SCIRun User Mailing List

Text archives Help

Re: [SCIRUN-USERS] basic question

Chronological Thread 
  • From: Morgan Hough <>
  • To: Raya Schindmes <>
  • Cc:
  • Subject: Re: [SCIRUN-USERS] basic question
  • Date: Mon, 13 Mar 2006 11:19:33 +0000
  • Organization: FMRIB


I am interested in the same thing but I can only suggest a path as I
have not tried this myself. I look forward to hearing more about this
and I would also ask what of NeuroFEM might be incorporated into BioPSE
or whether something of similar functionality has been added. 

I think segmentation will be done with ITK and the mesh generation with
BioFEM but maybe there is some built in segmentation in BioFEM. ITK has
a great deal of flexibility across its many functions but I am not sure
what is easily used (what might exist as a packaged application). 

I might recommend that the skull/scalp segmentation is done separately
from the tissue segmentation. 5 classes are recommended sometimes just
for brain segmentation and the skull segmentation is better informed
with multispectral data (more than just T1w data). Since we are on the
topic of EEG head modeling, let me quickly plug FMRIB's FSL tools,
specifcally bet2 and betsurf, which produce scalp and skull surfaces
from multispectral (T1 and T2) data. Getting the skull right (with the
appropriate conductivity) is a big part of the EEG head model. To
validate such segmentation you really need to compare results with CT
data which is not commonly done as you need whole head CT data. Such
data is not normally collected as a clinical CT study and I don't know
of any available for testing (anybody know of one?). 

It is unclear to me what BioFEM will accept as possible inputs in terms
of doing your own segmentation. I am interested to know whether mesh
generation can be guided by meshes as well as voxel labels or PVEs. As a
FreeSurfer user I am particularly interested in using their segmentation
results (which includes cortical meshes and cortical/subcortical
parcellation) as input to the EEG head model. 

FreeSurfer is now open source BTW. I think it would be perfect time to
demonstrate how BioPSE can form the head model and perform source

I look forward to hearing more about this.



On Fri, 2006-03-10 at 11:01 +0000, Raya Schindmes wrote: 
> Dear developers and users,
> I am totally new to this software and trying to figure out what is it
> for exactly.
> I would like to segment T1 MRI head images into 5 different tissues:
> white matter, grey matter, CSF, skull and scalp and then generate a
> tetrahedral (volume) mesh with those 5 tissues and to add electrodes
> position and locally refine the mesh around the electrodes.
> Can anyone help me and tell me how exactly can I use SCIRun for this
> purpose, if at all? And what exactly should I do (preferably, step by
> step explanation)?
> Thank you in advance,
> Raya

== The SCIRun Users mailing list: send email to   ==
== for more details.                                                     ==
== Please acknowledge use of SCIRun in your papers and reports:          ==
==   see         ==

Archive powered by MHonArc 2.6.16.

Top of page