SCI Seg3D Mailing List

Text archives Help


[Seg3D] Re: Re: Fix for 2.1.4 segfault in Ubuntu Precise


Chronological Thread 
  • From: Ayla Khan <ayla@sci.utah.edu>
  • To: seg3d@sci.utah.edu
  • Subject: [Seg3D] Re: Re: Fix for 2.1.4 segfault in Ubuntu Precise
  • Date: Thu, 6 Feb 2014 14:22:37 -0700
Hi Rob,

Thank you very much for reporting this bug and sending the patch. I'll look 
into a more streamlined way to incorporate this fix into Seg3D 2.1.5.

In general, it is preferable from our point of view to build against library 
versions that we control since we have to support a broad range of platforms 
(Windows, Mac OS X and different Linux distributions). Including specific 
versions of third-party libraries allows us to maintain stable Seg3D builds 
across multiple platforms with the least amount of effort and cost.

Ayla

On Feb 4, 2014, at 11:11 PM, Robert Blake wrote:

> A quick followup:
> 
> A permanent fix would involve giving users the option of using the
> system's libfreetype instead of Seg3D's libfreetype on Linux. 
> 
> Would you be interested if I wrote a patch so that Linux users could use
> their package-installed libraries instead of Seg3D's Externals
> directory? This might make package maintainers happy-- I'd love to see
> Seg3D included in the debian and fedora repositories.  See
> 
> https://lists.debian.org/debian-med/2013/05/msg00052.html
> 
> for the relevant discussion last year on the debian lists.
> 
> On 02/05/2014 01:08 AM, Robert Blake wrote:
>> Hi everyone,
>> 
>> I'm a big fan of Seg3D, but over the last year+ I've noticed some
>> instability in the Linux version on Ubuntu precise, 12.04.  Seg3D tends
>> to crash intermittently when opening up any file dialog.
>> 
>> Someone has already filed a bug report for this bug-- this is the same
>> behavior that I am seeing:
>> https://gforge.sci.utah.edu/gf/project/seg3d2/tracker/?action=TrackerItemEdit&tracker_id=710&tracker_item_id=772
>> 
>> 
>> jeoren checked in the following fix for this:
>> https://gforge.sci.utah.edu/svn/seg3d2/trunk@1708
>> 
>> However, this fix doesn't actually solve the problem.
>> 
>> As far as I can tell, the the problem occurs when Seg3D tries to load a
>> native file dialog on Ubuntu.  This causes a gtk-2 file dialog to
>> appear, which in turn uses libfreetype to render the dialog.  Ubuntu's
>> gtk-2 libraries expect to use the updated Ubuntu libfreetype libraries,
>> but instead they access Seg3D's internal statically linked libfreetype
>> library instead.  This causes intermittent invalid memory accesses.
>> 
>> I've attached a patch for 2.1.4 that DOES seem to solve the problem once
>> and for Linux, although it is an ugly kludge.  I replaced all of the
>> native file dialogs with Qt file dialogs.  I've been using this version
>> heavily for 1 week and it hasn't segfaulted once.
>> 
>> Sending this patch here in case someone else has the same problem.
>> Rob
>> 
> 


Archive powered by MHonArc 2.6.18.

Top of page