SCI Seg3D Mailing List

Text archives Help


[Seg3D] Re: Re: Large Dataset on Windows 8


Chronological Thread 
  • From: Ayla Khan <ayla@sci.utah.edu>
  • To: seg3d@sci.utah.edu
  • Subject: [Seg3D] Re: Re: Large Dataset on Windows 8
  • Date: Thu, 18 Jul 2013 23:31:59 -0600
Hi Anastasios,

I'll send you the a link to the test and instructions off-list.

Ayla

On Jul 18, 2013, at 6:54 AM, anastasios.marmaras@uzh.ch wrote:

> Hello Ayla,
> 
> Thank you very much for your response and the clarification regarding 
> out-of-core data. 
> 
> Unfortunately the log file contains nothing: When i make a new project, a 
> long list of entries appear in the log. The last line of which is:
> 
> [2013-Jul-18 14:32:18|ActionNewProject.cc|145] SUCCESS: Successfully 
> created new project 'Kidney21'.
> 
> (Kidney21 being the name of the project file.).
> 
> When i subsequently try to load the data stack (which takes a few minutes 
> and crashes at 6.5 GB memory utilisation) the crash is silent, nothing new 
> is written to the log file. 
> 
> I am in general very willing to try out your test code. But would that 
> involve recompiling Seg3D for windows ? If that's the case we will probably 
> not have much luck with it because we do not have Visual Studio, or much 
> experience with it here. (and we also do not have a linux machine with that 
> amount of ram). If it is a matter of replacing some pre-compiled component 
> i can go ahead with it.
> 
> Thanks again for your helpful response.
> 
> best regards,
> Anastasios
> 
> 
> 
> 
> 
> 
> -----Ayla Khan <ayla@sci.utah.edu> wrote: -----
> To: seg3d@sci.utah.edu
> From: Ayla Khan <ayla@sci.utah.edu>
> Date: 07/17/2013 01:25AM
> Subject: [Seg3D] Re: Large Dataset on Windows 8
> 
> Hi Anastasios,
> 
> Thank you for your feedback! Seg3D wraps ITK file importers, which have 
> support for streaming very large datasets - the example cited is about 
> 13GB. For TIFF stacks (and other file series types), this feature is on by 
> default. Unfortunately, we don't have streaming support for the ITK filters 
> implemented. If you're still willing to try to load your data, I'll send 
> you ITK test code which only tries to load an image stack to see if that 
> fails too.
> 
> Also, can you look in your user Seg3D AppData folder for log files 
> corresponding to Seg3D sessions that crashed (the log file pattern is 
> Seg3D_2.1.4_YYYYMMDDT1HHMM...)? Usually this is set up as 
> AppData/Local/Seg3D2 under your user folder, but can also be found using 
> the %appdata% environment variable.
> 
> Seg3D does not support virtual, or out-of-core data yet - it's a feature we 
> are starting to research however. ImageVis3D is the only CIBC software 
> product that supports this.
> 
> Ayla
> 
> On Jul 16, 2013, at 2:23 AM, anastasios.marmaras@uzh.ch wrote:
> 
>> Hello,
>> 
>> I would like to start by saying that i recently found out about all the 
>> work you have been doing and have to say that i am very impressed. 
>> ImageVis3D and Seg3D are both great programs.
>> 
>> Onto what seems to be a bug report:
>> 
>> I have tried to load a 66 GB dataset onto Seg3D (v2.1.4). This was on a 
>> Windows 8 system with 256 GB of ram. To be more precise i tried to import 
>> a a stack of tiffs as a single layer data volume. The import process 
>> crashed. As a matter of fact it always crashes as soon as the memory used 
>> by Seg3D reaches about 6.5 GB. Could it be that there is some 
>> incompatibility with Windows 8 that causes that ? In any case i just 
>> wanted to report the behavior. Also, i would be very happy to investigate 
>> further if you would like me to.
>> 
>> On a similar note, i would also like to ask whether Seg3D already supports 
>> (or there is plan to support) working with virtual volumes, i.e. volumes 
>> too large to fit in memory which will instead be directly worked on the 
>> hard drive. (terribly slow, but in certain cases unavoidable). Just 
>> wondering whether something like that is supported or planned for Seg3D.
>> 
>> best regards,
>> Anastasios 
>> 
>> --
>> 
>> University of Zurich
>> Dr. Anastasios Marmaras
>> Institute of Physiology
>> Interface Group
>> Y23 J 78
>> Winterthurerstrasse 190
>> CH-8057 Zurich
>> Tel. +41 44 635 50 56
>> anastasios.marmaras@uzh.ch
>> 
> 


Archive powered by MHonArc 2.6.16.

Top of page