Text archives Help

---

Hi Ramon,

Could you send me an example of the matlab file and the nrrd file? I fear 
some recent change in the code may have broken code for matlab files, but I'd 
like to confirm that with your matlab file, so I can engineer a solution.  
Concerning the nrrd format, it reports that the file is not valid, we have 
had more problems with the old version of Seg3D writing incorrect nrrd files 
as it did not use the right library calls to write out the files. I have 
already added code to fix faulty output from the older versions, but I think 
we must have missed a few cases, hence if you could send me an example I can 
add code to ensure we can read those files as well. The spacing should not be 
an issue.

Note, to export in matlab format from Seg3D2, just click on the layer with 
the right mouse button, a menu will appear allowing to export to different 
formats.

thanks,

Jeroen




On Sep 21, 2011, at 5:25 AM, Ramón Casero Cañas wrote:

> 
> Hi all,
> 
> I have created a segmentation in Seg3D v1.12.0 (with my patch for the 
> Spline Tool), saved it to .mat, and opened it in Seg3D2. The application 
> crashes with a segfault.
> 
> If I save a volume instead of a segmentation to .mat and try to open in 
> Seg3D2, the segfault produces some output
> 
> <ERROR>
> $ *** glibc detected *** ./Seg3D2: corrupted double-linked list: 
> 0x00007f880802e990 ***
> ======= Backtrace: =========
> /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(+0x77fb1)[0x7f88364bcfb1]
> /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(+0x78528)[0x7f88364bd528]
> /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(cfree+0x73)[0x7f88364c18e3]
> /usr/lib/nvidia-current/tls/libnvidia-tls.so.270.41.06(+0x8eb)[0x7f88340458eb]
> ======= Memory map: ========
> 00400000-02556000 r-xp 00000000 08:0d 1065191  
> /home/scratch/ramc/comlab/Seg3D_2.1/bin/Seg3D2
> 02755000-02759000 r--p 02155000 08:0d 1065191  
> /home/scratch/ramc/comlab/Seg3D_2.1/bin/Seg3D2
> 02759000-027ff000 rw-p 02159000 08:0d 1065191  
> /home/scratch/ramc/comlab/Seg3D_2.1/bin/Seg3D2
> 027ff000-0282e000 rw-p 00000000 00:00 0
> 0356b000-08ad8000 rw-p 00000000 00:00 0  [heap]
> 4001c000-4001e000 r-xs 00000000 08:0b 110  /tmp/glu48OEI (deleted)
> 4006a000-400e1000 rw-p 00000000 00:00 0
> 400e1000-400e3000 r-xs 00000000 08:0b 152  /tmp/glYFXJyF (deleted)
> 400e3000-4015a000 rw-p 00000000 00:00 0
> 4015a000-4015c000 r-xs 00000000 08:0b 156  /tmp/glDytMvN (deleted)
> ...
> </ERROR>
> 
> 
> From the export menu, it seems that currently, Seg3D2 can only export to 
> NRRD, so maybe it cannot even read .mat files in the first place? Is this 
> functionality going to be added at some point?
> 
> 
> 
> I have then saved a volume in Seg3D in .nrrd format, and opened it with 
> Seg3D2. I get the following error:
> 
> <ERROR>
> ERROR: Could not read file 
> '/home/ramc/elham/image-processing/ko-118-01-11-stack-seg-clean-smooth-lab.nrrd'.
> 
> Could not open file: 
> /home/ramc/elham/image-processing/ko-118-01-11-stack-seg-clean-smooth-lab.nrrd
>  : [nrrd] nrrdLoad: trouble reading 
> "/home/ramc/elham/image-processing/ko-118-01-11-stack-seg-clean-smooth-lab.nrrd"
> [nrrd] nrrdRead: trouble
> [nrrd] _nrrdRead: trouble reading NRRD file
> [nrrd] _nrrdFormatNRRD_read: trouble parsing spacings info "0.000000 
> 0.000000 0.000001"
> [nrrd] _nrrdReadNrrdParse_spacings: trouble
> [nrrd] _nrrdFieldCheck_spacings: axis 0 spacing (0) invalid
> </ERROR>
> 
> Could this be because the resolution in my images is ~.5e-6, and Seg3D 
> doesn't have enough precision when saving the data to a file?
> 
> I have been able to save a segmentation mask to .mha in Seg3D and open it 
> with Seg3D2 without crashing.
> 
> 
> Best regards,
> 
> Ramon.
> 
> -- 
> Dr. Ramón Casero Cañas
> 
> Computational Biology
> Department of Computer Science
> University of Oxford
> Wolfson Building, Parks Rd
> Oxford OX1 3QD
> 
> tlf     +44 (0) 1865 610737
> web     http://web.comlab.ox.ac.uk/people/Ramon.CaseroCanas
> photos  http://www.flickr.com/photos/rcasero/

---

• [SCIRUN-USERS] Some problems loading data from Seg3D to Seg3D2, Ramón Casero Cañas, 09/21/2011
  • [SCIRUN-USERS] Re: Some problems loading data from Seg3D to Seg3D2, Jeroen Stinstra, 09/21/2011
    • [SCIRUN-USERS] Re: Some problems loading data from Seg3D to Seg3D2, Ramón Casero Cañas, 09/21/2011
    • [SCIRUN-USERS] Re: Some problems loading data from Seg3D to Seg3D2, Ramón Casero Cañas, 09/21/2011

---

Archive powered by MHonArc 2.6.16.