cleaver software mailing list

Text archives Help


[Cleaver] Re:


Chronological Thread 
  • From: Joshua Levine <jlevine@sci.utah.edu>
  • To: Ricardo Ortiz <ricardo.ortiz@kitware.com>
  • Cc: "cleaver@sci.utah.edu" <cleaver@sci.utah.edu>
  • Subject: [Cleaver] Re:
  • Date: Tue, 24 Sep 2013 16:33:52 -0400
Hi Ricardo,

I'm now a bit confused.  Did you generate separate volumes for each
material, or did you just run the dataset you had with padding turned
on?

Josh

On Tue, Sep 24, 2013 at 3:44 PM, Ricardo Ortiz
<ricardo.ortiz@kitware.com> wrote:
> Joshua -
>
> I see, that should be easy enough...
> I noticed (by inspecting the .ply surface only) that this does not occur
> with the frog example (that is, "air" is not meshed).
> Is it because it already has a padded region between materials and therefore
> a padded volume is not necessary?
> Is this padded region what you called "distance field" in your first email?
>
> Regards,
>
> /Ricardo
>
>
>
> On Tue, Sep 24, 2013 at 9:23 AM, Joshua Levine <jlevine@sci.utah.edu> wrote:
>>
>> Ricardo,
>>
>> This is a good feature suggestion, but I believe one that currently is not
>> supported.  The simple reason why is that for some datasets there is not a
>> clear "air" material to exclude.
>>
>> However, that said, it's fairly easy to filter the output mesh to exclude
>> tets with a particular label.  Especially if you use .node/.ele files you
>> can just extract the lines of interest and recount.  I hope this offers a
>> quick workaround.
>>
>> Thanks a lot for these emails---these are exactly the kind of features
>> we'd like to implement to simplify future users' experiences.
>>
>> Regards,
>> Josh
>>
>> On Sep 24, 2013, at 8:37 AM, Ricardo Ortiz <ricardo.ortiz@kitware.com>
>> wrote:
>>
>> Joshua -
>>
>> Thanks for the feedback.  I got it to work with your suggestion and using
>> padded volume!
>> Although it seems that with the padded volume option "air" is meshed as
>> well.  Is there a way around this?
>>
>> Thank you,
>>
>> /Ricardo
>>
>>
>> On Sun, Sep 22, 2013 at 1:10 PM, Joshua Levine <jlevine@sci.utah.edu>
>> wrote:
>>>
>>> Hi Ricardo,
>>>
>>> For your particular dataset, you'll need a separate nrrd file for each
>>> indicator function.  You've given us the label map, where each voxel
>>> is labeled by material.  What cleaver expects is a distance field per
>>> label, as in the frog example you can find on the cleaver website.
>>>
>>> Converting between the two is not super tricky, and is in fact
>>> something we've discussed supporting in the code itself.  Jonathan
>>> Bronson might in fact have this feature hidden in a development
>>> version of Cleaver.  I believe this is the currently unimplemented
>>> "loadNRRDLabelMap()" function in release 1.5.3.
>>>
>>> Regards,
>>> Josh
>>>
>>> On Fri, Sep 20, 2013 at 9:15 AM, Ricardo Ortiz
>>> <ricardo.ortiz@kitware.com> wrote:
>>> > Hello,
>>> >
>>> > We are testing cleaver to generate a mesh on the following volumetric
>>> > dataset. I get the following output:
>>> >
>>> >> Input Dimensions: 128 x 170 x 335
>>> >> Creating Mesh with Volume Size [128, 170, 335]
>>> >> ...
>>> >> Worst Angles:
>>> >> min: 180
>>> >> max: 0
>>> >> Writing settings file: man-arm-2mm-3labels-clean.info
>>> >> ...
>>> >> Cleaning up.
>>> >> Done.
>>> >
>>> >
>>> > Note the max worst angle is 0.  There is no error message nor warning
>>> > and
>>> > the output files are pretty much empty.
>>> > Is there something I am missing parameter wise?
>>> > I am using the defaults for -as and -al.
>>> >
>>> > Any help will be very much appreciated.
>>> >
>>> > Thanks,
>>> > /Ricardo
>>> >
>>> > --
>>> > Ricardo Ortiz, Ph.D.
>>> > R&D Engineer
>>> > Kitware, Inc.
>>> > 101 East Weaver St. G4
>>> > Carrboro, NC 27510
>>> > Phone: (919) 869-8870
>>> > Fax: (919) 969-6910
>>> >
>>
>>
>>
>>
>> --
>> Ricardo Ortiz, Ph.D.
>> R&D Engineer
>> Kitware, Inc.
>> 101 East Weaver St. G4
>> Carrboro, NC 27510
>> Phone: (919) 869-8870
>> Fax: (919) 969-6910
>>
>
>
>
> --
> Ricardo Ortiz, Ph.D.
> R&D Engineer
> Kitware, Inc.
> 101 East Weaver St. G4
> Carrboro, NC 27510
> Phone: (919) 869-8870
> Fax: (919) 969-6910
>

Archive powered by MHonArc 2.6.16.

Top of page