iv3d-users

Text archives Help


[IV3D-USERS] Re: ImageVis3D


Chronological Thread 
  • From: tom fogal <tfogal@sci.utah.edu>
  • To: iv3d-users@sci.utah.edu
  • Cc: Maxence Le Vasseur <maxencelevasseur@hotmail.com>
  • Subject: [IV3D-USERS] Re: ImageVis3D
  • Date: Mon, 29 Nov 2010 16:15:02 -0700
Hi Max,

Maxence Le Vasseur <maxencelevasseur@hotmail.com> writes:
> I converted my images in TIFF and created a Z-stack of tiff images
> (in a single file).

Oooh, ouch.  Due to an impedance mismatch between how TIFF stores 3D
data and how we store 3D data, 3D TIFFs are probably the worst format
to put your data in, because accessing it is so slow.  See the "Getting
Data Into ImageVis3D" manual for detailed information:

  http://ci.sci.utah.edu:8011/devbuilds/GettingDataIntoImageVis3D.pdf

As a quick fix: a series of 2D TIFFs, and then loading from a directory
instead of a file would probably work better.

> I was able to open and convert some stacks using ImageVis3D but now
> it seems impossible to do so. Everytime I try to convert a stack the
> software crashes for no apparent reason.
>
> I was wondering if someone in your team had faced a similar problem
> in the past and if you had found a way around it.

The 3D TIFF converter was written for a specific collaboration, and I
experienced a lot of difficulty finding sample data on the web.  Thus
I'm not surprised if there are lurking issues; can't fix what I can't
reproduce :)

I'd very much like to fix said lurking issues, though.  Could you use
the "Report an Issue" feature (under Help) and attach one of the TIFFs
which is failing to load, please?

As a workaround to get you going ASAP, I'd bet the series-of-2D-TIFFs
is your easiest route, since you're already familiar with TIFFs.  The
QVis, NRRD, BOV, and (of course) raw formats can be pretty easy too.

Thanks,

-tom

Archive powered by MHonArc 2.6.16.

Top of page