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[IV3D-USERS] Re: Re: Re: RE: Re: RE: Re: RE: Re: RE: Re: IV3D Question


Chronological Thread 
  • From: tom fogal <tfogal@sci.utah.edu>
  • To: iv3d-users@sci.utah.edu
  • Subject: [IV3D-USERS] Re: Re: Re: RE: Re: RE: Re: RE: Re: RE: Re: IV3D Question
  • Date: Tue, 10 Sep 2013 17:46:12 -0600
ImageVis is installed for a multi-user installation by default, so it shouldn't play with permissions on install dirs.

Our default tempdir location is system defined; we don't play with it, we just use what is set in the operating system.

That said, there seems to be something weird going on with the OP's tempdir settings; not sure what's going on yet, and I hesitate to change things until we do understand.

Certainly, if IV3D's *default* is to write into directories that are not specific to the current user or a global temporary directory, then that's a bug. If that's happening (to you or the OP or others), please let us know.

-tom

On 09/10/2013 05:35 PM, Scott Krehbiel wrote:

Is it a good idea for the IV3D user to claim ownership of the install
directory and any related temp directories?   I've had problems in some
software when I wasn't the "owner" of the install directory, so the
software couldn't write there.

Sorry if this issue has already been addressed in this thread.  In case
it's helpful, here's instructions on claiming ownership of a directory:
http://technet.microsoft.com/en-us/library/cc753659.aspx

-Scott


On 9/10/2013 4:18 PM, tom fogal wrote:
Hi, sorry for the delay.

I tried on a couple windows boxes and my Linux workstation, but could
not reproduce the problem.  Fortunately I looked through the email
chain and saw this tiny bit in a screenshot of your debug log:

  ERROR (IOManager::ConvertDataset): Could not create temp file
C:\Users\ADMINI~1\AppData\Local\Temp\17\testtttttttttttt.uvf~ aborted
conversion.

This is the more likely reason things are failing; sorry I didn't
notice earlier, it's quite buried.

Try this fix: go into IV3D's "Advanced" settings (see screenshot) and
change the temporary directory to something like
"C:/users/administrator/desktop/" (at the bottom; mine is "/tmp/" in
the screenshot).  Then try the conversion.
If that doesn't fix things, then please generate a debug log and send
it to us---we would need to see more of what IV3D is doing leading up
to the problem.

If you don't trust the 'Report an Issue' uploader, you can run
ImageVis3D from the command line with "ImageVis3D -log
c:\users\administrator\desktop\load-error.log -loglevel 2" to generate
a logfile and send it to us manually.

Thanks,

-tom

This error was originally just in a screenshot, but I wanted to enter
it into the email archives so I could find it again when searching for
it.  The original error that started this thread  was a libtiff error:

  incorrect count for field "ColorMap" (1, expecting 196608); tag ignored

On 09/09/2013 03:01 PM, Anderson, Lee wrote:

Here are some "open" images I can share. Same as the large data
folder (1955 sequential images) I was testing with, I still get the
same errors when trying to save the .uvf when using these images as
well on the Server 2008R2 system.


-Lee



-----Original Message-----
From: tom fogal [mailto:tfogal@sci.utah.edu]
Sent: Friday, September 06, 2013 4:04 PM
To: iv3d-users@sci.utah.edu
Subject: [IV3D-USERS] Re: RE: Re: RE: Re: RE: Re: IV3D Question

Hey Lee,

On 09/06/2013 08:03 AM, Anderson, Lee wrote:
I checked with the scientist to be sure and she confirmed that I
cannot share the images we are having difficulty with. She is putting
together some images that I could share, but she said they would not
be consecutive scan like the ones giving us the errors and they may
not cause the same error message. I will touch base again when I get
the open beam images from her.

We don't actually care about the image data themselves, of course.
They don't need to be consecutive images, either.  Could your
colleague open them up in an image editing program and bucket-fill
them to black or something else to obscure them?  If they still give
the IV3D error after doing that, that's all we need.

By the way, the system giving us the
most issues is running Server 2008R2. Is ImageVis3D tested on that OS?

We don't have 2008R2 Server sitting around at the moment, but we've
also never seen issues specific to versions of windows, sans dropping
support for XP semi-recently.  There's no code in IV3D that tests for
a windows version (I just checked and the same is true for our libtiff).

-tom

-----Original Message-----
From: tom fogal [mailto:tfogal@sci.utah.edu]
Sent: Tuesday, September 03, 2013 7:44 PM
To: iv3d-users@sci.utah.edu
Subject: [IV3D-USERS] Re: RE: Re: RE: Re: IV3D Question

Hi Lee,

Thanks for digging into this, and sorry you're hitting issues.   I dug
into the code && that error message is coming out of libtiff.  The
difference in behavior that you see is telling, suggesting that a
libtiff upgrade or change in the way we compile it is to blame.

Could you send us two TIFFs from this data set, so that we could
reproduce the issue locally?  That would help us a lot.  Section 8.3
of our "Getting Data Into ImageVis3D" [1] has information on how to
send data to us.

Thanks again,

-tom

[1]
http://ci.sci.utah.edu:8011/devbuilds/GettingDataIntoImageVis3D.pdf

On 08/30/2013 10:55 PM, Anderson, Lee wrote:
I just have tried 3.0.0 and 3.1 on this system and get the error.
One of our scientists said she had a working version on another
system. I logged into her system and verified it would open the
same files causing this error without any issues. Then I installed
the version she had (v1.3 x64) on this system and the error does
not occur.

-Lee



-----Original Message-----
From: James Hughes [mailto:jhughes@sci.utah.edu]
Sent: Friday, August 30, 2013 4:42 PM
To: iv3d-users@sci.utah.edu
Subject: [IV3D-USERS] Re: RE: Re: IV3D Question

Just uploaded the new executable to ornl link you gave me.
Hopefully that works.

James
On 08/30, Anderson, Lee wrote:
Still having issues with that link. Probably our firewalls here at
the lab. By the way, I just opened the exact same folder of .tiff
files on a system running version 1.3 64-bit and do not get that
error. So I ruled out the .tiff files themselves as a cause.

-Lee


-----Original Message-----
From: James Hughes [mailto:jhughes@sci.utah.edu]
Sent: Friday, August 30, 2013 4:30 PM
To: iv3d-users@sci.utah.edu
Subject: [IV3D-USERS] Re: IV3D Question

Hey Lee,

Try out this download link for a CI dev-build executable:
http://ci.sci.utah.edu:8011/devbuilds/ImageVis3D-x86_64-3.1.0-r2165-2636-294-2208-release.exe.

We're going to be releasing 3.1 soon and this is the executable we
will likely base it off of. It includes many bug fixes and likely
fixes the error you are getting as I'm currently running
ImageVis3D on a GTX 680 on Windows.

Note that this link doesn't use the normal HTTP port 80. Let us
know if you have any trouble downloading it.

James

On 08/30, Anderson, Lee wrote:
Good afternoon.

I have installed IV3D on three systems for some of our
scientists. They all have different video cards, the one I really
need to work has an nVidia GTX660 with latest drivers. Hopefully
you have seen this error before and there is a quick fix.


[cid:image001.jpg@01CEA59B.B4BB97F0]

Thank you for your time.

-Lee Anderson
Information Technology Services Division Oak Ridge National
Laboratory
1 Bethel Valley Road
Bldg. 7964K Room 17 MS6430
Oak Ridge, TN 37831
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Mobile - 865-617-1416
FAX - 865-241-6770
andersonjl@ornl.gov<mailto:andersonjl@ornl.gov>










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