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[IV3D-USERS] Re: Re: issues with segmented data


Chronological Thread 
  • From: tom fogal <tfogal@alumni.unh.edu>
  • To: tlamar@bidmc.harvard.edu
  • Cc: iv3d-users@sci.utah.edu
  • Subject: [IV3D-USERS] Re: Re: issues with segmented data
  • Date: Tue, 21 Jul 2009 11:29:18 -0600
tlamar@bidmc.harvard.edu writes:

> Our dataset is actually not quite a series of 'flags';, rather, it
> is continuous within our ROI and 0 outside the ROI. While nearest
> neighbor interpolation would work, I think the ideal solution for
> us would be if IV3d could use trilinear interpolation excluding any
> value that was 0, or just use nearest neighbor for the perimeter of
> the ROI and trilinear for the interior.

Ahhh, yeah, I see what you mean.

Unfortunately that's a bit harder; we could probably do this by using a
nearest neighbor texture and manually doing the interpolation ourselves
in the shader.  It'd have a heavy performance hit.

The shader code is getting absurd these days; I'm not willing to add in
an option for this until we get a shader factory internally.  That's
planned for 2.0 currently.

What is the shape of your ROI?  If it's cubic, you could just crop your
dataset to remove all the 0-values.

> Any idea when nearest neighbor interpolation would be added?

Well, I could say that our normal bin for features that are planned but
not yet scheduled out is "2.0".  However, changing the interpolation
mode is actually pretty simple.  I won't have time this week, but I'd
be very surprised if it wasn't in there a month from now.

-tom

> -----Original Message-----
> From: tom fogal [mailto:tfogal@alumni.unh.edu] ;
> Sent: Thursday, July 16, 2009 1:51 PM
> To: iv3d-users@sci.utah.edu
> Subject: [IV3D-USERS] Re: issues with segmented data
> 
> Hi Tom, sorry you're having issues.
> 
> tlamar@bidmc.harvard.edu writes:
> 
> > IV3d loads the data fine, but I can't get the coloring I want. It 
> > seems to me that in computing the value for each voxel, IV3d is 
> > averaging actual values from the ROI with the zeros from outside.
> 
> Yep.  ImageVis3D is doing trilinear interpolation to obtain the
> appropriate data value within the volume.  For many datasets this is
> what one wants, but when a dataset consists of a series of `flags'
> (i.e., "value 806 is bone, value 908 is skin", etc.) this is undesirable
> because it `mixes' components of the datasets which should remain
> separate.
> 
> > When I apply a 1d transfer function, the outside always takes on 
> > whatever color I try to apply to regions with low values.
> >
> > Do you have any suggestions?
> 
> This fix is for ImageVis3D to use nearest neighbor interpolation.  This
> is on our `todo' list, but we haven't had time for it yet.
> 
> If you're willing to dive into the code, I can overview what needs to be
> done.  Otherwise, please watch this list for release announcements which
> mention nearest neighbor interpolation as a `new feature'.
> 
> Cheers,
> 
> -tom

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