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[IV3D-USERS] RE: Re: issues with segmented data


Chronological Thread 
  • From: tlamar@bidmc.harvard.edu
  • To: tfogal@sci.utah.edu
  • Cc: iv3d-users@sci.utah.edu
  • Subject: [IV3D-USERS] RE: Re: issues with segmented data
  • Date: Tue, 21 Jul 2009 10:50:21 -0400
Thanks Tom. I think I'll pass on the coding.

Our dataset is actually not quite a series of 'flags';, rather, it is
continuous within our ROI and 0 outside the ROI. While nearest neighbor
interpolation would work, I think the ideal solution for us would be if
IV3d could use trilinear interpolation excluding any value that was 0,
or just use nearest neighbor for the perimeter of the ROI and trilinear
for the interior.

Any idea when nearest neighbor interpolation would be added?

Tom
-----Original Message-----
From: tom fogal [mailto:tfogal@alumni.unh.edu] ;
Sent: Thursday, July 16, 2009 1:51 PM
To: iv3d-users@sci.utah.edu
Subject: [IV3D-USERS] Re: issues with segmented data

Hi Tom, sorry you're having issues.

tlamar@bidmc.harvard.edu writes:

> IV3d loads the data fine, but I can't get the coloring I want. It 
> seems to me that in computing the value for each voxel, IV3d is 
> averaging actual values from the ROI with the zeros from outside.

Yep.  ImageVis3D is doing trilinear interpolation to obtain the
appropriate data value within the volume.  For many datasets this is
what one wants, but when a dataset consists of a series of `flags'
(i.e., "value 806 is bone, value 908 is skin", etc.) this is undesirable
because it `mixes' components of the datasets which should remain
separate.

> When I apply a 1d transfer function, the outside always takes on 
> whatever color I try to apply to regions with low values.
>
> Do you have any suggestions?

This fix is for ImageVis3D to use nearest neighbor interpolation.  This
is on our `todo' list, but we haven't had time for it yet.

If you're willing to dive into the code, I can overview what needs to be
done.  Otherwise, please watch this list for release announcements which
mention nearest neighbor interpolation as a `new feature'.

Cheers,

-tom



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