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RE: [SCIRUN-USERS] basic question


Chronological Thread 
  • From: "Jolley, Matthew" <Matthew.Jolley@childrens.harvard.edu>
  • To: "Raya Schindmes" <rayasch@medphys.ucl.ac.uk>, scirun-users@sci.utah.edu
  • Subject: RE: [SCIRUN-USERS] basic question
  • Date: Mon, 13 Mar 2006 11:03:30 -0500
Hello,
 
Dr. Weinstein beat me to this.  The process Dr. Weinstein suggests (explained 
on our wiki) would likely be of benefit as 3D Slicer is optimized for brain 
segmentation and includes Freesurfer.  You can then import the models into 
SCIRun/BioPSE via the NRRD format.  The electrode modules being built should 
serve the exact purpose you are looking for.
 
mj
 
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Matthew Jolley
Pediatrics PL3
matthew.jolley@tch.harvard.edu
Pager 6132

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From: owner-scirun-users@sci.utah.edu on behalf of Raya Schindmes
Sent: Fri 3/10/2006 6:01
To: scirun-users@sci.utah.edu
Subject: [SCIRUN-USERS] basic question



Dear developers and users,

 

I am totally new to this software and trying to figure out what is it for 
exactly.

I would like to segment T1 MRI head images into 5 different tissues: white 
matter, grey matter, CSF, skull and scalp and then generate a tetrahedral 
(volume) mesh with those 5 tissues and to add electrodes position and locally 
refine the mesh around the electrodes.

Can anyone help me and tell me how exactly can I use SCIRun for this purpose, 
if at all? And what exactly should I do (preferably, step by step 
explanation)?

 

Thank you in advance,

 

Raya

 



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== for more details.                                                     ==
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