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[IV3D-USERS] Re: Re: ImageVis3D


Chronological Thread 
  • From: Colin Poczatek <jpoczatek@rics.bwh.harvard.edu>
  • To: iv3d-users@sci.utah.edu
  • Cc: Maxence Le Vasseur <maxencelevasseur@hotmail.com>
  • Subject: [IV3D-USERS] Re: Re: ImageVis3D
  • Date: Tue, 30 Nov 2010 13:07:12 -0500
FYI there's a nrrd plugin for ImageJ that can handle single channel
nrrd's.  FWIW we use a modified version in our ImageJ plugin to
save/open 3D + channel nrrd's.

http://flybrain.stanford.edu/nrrd

Collin



tom fogal wrote:
> Hi Max,
>
> Maxence Le Vasseur <maxencelevasseur@hotmail.com> writes:
>   
>> I converted my images in TIFF and created a Z-stack of tiff images
>> (in a single file).
>>     
>
> Oooh, ouch.  Due to an impedance mismatch between how TIFF stores 3D
> data and how we store 3D data, 3D TIFFs are probably the worst format
> to put your data in, because accessing it is so slow.  See the "Getting
> Data Into ImageVis3D" manual for detailed information:
>
>   http://ci.sci.utah.edu:8011/devbuilds/GettingDataIntoImageVis3D.pdf
>
> As a quick fix: a series of 2D TIFFs, and then loading from a directory
> instead of a file would probably work better.
>
>   
>> I was able to open and convert some stacks using ImageVis3D but now
>> it seems impossible to do so. Everytime I try to convert a stack the
>> software crashes for no apparent reason.
>>
>> I was wondering if someone in your team had faced a similar problem
>> in the past and if you had found a way around it.
>>     
>
> The 3D TIFF converter was written for a specific collaboration, and I
> experienced a lot of difficulty finding sample data on the web.  Thus
> I'm not surprised if there are lurking issues; can't fix what I can't
> reproduce :)
>
> I'd very much like to fix said lurking issues, though.  Could you use
> the "Report an Issue" feature (under Help) and attach one of the TIFFs
> which is failing to load, please?
>
> As a workaround to get you going ASAP, I'd bet the series-of-2D-TIFFs
> is your easiest route, since you're already familiar with TIFFs.  The
> QVis, NRRD, BOV, and (of course) raw formats can be pretty easy too.
>
> Thanks,
>
> -tom
>   



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