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Re: [MANTA] bad exit from bin/manta on Altix


Chronological Thread 
  • From: James Bigler <bigler@cs.utah.edu>
  • Cc: manta@sci.utah.edu
  • Subject: Re: [MANTA] bad exit from bin/manta on Altix
  • Date: Wed, 25 May 2005 22:26:23 -0600
Our thread code expects that exit_handler is called only once when the main thread returns or exit() is called. It should only be processed when the program terminates. Only heap memory should be access by this point.

James

Rocky Rhodes wrote:
On the Altix with icc, the exit_handler function is called after the
pthread_exit(0) function is called in Thread_shutdown.  This is caused by a
call to "atexit(exit_handler)" that is made when the Thread is initialized.
Exit_handler then calls Thread_shutdown again, where it fails with a segv
because it tries to reference a data structure that has already been
deleted.

When running the gcc compiled version, the exit_handler function is not
called on thread exit, but only when the entire program exits.

I'm on my way out, but I'll research the "expected" behavior of atexit() in
a pthread program tomorrow morning if nobody tells me what it is supposed to
do before I get to it.

        Rocky


-----Original Message-----
From: owner-manta@sci.utah.edu [mailto:owner-manta@sci.utah.edu] On Behalf
Of Rocky Rhodes
Sent: Wednesday, May 25, 2005 5:09 PM
To: 'James Bigler'
Cc: manta@sci.utah.edu
Subject: RE: [MANTA] bad exit from bin/manta on Altix

Yep.  Works fine compiled with gcc/g++ (although a bit slower).

        Rocky


-----Original Message-----
From: owner-manta@sci.utah.edu [mailto:owner-manta@sci.utah.edu] On

Behalf

Of James Bigler
Sent: Wednesday, May 25, 2005 3:30 PM
Cc: manta@sci.utah.edu
Subject: Re: [MANTA] bad exit from bin/manta on Altix

Can you build manta with GCC instead of ICC, since this is an ICC
specific library?

James

Rocky Rhodes wrote:

Ok.  Got me there.  .../intel-cc/8.1.030/lib/libipr.so.6 is the

culprit.

        Rocky



-----Original Message-----
From: owner-manta@sci.utah.edu [mailto:owner-manta@sci.utah.edu] On

Behalf

Of James Bigler
Sent: Wednesday, May 25, 2005 3:06 PM
Cc: manta@sci.utah.edu
Subject: Re: [MANTA] bad exit from bin/manta on Altix

Doing a google on those files indicates that libffio.so is a Fortran
library commonly found on SGI machines.  libeag_ffio.so also appears

to

be an SGI oriented library.

Try this for me:

ldd bin/manta | awk '{print $3}' | \
xargs --max-args=1 grep -l "Incorrect Phase"

James

Rocky Rhodes wrote:


It still fails the same way on exit.

Another clue (red herring?) is that the "Incorrect Phase" error

message

is


coming from either libffio.so or libeag_ffio.so on the Altix.  These

are

the


only two .so files in /usr/lib that contain this string.

        Rocky




-----Original Message-----
From: owner-manta@sci.utah.edu [mailto:owner-manta@sci.utah.edu] On

Behalf


Of James Bigler
Sent: Wednesday, May 25, 2005 11:08 AM
Cc: manta@sci.utah.edu
Subject: Re: [MANTA] bad exit from bin/manta on Altix

Rocky,

Can you try something for me?  The only thread code that is specific

to

the altix is the barrier code.  In Thread_pthread.cc there are a few
places that use __ia64__.  Could you replace these with

__ia64_noway__

to see if you still have problems (I want to not compile the ia64
specific code here)?

Thanks
James




I had tried older versions of the main trunk and didn't have any

luck

isolating a change.  I tried versions back to 308 that all failed

similarly,




and version 300 doesn't build for me.  It has probably always

been

this


way




and I just had this environment variable set when I tried it

before.

        Rocky






-----Original Message-----
From: owner-manta@sci.utah.edu [mailto:owner-manta@sci.utah.edu]

On

Behalf




Of James Bigler
Sent: Tuesday, May 24, 2005 7:59 PM
Cc: manta@sci.utah.edu
Subject: Re: [MANTA] bad exit from bin/manta on Altix

You could try checking out an older version and see if it

happens.

The Thread_pthread.cc file is pretty hairy.  The altix is the

only

machine we've had complaints about, though.  Should this be

showing

up


in other modern distributions?  What do the SGI docs say about

that?

James

Rocky Rhodes wrote:





If I run "bin/manta -bench 10 10 -imagedisplay null -np 2" on

an

Altix,



the program exits in a bad way, complaining of "ERROR:

Incorrect

Phase"



and then telling me that "Thread 'idle or main'" got a SIGSEGV.

If

I


run this again with the LD_ASSUME_KERNEL environment variable

set

to


"2.4.19" it exits cleanly.



SGI's documentation says that this behavior is indicative of an
application "which depends on behaviors in which the

LinuxThreads

implementation deviates from the POSIX standard".  The

LD_ASSUME_KERNEL



environment variable forces the application to use the old

LinuxThreads



implementation rather than NPTL (Native POSIX Thread Library).

I

think



the new thread package was included with ProPack 3.0 on the

Altix.

You



might not see this problem on your Altix if it is running an

earlier


version of the system software.



I thought I had tried this earlier and didn't have this

problem,

but


as



it is just an environment variable, now I'm wondering if this

has

always




been broken this way.  Is anyone aware of any changes in the

pthread


code made over the last week or so that may have changed this

behavior?



Does anyone feel more qualified than I do about mucking around

in

this



code and trying to understand what goes on when the program

exits?



       Rocky






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