 

---

• [Seg3D] Re: Re: Matlab files: Spacing, Ayla Khan, 03/02/2012
  • [Seg3D] Re: Re: Re: Matlab files: Spacing, Ramón Casero Cañas, 03/05/2012
    • [Seg3D] Re: Re: Re: Matlab files: Spacing, Ramón Casero Cañas, 03/16/2012

---

Archive powered by MHonArc 2.6.16.