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[IV3D-USERS] Re: issues with segmented data


Chronological Thread 
  • From: tom fogal <tfogal@alumni.unh.edu>
  • To: iv3d-users@sci.utah.edu
  • Subject: [IV3D-USERS] Re: issues with segmented data
  • Date: Thu, 16 Jul 2009 11:50:56 -0600
Hi Tom, sorry you're having issues.

tlamar@bidmc.harvard.edu writes:

> IV3d loads the data fine, but I can't get the coloring I want. It
> seems to me that in computing the value for each voxel, IV3d is
> averaging actual values from the ROI with the zeros from outside.

Yep.  ImageVis3D is doing trilinear interpolation to obtain the
appropriate data value within the volume.  For many datasets this
is what one wants, but when a dataset consists of a series of
`flags' (i.e., "value 806 is bone, value 908 is skin", etc.) this is
undesirable because it `mixes' components of the datasets which should
remain separate.

> When I apply a 1d transfer function, the outside always takes on
> whatever color I try to apply to regions with low values.
>
> Do you have any suggestions?

This fix is for ImageVis3D to use nearest neighbor interpolation.  This
is on our `todo' list, but we haven't had time for it yet.

If you're willing to dive into the code, I can overview what needs to
be done.  Otherwise, please watch this list for release announcements
which mention nearest neighbor interpolation as a `new feature'.

Cheers,

-tom

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