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[IV3D-USERS] Re: Wow - there's my brain


Chronological Thread 
  • From: tom fogal <tfogal@alumni.unh.edu>
  • To: iv3d-users@sci.utah.edu
  • Subject: [IV3D-USERS] Re: Wow - there's my brain
  • Date: Sat, 17 Oct 2009 20:32:16 -0600
<david@koontz.name> writes:
> I have MRI images of my brain - but when I try to load them into iv3d
> the 3d image appears to be an "exploded - assembly" type of image.
> By that I mean it looks more like a image of a hamburger with the bun
> floating above the pickles floating above the tomato above the beef
> above the bun.  To be speckic the ventricals are on top of the stack
> of brain parts.  Weird.

`This is your brain on drugs.'

Seriously though -- that does sound quite strange.  My guess is that
you're hitting a bug.

> It was converted from a CD of MRI data from 2002 -
>
> How do I tell what data types iv3d can and cannot convert?

You could filter by file extensions in the file loader box.  For more
details though, we list and discuss the supported file formats in the
manual:

  http://www.sci.utah.edu/images/docs/imagevis3d.pdf

Loading data is discussed on page 13.


I don't think the file format is the issue though; sounds like it's
just a bug in the DICOM parser.  Since you've got an MRI of a brain,
I'd guess you've got a DICOM or a set of DICOMs, so there might just be
a bug in the DICOM parser.

Is there any chance you could send us the data files?

The best way to report a bug is to use the "Report an Issue" dialog.
This is discussed on page 37 of the aforementioned manual.  Please do
report an issue via this dialog, even if you don't feel comfortable
sending us the data files.  The main reason for using this dialog is
the "Submit Debug Log" checkbox, which (when checked) gives us detailed
information on the data file's specifications.  If you are comfortable
sending us the data, there is a method to submit data files in that
dialog.

Please note that there are privacy concerns associated with sending
DICOMs to other people.  One way to mitigate this problem is to
anonymize your DICOM before sending it; SCI provides no such tool, but
a quick google search for "dicom anonymizer" looked promising.  Of
course, this point's a bit moot given we know what kind of data you'd
be sending...

> How does one know what type of data file they have - are there magic
> strings in the data file?

Generally, yes.  Usually the first few bytes are enough to figure it
out.  A quick scan of the DICOMs I have suggest that the first 3 bytes
of all DICOMs are the three characters "DIC", but I haven't verified
this (e.g. by looking at any of the DICOM specs).

Cheers,

-tom

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